Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Gnas-208ENSMUST00000109087 1716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm43672-201ENSMUST00000199072 1731 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Maff-202ENSMUST00000163691 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 6030419C18Rik-201ENSMUST00000085658 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Lmtk3-204ENSMUST00000209617 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Sdr39u1-201ENSMUST00000111325 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Snca-201ENSMUST00000114268 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Tex30-204ENSMUST00000128190 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Arhgef33-211ENSMUST00000225658 473 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Grp-201ENSMUST00000025395 862 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Cst3-201ENSMUST00000028938 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Aprt-201ENSMUST00000006764 849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Nnat-201ENSMUST00000088484 458 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Adgrl1-207ENSMUST00000141158 8181 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Slc35d3-201ENSMUST00000059805 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 E4f1-201ENSMUST00000056032 2574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Hnrnpf-202ENSMUST00000163168 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Cnbp-208ENSMUST00000204653 2175 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Cnbp-201ENSMUST00000032138 2178 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm11527-201ENSMUST00000153795 596 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Aprt-204ENSMUST00000212093 723 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Tmem91-201ENSMUST00000079439 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Lsm14a-201ENSMUST00000085585 2944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Daxx-202ENSMUST00000170075 2673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 1110032F04Rik-201ENSMUST00000054551 2578 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Tmem79-202ENSMUST00000107552 2063 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Galnt16-204ENSMUST00000218943 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Smpdl3a-201ENSMUST00000020022 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Mboat4-201ENSMUST00000095345 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Pigt-202ENSMUST00000117066 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Inpp5a-203ENSMUST00000106098 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Zfp523-202ENSMUST00000073534 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Tsc22d1-214ENSMUST00000177207 1476 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Ntmt1-201ENSMUST00000041830 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm21596-201ENSMUST00000178049 1316 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Tead1-204ENSMUST00000106638 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm11249-201ENSMUST00000117071 859 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm12356-201ENSMUST00000122854 353 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm2479-201ENSMUST00000173312 1053 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Ccnd2-202ENSMUST00000201066 983 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Eif2b4-202ENSMUST00000114603 1966 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Hras-201ENSMUST00000026572 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm10167-201ENSMUST00000150411 1479 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Cdkl3-204ENSMUST00000109077 2605 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Acot7-201ENSMUST00000030779 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Nsfl1c-203ENSMUST00000103160 1369 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Anks3-201ENSMUST00000023157 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Uba5-201ENSMUST00000035166 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Pacsin3-215ENSMUST00000168916 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm45640-201ENSMUST00000210665 1896 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Pacsin3-201ENSMUST00000028694 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Dmrta2-201ENSMUST00000061187 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Fbxo44-201ENSMUST00000057907 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Sft2d3-201ENSMUST00000054984 2810 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Rpl36al-202ENSMUST00000110619 1276 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Pigp-202ENSMUST00000113906 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 1110065P20Rik-203ENSMUST00000137769 659 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm6576-201ENSMUST00000169678 883 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Rsu1-209ENSMUST00000191959 720 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Prdx5-201ENSMUST00000025904 1262 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Crybb1-201ENSMUST00000031286 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Cox8a-201ENSMUST00000039758 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Cers2-201ENSMUST00000015858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Snrnp70-201ENSMUST00000074575 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gal3st3-201ENSMUST00000061169 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Erc1-202ENSMUST00000079582 2304 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gpc3-202ENSMUST00000114857 1880 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Fkbp9-201ENSMUST00000031795 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Baiap2-203ENSMUST00000103021 3398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Hmga1-202ENSMUST00000117254 1328 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Sdf4-204ENSMUST00000105579 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm16432-201ENSMUST00000094273 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm2399-201ENSMUST00000104944 225 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Lhpp-202ENSMUST00000106170 999 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Mthfsl-201ENSMUST00000113110 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Speg-203ENSMUST00000113588 1078 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Pigp-203ENSMUST00000113910 966 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Mthfs-203ENSMUST00000118870 705 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Dmrta2os-202ENSMUST00000141893 691 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm29241-201ENSMUST00000189260 1096 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Tpgs1-201ENSMUST00000020552 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm44899-201ENSMUST00000207451 391 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 AC160393.1-201ENSMUST00000218378 1279 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Mrps33-201ENSMUST00000031978 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Mthfs-201ENSMUST00000085256 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Gm26708-203ENSMUST00000208236 1624 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Dstn-201ENSMUST00000103172 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Mindy2-201ENSMUST00000049031 8081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Crlf2-203ENSMUST00000200284 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Lrg1-201ENSMUST00000041357 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Aadat-201ENSMUST00000079472 1972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Lpcat3-201ENSMUST00000004381 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Zfp644-204ENSMUST00000112696 5785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Marc2-201ENSMUST00000068725 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Arid3c-202ENSMUST00000150809 1327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Atp8a1-204ENSMUST00000113652 854 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Nkx3-1P97436 Stard6-203ENSMUST00000168249 1167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.8 ms