Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 St3gal3-201ENSMUST00000030263 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Cenpa-205ENSMUST00000144742 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Clta-203ENSMUST00000107847 1121 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Smim22-201ENSMUST00000178155 429 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Gm26879-201ENSMUST00000181127 1176 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 2310033P09Rik-201ENSMUST00000020719 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Isca1-201ENSMUST00000057115 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Nudt10-201ENSMUST00000103006 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 5330438D12Rik-201ENSMUST00000064101 2229 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Dpf1-202ENSMUST00000065181 1574 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Cdkl3-203ENSMUST00000109076 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Phf23-204ENSMUST00000133485 1607 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Dtnb-225ENSMUST00000174663 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 BC021767-201ENSMUST00000126387 1716 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Pacsin3-203ENSMUST00000111349 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Zfp579-206ENSMUST00000162731 2489 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Src-203ENSMUST00000109529 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Sh2b2-204ENSMUST00000196447 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Cpne1-217ENSMUST00000184265 871 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Rundc3a-202ENSMUST00000107102 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 4930560O18Rik-201ENSMUST00000207051 1595 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Lingo1-203ENSMUST00000114256 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Rapgef3-207ENSMUST00000134885 1422 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Tpra1-223ENSMUST00000204765 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Gm7856-201ENSMUST00000117514 1493 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Tmem179-201ENSMUST00000066791 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Col3a1P08121 Gm20878-202ENSMUST00000108028 339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Rint1-204ENSMUST00000117783 560 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Arl4aos-201ENSMUST00000135883 748 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 4932443I19Rik-204ENSMUST00000214337 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Fxn-201ENSMUST00000081333 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Dbr1-201ENSMUST00000066650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 B3gnt9-201ENSMUST00000093217 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Gm5784-201ENSMUST00000179344 2478 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Gm45906-201ENSMUST00000208911 1430 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Klc1-204ENSMUST00000122300 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Eif4h-205ENSMUST00000202622 2726 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Zmynd19-202ENSMUST00000148042 1103 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Gm19426-201ENSMUST00000181711 726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Gm19610-201ENSMUST00000202894 408 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Zfp382-201ENSMUST00000098596 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Rae1-201ENSMUST00000029013 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Polr1c-201ENSMUST00000087026 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Tesmin-201ENSMUST00000025840 2234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Klc3-203ENSMUST00000108458 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Chmp7-201ENSMUST00000036381 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Tfdp2-209ENSMUST00000188750 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Gorasp2-202ENSMUST00000112201 2417 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Mir6349-201ENSMUST00000184059 97 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Gm10549-201ENSMUST00000097634 450 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Hrh3-202ENSMUST00000163215 1401 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Ankdd1a-201ENSMUST00000061766 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Espn-204ENSMUST00000080042 1402 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Rncr4-201ENSMUST00000194541 2234 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Actl6b-205ENSMUST00000139395 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Aamp-201ENSMUST00000006462 1817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Ppp2r1b-209ENSMUST00000176349 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Keap1-204ENSMUST00000193982 2163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Acvr1-201ENSMUST00000056376 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 5730507C01Rik-201ENSMUST00000063216 2431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Mir2861-201ENSMUST00000175539 82 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Smim10l1-204ENSMUST00000191462 574 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Atp5g1-203ENSMUST00000107686 691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Lpin2-213ENSMUST00000156570 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Ndfip2-206ENSMUST00000181969 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Gm9885-202ENSMUST00000186234 2209 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Clk3-201ENSMUST00000065330 2496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Nr1h3-204ENSMUST00000111356 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Abhd8-201ENSMUST00000008094 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Neil2-201ENSMUST00000038229 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Tpd52l1-201ENSMUST00000000305 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Ergic3-202ENSMUST00000088650 1349 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Tbc1d25-201ENSMUST00000039892 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 B430219N15Rik-201ENSMUST00000147230 835 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Gm37292-201ENSMUST00000192062 758 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Gm43183-201ENSMUST00000200632 547 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Gm21814-202ENSMUST00000203277 873 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 AC130671.1-201ENSMUST00000227384 1237 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Atp23-201ENSMUST00000026504 903 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Coro7-202ENSMUST00000090480 1147 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Clcn4-206ENSMUST00000210594 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Ubxn2a-201ENSMUST00000020962 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Samd8-201ENSMUST00000022292 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 U2af1-201ENSMUST00000014684 907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 U2af1-202ENSMUST00000166526 907 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Cldn14-205ENSMUST00000177648 1266 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Gm45709-201ENSMUST00000213052 1075 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Pomc-204ENSMUST00000219543 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Gnb5-201ENSMUST00000076889 1188 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Amdhd1-201ENSMUST00000016034 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Ube2cbp-201ENSMUST00000034986 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Krcc1-203ENSMUST00000204436 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Irak1bp1-202ENSMUST00000113245 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Col3a1P08121 Dpys-202ENSMUST00000110306 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.5 ms