Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 8030462N17Rik-201ENSMUST00000074653 3418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Ptprf-201ENSMUST00000049074 7656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Dbnl-203ENSMUST00000109845 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Mapre3-201ENSMUST00000031058 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Mgarp-202ENSMUST00000108046 1409 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Strn-203ENSMUST00000145910 8629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Thumpd2-201ENSMUST00000025093 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Tsc22d1-203ENSMUST00000101618 1043 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 1700016H13Rik-205ENSMUST00000134926 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Tfap2a-208ENSMUST00000224999 2058 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Podxl2-202ENSMUST00000061262 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Gm3020-202ENSMUST00000167430 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Gm10409-201ENSMUST00000170123 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Sorcs3-201ENSMUST00000078880 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Dpys-202ENSMUST00000110306 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Nectin3-202ENSMUST00000023335 9116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Agfg2-202ENSMUST00000100544 2858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Mfsd4a-202ENSMUST00000112365 1536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 4930471E19Rik-201ENSMUST00000219022 1514 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Crebzf-201ENSMUST00000061767 3376 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Rab1a-201ENSMUST00000020358 2827 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Snx27-201ENSMUST00000029783 6261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Paqr7-201ENSMUST00000081525 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Lrp3-201ENSMUST00000118444 3877 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Blmh-201ENSMUST00000021197 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Oaz1-201ENSMUST00000060987 1071 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Acbd3-201ENSMUST00000027780 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Trim63-202ENSMUST00000105875 1886 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Runx1-203ENSMUST00000168195 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Col11a2-203ENSMUST00000114255 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 B3gnt9-202ENSMUST00000136822 2516 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Klhl5-204ENSMUST00000204097 3149 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Nuak1-201ENSMUST00000020220 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Tcf24-202ENSMUST00000185184 4193 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Rgl2-201ENSMUST00000047503 3252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Aup1-201ENSMUST00000092618 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Cxcl14-202ENSMUST00000224801 1467 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Nploc4-201ENSMUST00000044271 4121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Lbx2-201ENSMUST00000041265 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Cadps2-212ENSMUST00000163871 4969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Myo5a-214ENSMUST00000155282 6372 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Puf60-201ENSMUST00000002599 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Akain1-201ENSMUST00000169935 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Iqgap2-201ENSMUST00000068603 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Kmt5c-201ENSMUST00000098853 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Arid3c-204ENSMUST00000171251 1751 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Iqsec2-203ENSMUST00000112605 6017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 4930560O18Rik-201ENSMUST00000207051 1595 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Hoxb4-201ENSMUST00000049241 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Gm15408-201ENSMUST00000124198 1379 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Tmem41a-201ENSMUST00000023562 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Bloc1s5-202ENSMUST00000224115 1020 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Zfp512b-201ENSMUST00000108789 5714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Npas3-203ENSMUST00000223057 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Pdia6-201ENSMUST00000057288 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Dscr3-201ENSMUST00000023615 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Slc2a8-201ENSMUST00000028129 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Rrs1-201ENSMUST00000072079 2048 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Gm15743-202ENSMUST00000182690 1901 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Lonrf2-202ENSMUST00000147695 6932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Myb-201ENSMUST00000020158 3074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Klhl31-201ENSMUST00000057781 6494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Fgf8-206ENSMUST00000111928 1056 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Cuta-201ENSMUST00000025027 639 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Mapk1-202ENSMUST00000069107 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Ankrd22-201ENSMUST00000025686 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Haus8-201ENSMUST00000035960 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Dnaaf5-203ENSMUST00000196441 2426 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Otud5-202ENSMUST00000115665 3821 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Wnt6-201ENSMUST00000006716 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Pex6-201ENSMUST00000002840 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Stk35-202ENSMUST00000166282 5445 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.02
Sdc1P18828 Nrxn2-202ENSMUST00000113458 3503 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Slc25a3-203ENSMUST00000164505 1483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Ociad2-202ENSMUST00000200776 2359 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Gm16897-201ENSMUST00000180780 2492 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Arl1-202ENSMUST00000116234 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Pth2-202ENSMUST00000210086 481 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Plppr2-201ENSMUST00000046371 2626 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Gm45906-201ENSMUST00000208911 1430 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Donson-201ENSMUST00000023682 2360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Tsen34-202ENSMUST00000108627 1319 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Rilp-201ENSMUST00000042972 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Rbm33-204ENSMUST00000114884 6256 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Hspa8-201ENSMUST00000015800 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Sdc1P18828 Mtcl1-202ENSMUST00000097291 7274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.1 ms