Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Parp12-201ENSMUST00000038398 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Sirt1-201ENSMUST00000020257 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Zfp213-201ENSMUST00000095606 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 4930524B15Rik-201ENSMUST00000102829 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Ccdc124-201ENSMUST00000007865 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Gm21596-201ENSMUST00000178049 1316 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Baiap2-201ENSMUST00000026436 2394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Cbfb-201ENSMUST00000052209 2883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Atp5c1-203ENSMUST00000114897 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Tcta-202ENSMUST00000192886 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Gm26709-202ENSMUST00000223049 819 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Plpp1-202ENSMUST00000070951 1272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Hunk-201ENSMUST00000065856 5009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Tfdp2-202ENSMUST00000165120 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Zfp771-201ENSMUST00000052509 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Hoxa5-201ENSMUST00000048794 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 D830050J10Rik-202ENSMUST00000203858 1813 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Rapgefl1-202ENSMUST00000107479 4855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Tbc1d7-201ENSMUST00000021797 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Coa6-201ENSMUST00000059093 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Gm43545-201ENSMUST00000196765 2779 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Dcbld1-203ENSMUST00000218582 2795 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Map3k21-201ENSMUST00000034316 5693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Uqcrc1-201ENSMUST00000026743 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Dvl3-203ENSMUST00000171572 2493 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Glrb-201ENSMUST00000029654 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Cyb561-201ENSMUST00000019734 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Selenos-201ENSMUST00000101801 1191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Zpbp2-205ENSMUST00000107513 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Xkr6-201ENSMUST00000119973 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Gm15378-201ENSMUST00000121894 207 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Gm27032-201ENSMUST00000183124 1116 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Aga-203ENSMUST00000211424 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Pomc-204ENSMUST00000219543 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Cacnb1-203ENSMUST00000103144 2236 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Rab7-205ENSMUST00000113600 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Ccdc112-201ENSMUST00000072835 2801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Tax1bp3-201ENSMUST00000040687 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Arrdc4-202ENSMUST00000118110 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 AC153881.2-201ENSMUST00000214877 204 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Crybb1-201ENSMUST00000031286 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Paox-202ENSMUST00000097967 1024 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Neurl4-213ENSMUST00000177476 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Znrf1-204ENSMUST00000171182 5466 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Ccdc85c-202ENSMUST00000222310 4298 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Polg2-201ENSMUST00000021060 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Gm13441-201ENSMUST00000140104 1168 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Grp-201ENSMUST00000025395 862 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Ddost-201ENSMUST00000030538 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Phox2b-201ENSMUST00000012664 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Gm16933-201ENSMUST00000141741 2169 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Ung-202ENSMUST00000102584 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Gm10231-201ENSMUST00000181584 441 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Atp5g2-202ENSMUST00000185641 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Gm10175-202ENSMUST00000208752 441 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Sec11c-201ENSMUST00000025394 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Atp5g2-201ENSMUST00000075630 441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 Syt5-201ENSMUST00000065957 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Col6a1Q04857 4933428G20Rik-201ENSMUST00000056955 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Smarcad1-201ENSMUST00000031984 5168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Mdfi-202ENSMUST00000066368 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Rem2-202ENSMUST00000164766 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Dhrs7-201ENSMUST00000021512 1385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Lrg1-201ENSMUST00000041357 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Scn1b-203ENSMUST00000211945 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Psen2-202ENSMUST00000111104 1475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Gpatch2-201ENSMUST00000044812 1639 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Arid3c-204ENSMUST00000171251 1751 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Schip1-205ENSMUST00000182532 2059 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Tnfaip8l2-201ENSMUST00000013851 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Gm44549-201ENSMUST00000208351 577 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Psenen-201ENSMUST00000043898 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Espn-202ENSMUST00000049305 1142 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Snx12-201ENSMUST00000077876 1002 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Odf1-201ENSMUST00000081966 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Gm7579-201ENSMUST00000097943 732 ntAPPRIS P1 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Rcor1-201ENSMUST00000084968 5684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Slc3a2-201ENSMUST00000010239 1819 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Unc5b-201ENSMUST00000077925 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Slc35d3-201ENSMUST00000059805 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Vti1b-201ENSMUST00000055262 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Rrp15-201ENSMUST00000001339 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Nrxn2-205ENSMUST00000113462 6667 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Gm26837-201ENSMUST00000180821 2110 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Sdr39u1-201ENSMUST00000111325 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 2510002D24Rik-204ENSMUST00000191388 995 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Siah1b-201ENSMUST00000037928 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Col6a1Q04857 Sapcd2-203ENSMUST00000114293 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23 ms