Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Creg1-202ENSMUST00000111432 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trim58Q5NCC9 Akp3-201ENSMUST00000044878 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trim58Q5NCC9 Grk6-206ENSMUST00000224995 2971 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim58Q5NCC9 1810043G02Rik-201ENSMUST00000105397 1818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim58Q5NCC9 Znrf4-201ENSMUST00000052211 1236 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim58Q5NCC9 Runx2-204ENSMUST00000159943 2316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim58Q5NCC9 Phf14-201ENSMUST00000090632 3985 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim58Q5NCC9 Gm9194-201ENSMUST00000220749 1447 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim58Q5NCC9 Dynll2-202ENSMUST00000107923 2443 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim58Q5NCC9 Med14-201ENSMUST00000076016 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim58Q5NCC9 Arrb2-205ENSMUST00000108568 1777 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Trim58Q5NCC9 Tmem62-201ENSMUST00000067582 2921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Trim58Q5NCC9 Rnf26-201ENSMUST00000056328 2724 ntAPPRIS P2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Gm11373-201ENSMUST00000129791 2819 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Magi2-202ENSMUST00000101558 6530 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Btbd2-201ENSMUST00000003434 3026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 AU019823-202ENSMUST00000145139 2805 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Gm45447-201ENSMUST00000209874 1805 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Kcng3-201ENSMUST00000051482 3356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Smox-209ENSMUST00000110189 1919 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Gm6420-201ENSMUST00000193885 723 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Hdgfl3-202ENSMUST00000107305 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Tssk2-201ENSMUST00000055374 1387 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Dao-201ENSMUST00000086599 1525 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Pigw-201ENSMUST00000067058 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Adcy3-202ENSMUST00000124505 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Ache-202ENSMUST00000085934 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Pi16-201ENSMUST00000114699 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Cck-203ENSMUST00000215228 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 1700081N11Rik-202ENSMUST00000221447 569 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Gm5874-201ENSMUST00000096101 508 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Gm38308-201ENSMUST00000194934 1809 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Cckbr-201ENSMUST00000033189 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Map6-206ENSMUST00000208605 2275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Marcks-201ENSMUST00000092584 4048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Dusp14-202ENSMUST00000100705 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Cfap36-201ENSMUST00000020754 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Socs6-203ENSMUST00000125362 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Aurkaip1-203ENSMUST00000105592 1029 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Nespas-201ENSMUST00000143738 1083 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Gm42642-201ENSMUST00000200683 355 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Fam213a-201ENSMUST00000022317 1537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Pomgnt2-201ENSMUST00000084743 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Smap2-201ENSMUST00000043200 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 B3galnt2-207ENSMUST00000221974 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Gdf1-201ENSMUST00000207684 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Nlrp5-ps-201ENSMUST00000044683 1913 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 F8a-201ENSMUST00000105111 2505 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Tnk1-202ENSMUST00000108626 1798 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 E130218I03Rik-201ENSMUST00000122952 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Gm13067-201ENSMUST00000134236 404 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Med30-201ENSMUST00000037115 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Spata2l-202ENSMUST00000166768 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Kcns1-201ENSMUST00000045196 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Gm11549-201ENSMUST00000124606 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Arfrp1-209ENSMUST00000170190 2483 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 AI507597-201ENSMUST00000140726 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Apoe-205ENSMUST00000173739 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Apoe-209ENSMUST00000174355 1104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Gm7514-201ENSMUST00000209475 934 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Apoe-201ENSMUST00000003066 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Rasl10a-201ENSMUST00000037218 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Nrxn2-205ENSMUST00000113462 6667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Frmd3-202ENSMUST00000098006 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Ndel1-203ENSMUST00000108672 1653 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Tfeb-203ENSMUST00000113284 1974 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Adpgk-205ENSMUST00000217570 2484 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Sox30-201ENSMUST00000049038 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Fez2-201ENSMUST00000070039 1939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Snx16-202ENSMUST00000099223 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Ism1-201ENSMUST00000099307 2944 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Ltbp3-201ENSMUST00000081496 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Gm5464-201ENSMUST00000100453 2156 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Trim63-202ENSMUST00000105875 1886 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 AC121961.1-201ENSMUST00000218594 1779 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Nkd1-203ENSMUST00000211113 1474 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Kcnd3os-201ENSMUST00000130683 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Lmo1-202ENSMUST00000207178 912 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Gm18671-201ENSMUST00000214826 683 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 AC160393.1-201ENSMUST00000218378 1279 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Fkbp11-201ENSMUST00000003445 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Nsun2-202ENSMUST00000109699 2834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Cdca4-201ENSMUST00000062092 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Trim58Q5NCC9 Pex14-201ENSMUST00000103217 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Trim58Q5NCC9 Bmpr1a-201ENSMUST00000049005 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Trim58Q5NCC9 Tgfb1-201ENSMUST00000002678 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Trim58Q5NCC9 Pomgnt2-207ENSMUST00000217610 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Trim58Q5NCC9 G730003C15Rik-202ENSMUST00000189096 2309 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Trim58Q5NCC9 Cst3-201ENSMUST00000028938 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Trim58Q5NCC9 Nkd1-201ENSMUST00000034086 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Trim58Q5NCC9 Eml4-203ENSMUST00000112363 5238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.7 ms