Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 4930461C15Rik-201ENSMUST00000133622 1302 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Snrnp70-201ENSMUST00000074575 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Phospho1-201ENSMUST00000054173 1910 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Plekhm2-201ENSMUST00000030751 4154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Sept7-202ENSMUST00000165594 2516 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Zcchc24-201ENSMUST00000069180 4556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Smim12-201ENSMUST00000142029 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 A430033K04Rik-204ENSMUST00000200521 1110 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Gm30025-201ENSMUST00000218555 728 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 AC140264.2-202ENSMUST00000218746 817 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 A430033K04Rik-201ENSMUST00000032590 1109 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Cracr2b-201ENSMUST00000053670 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 AI115009-201ENSMUST00000181093 1853 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Zbtb10-201ENSMUST00000155203 7414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Smarcd3-208ENSMUST00000195943 1712 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Smarcd3-201ENSMUST00000030791 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Spc25-202ENSMUST00000112320 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Prr22-201ENSMUST00000168666 1350 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Nkx2-1-202ENSMUST00000178477 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Col6a1Q04857 Tspan4-201ENSMUST00000026585 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Alad-202ENSMUST00000107444 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Gm20635-201ENSMUST00000176473 1287 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 1700025A08Rik-201ENSMUST00000200753 609 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Lsm1-203ENSMUST00000211168 343 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Gm32151-201ENSMUST00000223521 915 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Zfpl1-201ENSMUST00000025707 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Kcnn4-201ENSMUST00000171904 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Ttc39a-203ENSMUST00000106619 1778 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Matn4-203ENSMUST00000109358 2056 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Maml1-201ENSMUST00000059458 5528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Gm4969-202ENSMUST00000141380 1892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Gm26674-201ENSMUST00000180770 1446 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Espn-204ENSMUST00000080042 1402 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Atp5g1-203ENSMUST00000107686 691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Gm13559-201ENSMUST00000120476 863 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Mir142hg-201ENSMUST00000123700 269 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Gm16731-201ENSMUST00000132432 922 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Nsl1-203ENSMUST00000139340 837 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Zfp580-202ENSMUST00000208570 693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Pdzd3-201ENSMUST00000034618 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Ergic3-202ENSMUST00000088650 1349 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Six3os1-206ENSMUST00000175921 2737 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Astn2-202ENSMUST00000084496 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 1700095J03Rik-201ENSMUST00000143715 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Gjc2-201ENSMUST00000108790 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Ccdc50-201ENSMUST00000039443 2192 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Cers2-201ENSMUST00000015858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Cdan1-202ENSMUST00000110701 6384 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Tpsb2-201ENSMUST00000069616 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Ezh2-204ENSMUST00000114618 2775 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Baiap2-205ENSMUST00000106233 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Daxx-202ENSMUST00000170075 2673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Kansl1-205ENSMUST00000106977 5510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Vav3-201ENSMUST00000046864 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Mark2-206ENSMUST00000164205 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Ralgps2-205ENSMUST00000185198 2229 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Nudt19-201ENSMUST00000040962 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Gm6728-201ENSMUST00000178117 1065 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 1810026B05Rik-205ENSMUST00000184855 409 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Gm10517-202ENSMUST00000192970 758 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Wnt10b-205ENSMUST00000226846 1204 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Pfdn6-201ENSMUST00000025163 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Fzd8-201ENSMUST00000041080 3346 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Dmrt1-201ENSMUST00000025755 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Ndel1-203ENSMUST00000108672 1653 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Grina-201ENSMUST00000023225 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Khdc3-201ENSMUST00000034737 1681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Cerk-201ENSMUST00000044332 4518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Fmnl2-204ENSMUST00000127122 5508 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Slc35f4-202ENSMUST00000123534 2748 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Bpnt1-202ENSMUST00000110965 1046 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Gm11927-201ENSMUST00000118472 759 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Cul4a-202ENSMUST00000121426 1044 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Zmynd19-202ENSMUST00000148042 1103 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Scamp4-202ENSMUST00000180350 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 4930579K19Rik-202ENSMUST00000190541 632 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Arhgef4-208ENSMUST00000211073 171 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Eif1b-201ENSMUST00000007139 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Zfp691-202ENSMUST00000106355 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Rrp9-201ENSMUST00000047721 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Tal1-204ENSMUST00000162489 2894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Galnt16-204ENSMUST00000218943 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Tmem123-201ENSMUST00000052865 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Prickle4-202ENSMUST00000113300 1110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Tekt5-202ENSMUST00000115831 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Bola2-203ENSMUST00000130498 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Dscc1-201ENSMUST00000023059 1324 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 A330009N23Rik-201ENSMUST00000180639 1392 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Alg5-201ENSMUST00000044567 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Ngb-201ENSMUST00000021420 1616 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Sec24b-201ENSMUST00000001079 5128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Tsen54-202ENSMUST00000106481 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.4 ms