Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Ica1-203ENSMUST00000115519 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Gpr162-204ENSMUST00000204667 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Matk-204ENSMUST00000120265 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Slain2-202ENSMUST00000144843 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Ccser1-203ENSMUST00000126214 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Ppp1r3g-203ENSMUST00000225537 2389 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Frmd3-202ENSMUST00000098006 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Anks6-202ENSMUST00000107747 3980 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Wdfy1-202ENSMUST00000113510 704 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Wdfy1-203ENSMUST00000113511 704 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Taf3-203ENSMUST00000114907 695 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Rtn4-210ENSMUST00000170731 1272 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Snx16-203ENSMUST00000195822 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Wdfy1-201ENSMUST00000048820 717 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Kctd17-201ENSMUST00000089414 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Fam46a-202ENSMUST00000187711 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Pkp4-210ENSMUST00000168631 4484 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Gm7856-201ENSMUST00000117514 1493 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Dusp14-202ENSMUST00000100705 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Slc35a2-209ENSMUST00000208397 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
Col28a1Q2UY11 Swsap1-201ENSMUST00000053583 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Ubxn1-202ENSMUST00000166407 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Gmds-201ENSMUST00000041859 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Cyp4f15-204ENSMUST00000168171 2168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Crocc-202ENSMUST00000097816 6273 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Dlgap2-203ENSMUST00000133298 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Col4a3bp-202ENSMUST00000109444 5285 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Fiz1-202ENSMUST00000165320 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 A730056A06Rik-201ENSMUST00000181299 2689 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Klhl25-202ENSMUST00000171155 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Hdgfl3-201ENSMUST00000026094 2865 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Slc9a5-201ENSMUST00000073149 3499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Prr3-204ENSMUST00000172900 439 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Gpr3-201ENSMUST00000052090 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Gm5874-201ENSMUST00000096101 508 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Gm42911-201ENSMUST00000199360 1630 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 AC123834.2-201ENSMUST00000224038 2340 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 6030419C18Rik-201ENSMUST00000085658 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Ciz1-201ENSMUST00000048964 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Pqlc1-207ENSMUST00000140594 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Gm4675-202ENSMUST00000164755 2322 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Slc39a10-201ENSMUST00000027131 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Prdm8-201ENSMUST00000112959 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Foxo3-202ENSMUST00000105501 1316 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Gp5-201ENSMUST00000061190 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Lrch3-208ENSMUST00000165616 1875 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Slc35a2-203ENSMUST00000115663 1527 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Itga9-201ENSMUST00000044165 7020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Gas2l1-203ENSMUST00000109895 2530 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Polr3h-201ENSMUST00000023113 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Tnrc18-201ENSMUST00000151477 6487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Nr1h2-202ENSMUST00000107910 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Kansl1l-201ENSMUST00000068168 4459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Dmtn-207ENSMUST00000228001 2437 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Brms1l-201ENSMUST00000059250 2609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Mtg1-201ENSMUST00000036977 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Atxn7-203ENSMUST00000223880 2946 ntAPPRIS P2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Fam168b-208ENSMUST00000191307 844 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Asap2-202ENSMUST00000064595 5678 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Gm21949-201ENSMUST00000182006 2369 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Ero1l-201ENSMUST00000022378 4418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Med14-201ENSMUST00000076016 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 F8a-201ENSMUST00000105111 2505 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Smad7-201ENSMUST00000026999 4278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Metap1-201ENSMUST00000029804 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Mpp3-203ENSMUST00000107167 2066 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Med31-201ENSMUST00000021157 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Wdr70-203ENSMUST00000227371 1130 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Leng1-201ENSMUST00000019878 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Lypla2-202ENSMUST00000105852 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Blcap-201ENSMUST00000088494 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Insig2-201ENSMUST00000003818 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Grk2-202ENSMUST00000088737 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Klhl25-201ENSMUST00000092073 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Lrch2-201ENSMUST00000112819 4892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Gm26884-201ENSMUST00000181207 3074 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Rab40c-207ENSMUST00000167626 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Tarbp2-202ENSMUST00000100168 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Dlgap2-209ENSMUST00000152652 3842 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 AC158777.2-201ENSMUST00000228787 398 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Gm5576-201ENSMUST00000075809 1236 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Gm9828-202ENSMUST00000126622 1446 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Smu1-201ENSMUST00000030117 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Tagln-201ENSMUST00000034590 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Kazald1-201ENSMUST00000026234 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Tpra1-201ENSMUST00000055022 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Slc10a4-201ENSMUST00000031127 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Dlg1-205ENSMUST00000115201 3248 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Lats2-201ENSMUST00000022531 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Antxr1-201ENSMUST00000042025 5253 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Mtmr1-201ENSMUST00000015358 4634 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Srp19-202ENSMUST00000119329 613 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Mrgbp-206ENSMUST00000169630 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Creld1-201ENSMUST00000032422 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Dtd2-202ENSMUST00000085404 1012 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Col28a1Q2UY11 Krt4-201ENSMUST00000023797 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Col28a1Q2UY11 Rragd-203ENSMUST00000098190 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.7 ms