Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Cst3-201ENSMUST00000028938 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Slc22a23-201ENSMUST00000040336 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Atf1-201ENSMUST00000023769 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Nbl1-201ENSMUST00000042844 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Anks3-201ENSMUST00000023157 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Naglu-201ENSMUST00000001802 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Bnip1-201ENSMUST00000015725 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Traf1P39428 AA465934-203ENSMUST00000177150 383 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Gm44549-201ENSMUST00000208351 577 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Sra1-201ENSMUST00000001415 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Golph3-205ENSMUST00000228671 2842 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Mmp24-201ENSMUST00000029141 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Traf1P39428 H19-202ENSMUST00000136359 2286 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Dact3-201ENSMUST00000108493 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Traf1P39428 AW047730-202ENSMUST00000181406 2579 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Gm37352-201ENSMUST00000193908 2181 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Mgarp-202ENSMUST00000108046 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Fam105a-202ENSMUST00000226145 2950 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Pou2f2-206ENSMUST00000108418 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Lypla1-208ENSMUST00000150971 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Cracr2b-207ENSMUST00000170879 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Josd2-218ENSMUST00000206887 693 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Gm45894-202ENSMUST00000212728 1097 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Traf1P39428 1810055G02Rik-201ENSMUST00000039048 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Tor2a-201ENSMUST00000009707 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Gab2-201ENSMUST00000004622 6168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Gm43672-201ENSMUST00000199072 1731 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Sdf4-204ENSMUST00000105579 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Gls-202ENSMUST00000114510 5596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Dbndd1-202ENSMUST00000176286 1344 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Alcam-206ENSMUST00000168071 878 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Atp23-202ENSMUST00000168520 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Traf1P39428 C430014B12Rik-202ENSMUST00000186858 657 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Eif2b4-212ENSMUST00000202758 1767 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Ahcyl1-201ENSMUST00000029490 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Marc2-201ENSMUST00000068725 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Stk11-201ENSMUST00000003152 2566 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Plin1-201ENSMUST00000032762 1916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Gm12896-201ENSMUST00000118430 226 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Traf1P39428 1700101I19Rik-202ENSMUST00000186712 510 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Traf1P39428 AC124603.1-201ENSMUST00000223843 308 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Traf1P39428 D5Ertd579e-204ENSMUST00000140653 2014 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Creb3l1-201ENSMUST00000028663 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Gm15645-201ENSMUST00000131504 2208 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Gm10167-201ENSMUST00000150411 1479 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Ankrd40-203ENSMUST00000107818 3487 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Kcnip2-209ENSMUST00000162528 2395 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Lemd3-201ENSMUST00000119093 4370 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Zfp560-202ENSMUST00000143992 608 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Pknox2-201ENSMUST00000039674 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Ttc32-202ENSMUST00000219470 1645 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Ddx39b-201ENSMUST00000068056 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Stx2-201ENSMUST00000031378 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Gabarap-201ENSMUST00000018711 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Rilpl2-201ENSMUST00000031347 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Anapc16-204ENSMUST00000182898 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Fam53a-202ENSMUST00000065119 2009 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Traf1P39428 9530068E07Rik-202ENSMUST00000109057 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Smox-209ENSMUST00000110189 1919 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Rab7-206ENSMUST00000203674 424 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Fam50b-201ENSMUST00000039605 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Gm10638-201ENSMUST00000098532 905 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Rxra-201ENSMUST00000077257 4905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Kcnq2-203ENSMUST00000081528 2382 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Cobll1-202ENSMUST00000102726 5031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Cobll1-203ENSMUST00000112429 5045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Iars2-203ENSMUST00000110975 2801 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Ascl4-202ENSMUST00000170396 2016 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Wnt10a-201ENSMUST00000006718 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Tsc22d1-214ENSMUST00000177207 1476 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Klk9-201ENSMUST00000005891 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Lrfn4-202ENSMUST00000113822 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Tmem55b-205ENSMUST00000160835 2755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Stard6-203ENSMUST00000168249 1167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Rps23-201ENSMUST00000051955 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Mrps10-201ENSMUST00000060752 1109 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Ube2s-201ENSMUST00000079496 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Traf1P39428 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1
Traf1P39428 Spc25-202ENSMUST00000112320 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Traf1P39428 Vrk1-202ENSMUST00000072040 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Traf1P39428 Nkd1-203ENSMUST00000211113 1474 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Traf1P39428 Gcgr-201ENSMUST00000026119 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Traf1P39428 Angptl6-201ENSMUST00000043726 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Traf1P39428 AC126028.2-201ENSMUST00000228100 1833 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Traf1P39428 Mrpl3-205ENSMUST00000149243 2309 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Traf1P39428 Snx20-201ENSMUST00000034087 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Traf1P39428 Gm2990-201ENSMUST00000180662 1118 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Traf1P39428 A230083G16Rik-201ENSMUST00000069553 991 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Traf1P39428 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Traf1P39428 Txndc15-201ENSMUST00000021959 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Traf1P39428 Slc35d2-201ENSMUST00000099441 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Traf1P39428 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Traf1P39428 Ndel1-203ENSMUST00000108672 1653 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Traf1P39428 Tbc1d13-201ENSMUST00000044556 3595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Traf1P39428 Dio3-201ENSMUST00000097228 1449 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Traf1P39428 Cd248-201ENSMUST00000070630 2560 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
Traf1P39428 Fkbp11-201ENSMUST00000003445 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Traf1P39428 Prr29-201ENSMUST00000009354 1112 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Traf1P39428 Ppp1r21-201ENSMUST00000038551 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Traf1P39428 Smtnl2-201ENSMUST00000050226 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 83.3 ms