Protein–RNA interactions for Protein: O54879

Hmgb3, High mobility group protein B3, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hmgb3O54879 Por-201ENSMUST00000005651 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Ssc4d-204ENSMUST00000111153 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Dhx15-205ENSMUST00000199321 2550 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Insm1-201ENSMUST00000089257 3100 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Pigt-202ENSMUST00000117066 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Sertad4-204ENSMUST00000155579 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Lgr6-201ENSMUST00000044828 6675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Chpt1-201ENSMUST00000020253 3898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Soat2-201ENSMUST00000023806 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Hrh3-203ENSMUST00000164442 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Trir-201ENSMUST00000047281 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Oaz1-201ENSMUST00000060987 1071 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Hdhd5-201ENSMUST00000075303 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Lmo2-208ENSMUST00000170926 1529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Rnf112-201ENSMUST00000054927 3086 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Hmgb3O54879 Cyth2-202ENSMUST00000107729 2519 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Pparg-202ENSMUST00000171644 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Arx-201ENSMUST00000046565 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Chst7-201ENSMUST00000044138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Ssc4d-203ENSMUST00000111152 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Rbm43-201ENSMUST00000102767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Gm11549-201ENSMUST00000124606 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Gabra4-205ENSMUST00000199357 2407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Gm37352-201ENSMUST00000193908 2181 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Igsf8-202ENSMUST00000085912 2182 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Sptbn4-202ENSMUST00000108362 4861 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Nxn-201ENSMUST00000021204 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Foxo3-204ENSMUST00000175881 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Vangl2-202ENSMUST00000111263 6528 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Cpne7-201ENSMUST00000037900 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Alx4-201ENSMUST00000042078 5253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Klhdc8a-201ENSMUST00000046071 4269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Ddx41-201ENSMUST00000021956 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Ankrd9-201ENSMUST00000043459 1706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Insig2-201ENSMUST00000003818 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Zfp710-204ENSMUST00000206039 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Grk6-201ENSMUST00000001115 2994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Bhlhe41-201ENSMUST00000032386 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Dyrk1b-203ENSMUST00000172761 2018 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 1700028E10Rik-201ENSMUST00000181114 2034 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Ank1-203ENSMUST00000110688 7206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Prss32-201ENSMUST00000061725 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Adpgk-205ENSMUST00000217570 2484 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Ism1-201ENSMUST00000099307 2944 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Baz1b-201ENSMUST00000002825 6492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Gm9885-202ENSMUST00000186234 2209 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Mpp6-201ENSMUST00000036225 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Fam160b1-201ENSMUST00000036407 5630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Klhl25-202ENSMUST00000171155 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Exog-202ENSMUST00000164213 2627 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Brms1l-201ENSMUST00000059250 2609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Cd82-201ENSMUST00000028644 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Nags-201ENSMUST00000055409 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Adam22-205ENSMUST00000115385 2318 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Nfatc2-201ENSMUST00000029057 2310 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Gm4737-201ENSMUST00000059524 2093 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Schip1-206ENSMUST00000182719 2156 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Agbl5-215ENSMUST00000202060 3121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Snx21-206ENSMUST00000174070 1446 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Evi5l-209ENSMUST00000177053 1542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Rnaseh2a-202ENSMUST00000109736 2981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Klc3-203ENSMUST00000108458 1823 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Flt1-203ENSMUST00000110529 6292 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Rcor3-203ENSMUST00000192128 1578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Myd88-201ENSMUST00000035092 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Shank1-202ENSMUST00000107935 6649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 C2cd4c-202ENSMUST00000178228 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Pwwp2b-201ENSMUST00000093993 3057 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Otud7a-201ENSMUST00000058476 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Ppp1r3f-205ENSMUST00000150787 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Mark3-201ENSMUST00000075281 3321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Ddx39b-203ENSMUST00000173731 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Sdcbp-201ENSMUST00000029912 2745 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Cdca4-201ENSMUST00000062092 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Tbc1d2b-202ENSMUST00000128874 3473 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Sstr1-202ENSMUST00000110671 1752 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Slc25a3-203ENSMUST00000164505 1483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Nfib-206ENSMUST00000107248 3294 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 1700016H13Rik-205ENSMUST00000134926 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Rabac1-201ENSMUST00000076961 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Snx21-201ENSMUST00000056181 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Fancm-201ENSMUST00000058889 7775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Agps-201ENSMUST00000047232 7359 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hmgb3O54879 Rnf150-201ENSMUST00000078525 9682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.4 ms