Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC36,36■■■■□ 3,41
Scn4aQ9ER60 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,35■■■■□ 3,41
Scn4aQ9ER60 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36,34■■■■□ 3,41
Scn4aQ9ER60 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC36,33■■■■□ 3,41
Scn4aQ9ER60 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC36,33■■■■□ 3,41
Scn4aQ9ER60 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36,33■■■■□ 3,41
Scn4aQ9ER60 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC36,29■■■■□ 3,4
Scn4aQ9ER60 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC36,25■■■■□ 3,39
Scn4aQ9ER60 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC36,22■■■■□ 3,39
Scn4aQ9ER60 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36,22■■■■□ 3,39
Scn4aQ9ER60 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36,22■■■■□ 3,39
Scn4aQ9ER60 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36,22■■■■□ 3,39
Scn4aQ9ER60 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC36,21■■■■□ 3,39
Scn4aQ9ER60 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,2■■■■□ 3,39
Scn4aQ9ER60 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36,18■■■■□ 3,38
Scn4aQ9ER60 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC36,18■■■■□ 3,38
Scn4aQ9ER60 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,17■■■■□ 3,38
Scn4aQ9ER60 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC36,15■■■■□ 3,38
Scn4aQ9ER60 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC36,11■■■■□ 3,37
Scn4aQ9ER60 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC36,11■■■■□ 3,37
Scn4aQ9ER60 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC36,1■■■■□ 3,37
Scn4aQ9ER60 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC36,09■■■■□ 3,37
Scn4aQ9ER60 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC36,08■■■■□ 3,37
Scn4aQ9ER60 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC36,08■■■■□ 3,37
Scn4aQ9ER60 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,08■■■■□ 3,37
Scn4aQ9ER60 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC36,08■■■■□ 3,37
Scn4aQ9ER60 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC36,07■■■■□ 3,37
Scn4aQ9ER60 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,06■■■■□ 3,36
Scn4aQ9ER60 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,06■■■■□ 3,36
Scn4aQ9ER60 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,05■■■■□ 3,36
Scn4aQ9ER60 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC36,01■■■■□ 3,36
Scn4aQ9ER60 Gm28529-202ENSMUST00000189675 670 ntTSL 2 BASIC36■■■■□ 3,35
Scn4aQ9ER60 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,97■■■■□ 3,35
Scn4aQ9ER60 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC35,96■■■■□ 3,35
Scn4aQ9ER60 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC35,94■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,94■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,93■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35,92■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC35,91■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,9■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35,9■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC35,9■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC35,9■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Gm6311-201ENSMUST00000073790 878 ntBASIC35,9■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC35,89■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC35,89■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35,89■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC35,89■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35,89■■■■□ 3,34
Scn4aQ9ER60 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,88■■■■□ 3,33
Scn4aQ9ER60 Rpl38-203ENSMUST00000106599 457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,87■■■■□ 3,33
Scn4aQ9ER60 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC35,87■■■■□ 3,33
Scn4aQ9ER60 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC35,87■■■■□ 3,33
Scn4aQ9ER60 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC35,86■■■■□ 3,33
Scn4aQ9ER60 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,86■■■■□ 3,33
Scn4aQ9ER60 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,85■■■■□ 3,33
Scn4aQ9ER60 Znrf1-207ENSMUST00000173506 1238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35,84■■■■□ 3,33
Scn4aQ9ER60 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC35,83■■■■□ 3,33
Scn4aQ9ER60 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC35,83■■■■□ 3,33
Scn4aQ9ER60 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC35,81■■■■□ 3,32
Scn4aQ9ER60 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,8■■■■□ 3,32
Scn4aQ9ER60 Gm45051-201ENSMUST00000206838 963 ntTSL 1 (best) BASIC35,8■■■■□ 3,32
Scn4aQ9ER60 Smagp-201ENSMUST00000066068 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,8■■■■□ 3,32
Scn4aQ9ER60 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC35,79■■■■□ 3,32
Scn4aQ9ER60 Efhd1os-201ENSMUST00000138844 332 ntTSL 3 BASIC35,79■■■■□ 3,32
Scn4aQ9ER60 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC35,77■■■■□ 3,32
Scn4aQ9ER60 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35,77■■■■□ 3,32
Scn4aQ9ER60 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35,76■■■■□ 3,32
Scn4aQ9ER60 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35,76■■■■□ 3,31
Scn4aQ9ER60 Rab26-202ENSMUST00000061764 1291 ntTSL 2 BASIC35,76■■■■□ 3,31
Scn4aQ9ER60 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC35,75■■■■□ 3,31
Scn4aQ9ER60 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC35,73■■■■□ 3,31
Scn4aQ9ER60 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35,73■■■■□ 3,31
Scn4aQ9ER60 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35,73■■■■□ 3,31
Scn4aQ9ER60 Arpc5l-202ENSMUST00000112862 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,73■■■■□ 3,31
Scn4aQ9ER60 Cox4i1-205ENSMUST00000181586 765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,73■■■■□ 3,31
Scn4aQ9ER60 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC35,72■■■■□ 3,31
Scn4aQ9ER60 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC35,72■■■■□ 3,31
Scn4aQ9ER60 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC35,71■■■■□ 3,31
Scn4aQ9ER60 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,7■■■■□ 3,31
Scn4aQ9ER60 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,68■■■■□ 3,3
Scn4aQ9ER60 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC35,68■■■■□ 3,3
Scn4aQ9ER60 Ccm2-201ENSMUST00000000388 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,67■■■■□ 3,3
Scn4aQ9ER60 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC35,67■■■■□ 3,3
Scn4aQ9ER60 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,67■■■■□ 3,3
Scn4aQ9ER60 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,66■■■■□ 3,3
Scn4aQ9ER60 Gm16764-201ENSMUST00000138891 541 ntTSL 5 BASIC35,65■■■■□ 3,3
Scn4aQ9ER60 Klhl15-202ENSMUST00000113908 1235 ntTSL 1 (best) BASIC35,64■■■■□ 3,3
Scn4aQ9ER60 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC35,64■■■■□ 3,3
Scn4aQ9ER60 AC125444.1-201ENSMUST00000223536 639 ntAPPRIS P1 BASIC35,64■■■■□ 3,3
Scn4aQ9ER60 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC35,64■■■■□ 3,3
Scn4aQ9ER60 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,64■■■■□ 3,3
Scn4aQ9ER60 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC35,64■■■■□ 3,3
Scn4aQ9ER60 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC35,62■■■■□ 3,29
Scn4aQ9ER60 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35,62■■■■□ 3,29
Scn4aQ9ER60 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC35,62■■■■□ 3,29
Scn4aQ9ER60 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC35,62■■■■□ 3,29
Scn4aQ9ER60 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35,61■■■■□ 3,29
Scn4aQ9ER60 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35,6■■■■□ 3,29
Scn4aQ9ER60 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC35,6■■■■□ 3,29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 12,2 ms