Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Arid1a-205ENSMUST00000145664 8187 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Rcc1-202ENSMUST00000084250 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Itgb4-210ENSMUST00000169928 6160 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Slc39a5-202ENSMUST00000167859 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Mxi1-201ENSMUST00000003870 5156 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Spata2l-201ENSMUST00000098327 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Nsmf-204ENSMUST00000102931 2830 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Golga7b-202ENSMUST00000122375 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Gm15908-201ENSMUST00000154345 1091 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Cck-203ENSMUST00000215228 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 B230217C12Rik-201ENSMUST00000054783 1189 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 B3galnt2-207ENSMUST00000221974 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Sox10-201ENSMUST00000040019 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Dyrk1b-203ENSMUST00000172761 2018 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Trim67-201ENSMUST00000041106 5694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Ngb-203ENSMUST00000110177 1611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Htr7-201ENSMUST00000099505 1606 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Rncr4-201ENSMUST00000194541 2234 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Golga5-202ENSMUST00000179218 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Kat14-201ENSMUST00000028911 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Kmt5b-204ENSMUST00000113970 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 3010003L21Rik-201ENSMUST00000047953 1729 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Fiz1-202ENSMUST00000165320 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Gm28523-201ENSMUST00000190040 1588 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Khk-204ENSMUST00000201621 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Gmpr-201ENSMUST00000000260 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Ndfip2-206ENSMUST00000181969 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Gm27405-201ENSMUST00000184201 112 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Gm7291-201ENSMUST00000199147 382 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 AC164629.5-201ENSMUST00000220387 632 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Gm10306-201ENSMUST00000094969 533 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Cacng4-201ENSMUST00000021066 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Rap1b-201ENSMUST00000064667 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Marcks-201ENSMUST00000092584 4048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Matk-204ENSMUST00000120265 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Elac2-201ENSMUST00000071891 2771 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Dolk-201ENSMUST00000100219 2104 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 AB124611-202ENSMUST00000086361 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Rusc2-202ENSMUST00000098106 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Acvr1-201ENSMUST00000056376 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Shc2-201ENSMUST00000020564 3243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Tcp11-203ENSMUST00000114836 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Prmt9-202ENSMUST00000118622 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Prmt9-201ENSMUST00000056237 2781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 H19-202ENSMUST00000136359 2286 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Vim-206ENSMUST00000193675 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Csnk2a2-203ENSMUST00000212214 6779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Slain2-202ENSMUST00000144843 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Ssc4d-203ENSMUST00000111152 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Gadd45b-201ENSMUST00000015456 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Mpzl1-210ENSMUST00000194437 643 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 AC124603.1-201ENSMUST00000223843 308 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Dcaf5-201ENSMUST00000054145 5706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Lrrc36-202ENSMUST00000109355 2411 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Dhx36-201ENSMUST00000029336 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Dxo-201ENSMUST00000046244 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 2310034G01Rik-201ENSMUST00000189008 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Runx2-210ENSMUST00000162373 1565 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Cacfd1-202ENSMUST00000114004 2194 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Tmbim1-201ENSMUST00000016309 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 P2ry2-204ENSMUST00000207916 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Dcun1d1-201ENSMUST00000108182 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Hs3st5-202ENSMUST00000167191 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Dock9-202ENSMUST00000100299 6476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Gnas-222ENSMUST00000180362 1645 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Shisa7-203ENSMUST00000119433 3481 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Map6-206ENSMUST00000208605 2275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Fam78b-205ENSMUST00000165874 4986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Rasl10a-201ENSMUST00000037218 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Qpct-201ENSMUST00000040789 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Dynll2-204ENSMUST00000178105 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Zfp644-205ENSMUST00000112698 5689 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Rchy1-201ENSMUST00000031345 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Cirbp-202ENSMUST00000105365 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Olfr94-201ENSMUST00000055324 1304 ntAPPRIS P2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Cyp4f16-201ENSMUST00000003416 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Usp21-201ENSMUST00000065941 2219 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Cacna1a-202ENSMUST00000122053 7589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Gm5540-201ENSMUST00000131852 1848 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
Trim3Q9R1R2 Alg1-201ENSMUST00000049207 1669 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 Smarcc1-207ENSMUST00000199896 5773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 Larp6-201ENSMUST00000038407 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 Stk3-201ENSMUST00000018476 2914 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 Ankib1-201ENSMUST00000043551 6426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 Lrrc43-203ENSMUST00000196809 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 Polr2j-202ENSMUST00000111127 900 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 Gm4553-201ENSMUST00000168049 714 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 Camkk2-202ENSMUST00000196742 1084 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 Gm36033-202ENSMUST00000214827 745 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 AC133650.2-201ENSMUST00000217036 607 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 1700081N11Rik-202ENSMUST00000221447 569 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 Gar1-201ENSMUST00000029643 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Trim3Q9R1R2 Vkorc1l1-202ENSMUST00000073945 650 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.6 ms