Protein–RNA interactions for Protein: O55017

Cacna1b, Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B, mousemouse

Predictions only

Length 2,327 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cacna1bO55017 Tpra1-223ENSMUST00000204765 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Pigt-202ENSMUST00000117066 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Cd37-209ENSMUST00000211373 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Gm42545-201ENSMUST00000202755 922 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Brsk1-201ENSMUST00000048248 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Gm11927-201ENSMUST00000118472 759 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Tppp3-201ENSMUST00000014990 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Inmt-201ENSMUST00000003569 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Hoxa10-202ENSMUST00000125581 2565 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Npr3-205ENSMUST00000228603 2437 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Plppr3-201ENSMUST00000092325 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Slc9a2-201ENSMUST00000027231 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Retreg2-201ENSMUST00000097694 2561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Mpst-203ENSMUST00000169133 1309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Igflr1-202ENSMUST00000172251 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Gm11273-201ENSMUST00000044043 390 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Gfra4-202ENSMUST00000066958 783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Dpf1-203ENSMUST00000108230 1553 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Dhx33-204ENSMUST00000124464 1835 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Hsf1-201ENSMUST00000072838 2018 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Eif1b-201ENSMUST00000007139 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Zfp783-201ENSMUST00000095946 670 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Slc35f3-201ENSMUST00000108759 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Txndc15-201ENSMUST00000021959 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Tlcd1-202ENSMUST00000098545 2897 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Sptbn4-207ENSMUST00000172269 8737 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Atp9a-211ENSMUST00000178504 3668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Lrrc36-204ENSMUST00000213547 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Rrs1-201ENSMUST00000072079 2048 ntAPPRIS P1 BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 D16Ertd472e-202ENSMUST00000114219 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Gm4316-202ENSMUST00000212490 1115 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Mrpl21-201ENSMUST00000025743 802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Rprml-201ENSMUST00000057870 1010 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Mtag2-201ENSMUST00000058665 714 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Galk1-201ENSMUST00000021114 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Pcyt2-201ENSMUST00000026129 1881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Kcnq2-203ENSMUST00000081528 2382 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Gm7712-202ENSMUST00000222331 1510 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Ndufa6-201ENSMUST00000023085 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Zfp524-201ENSMUST00000086349 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Fam98b-201ENSMUST00000028825 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Hrh3-202ENSMUST00000163215 1401 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Prkci-201ENSMUST00000108249 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 D11Wsu47e-202ENSMUST00000106621 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Rbm38-204ENSMUST00000173393 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 1810062O18Rik-202ENSMUST00000128848 745 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Nkx2-9-201ENSMUST00000072631 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Etv4-202ENSMUST00000107176 2377 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Nanp-201ENSMUST00000066640 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Fam213a-201ENSMUST00000022317 1537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Zpbp2-202ENSMUST00000081033 1300 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Psme4-201ENSMUST00000041231 6491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Bpnt1-202ENSMUST00000110965 1046 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 1810026B05Rik-205ENSMUST00000184855 409 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Rps12-206ENSMUST00000218221 460 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Tm2d1-201ENSMUST00000030292 952 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Bricd5-201ENSMUST00000054946 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Col23a1-201ENSMUST00000102765 5658 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 B4gat1-201ENSMUST00000053705 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Agfg1-202ENSMUST00000113444 3142 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Selenoo-201ENSMUST00000082439 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Zdhhc1-201ENSMUST00000044286 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Lhx2-201ENSMUST00000000253 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 AC107452.1-201ENSMUST00000227963 481 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Crtap-201ENSMUST00000084881 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Cacna1bO55017 Foxp1-220ENSMUST00000176565 3727 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 AB124611-202ENSMUST00000086361 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 D5Ertd579e-204ENSMUST00000140653 2014 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 Fam105a-201ENSMUST00000100739 2867 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 H2-Q6-201ENSMUST00000113879 981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 Gm14464-201ENSMUST00000119658 1254 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 9130019P16Rik-201ENSMUST00000135612 1019 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 AC159205.3-201ENSMUST00000224614 874 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 Pacsin2-201ENSMUST00000056177 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 Dpf1-202ENSMUST00000065181 1574 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 Pitx2-201ENSMUST00000029657 1680 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 Kifc3-201ENSMUST00000034240 3277 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 Yif1b-203ENSMUST00000108238 1126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Cacna1bO55017 Tomm6-202ENSMUST00000113302 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.4 ms