Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Rab5a-201ENSMUST00000017975 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Traf1P39428 AU022751-201ENSMUST00000101698 1838 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Pank2-204ENSMUST00000150843 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Eml4-203ENSMUST00000112363 5238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Traf1P39428 E2f1-202ENSMUST00000103145 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Vti1b-201ENSMUST00000055262 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Traf1P39428 1110004F10Rik-202ENSMUST00000106607 1153 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Traf1P39428 AC135637.1-201ENSMUST00000227750 365 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Bmpr1a-201ENSMUST00000049005 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Chtop-202ENSMUST00000049937 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Fbxo44-201ENSMUST00000057907 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Gm16432-201ENSMUST00000094273 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Gal3st3-201ENSMUST00000061169 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Svbp-203ENSMUST00000106345 684 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Gm29458-201ENSMUST00000187093 354 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Traf1P39428 AC160393.1-201ENSMUST00000218378 1279 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Cwh43-202ENSMUST00000065543 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Hipk1-201ENSMUST00000029438 4185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Nrxn2-205ENSMUST00000113462 6667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Traf1P39428 2200002D01Rik-201ENSMUST00000032808 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Mex3d-201ENSMUST00000105350 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Arl6ip4-202ENSMUST00000122394 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Nnat-210ENSMUST00000173839 1135 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Tmem126a-201ENSMUST00000032844 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Zfp580-201ENSMUST00000069324 1096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Auh-203ENSMUST00000119311 2627 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Actrt3-201ENSMUST00000047630 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Carm1-202ENSMUST00000115394 3320 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Nhlh1-201ENSMUST00000059794 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Ints6-201ENSMUST00000053959 4993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Slc35f4-204ENSMUST00000138884 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
Traf1P39428 4930518J20Rik-201ENSMUST00000195064 1478 ntBASIC21.45■■□□□ 1.03
Traf1P39428 Tmem80-206ENSMUST00000133012 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gmpr-201ENSMUST00000000260 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Hs3st4-201ENSMUST00000106437 3189 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Cnn3-201ENSMUST00000029773 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Xk-201ENSMUST00000015486 5076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gm37856-201ENSMUST00000191634 999 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Rpl18-202ENSMUST00000209287 1027 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Lgals7-201ENSMUST00000081457 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Cpne2-201ENSMUST00000048653 2342 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Tcp11-201ENSMUST00000042692 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Ppp1r36-201ENSMUST00000063977 1515 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Sco1-202ENSMUST00000108690 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Rin3-202ENSMUST00000101114 2394 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Rpl27-202ENSMUST00000107249 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gm6270-201ENSMUST00000132731 559 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gm16141-201ENSMUST00000152073 790 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gm45822-201ENSMUST00000212231 259 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Tnnt2-201ENSMUST00000027671 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Naxe-201ENSMUST00000029708 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gm7075-201ENSMUST00000054760 425 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Sncb-201ENSMUST00000036825 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Ltbp3-201ENSMUST00000081496 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Paics-203ENSMUST00000120912 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gpr137-203ENSMUST00000099776 1569 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Slc39a5-201ENSMUST00000042666 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Bmpr1b-202ENSMUST00000098568 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Tnpo2-207ENSMUST00000211601 2941 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gas2-203ENSMUST00000107591 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Trmt13-210ENSMUST00000198454 880 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Hgsnat-201ENSMUST00000037609 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Mbip-201ENSMUST00000021416 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Porcn-202ENSMUST00000082320 1883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gm3164-201ENSMUST00000168866 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Traf1P39428 1700003E16Rik-201ENSMUST00000032106 2020 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Lamp1-201ENSMUST00000033824 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Srsf4-202ENSMUST00000053819 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Arl4c-203ENSMUST00000187810 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Zbtb10-201ENSMUST00000155203 7414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Rprm-201ENSMUST00000100089 1460 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gm13168-201ENSMUST00000121771 632 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Tsen2-203ENSMUST00000130425 638 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Lrrc36-204ENSMUST00000213547 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Sumf1-201ENSMUST00000032191 2593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Hira-201ENSMUST00000004222 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Eid2b-201ENSMUST00000094651 1751 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Elavl1-201ENSMUST00000098950 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Kdm3b-201ENSMUST00000043775 6363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Fgf3-201ENSMUST00000105898 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Runx2-210ENSMUST00000162373 1565 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Rhbdf1-201ENSMUST00000020524 2946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Mdfi-201ENSMUST00000035375 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Traf1P39428 a-202ENSMUST00000109697 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gm2559-201ENSMUST00000201323 363 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Zcchc13-201ENSMUST00000033692 1085 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Unc5b-201ENSMUST00000077925 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Clk3-201ENSMUST00000065330 2496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Hoxb3os-201ENSMUST00000131275 2315 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Lhx8-201ENSMUST00000177846 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Cdk4-201ENSMUST00000006911 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Rnf146-203ENSMUST00000160372 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gm12356-201ENSMUST00000122854 353 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Gm44878-201ENSMUST00000205812 1295 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
Traf1P39428 Fgf22-203ENSMUST00000219981 1070 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.5 ms