Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Nkx2-1-202ENSMUST00000178477 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Rasgrf2-206ENSMUST00000216219 2115 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Pacsin3-215ENSMUST00000168916 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Pacsin3-201ENSMUST00000028694 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Socs2-213ENSMUST00000170690 2195 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Ankrd17-214ENSMUST00000218526 4938 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Atp8b2-202ENSMUST00000107396 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Dmrta2os-202ENSMUST00000141893 691 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 B430219N15Rik-201ENSMUST00000147230 835 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Mir5122-201ENSMUST00000175004 89 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Comtd1-204ENSMUST00000177527 714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Mrpl21-202ENSMUST00000025745 1138 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Dcxr-201ENSMUST00000026144 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Npw-201ENSMUST00000095544 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 March11-202ENSMUST00000140840 1558 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gm43909-201ENSMUST00000203443 1876 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Faap24-201ENSMUST00000032704 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Prdm13-202ENSMUST00000095141 3173 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Nkpd1-203ENSMUST00000214205 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 4930518J20Rik-201ENSMUST00000195064 1478 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Pomgnt1-203ENSMUST00000106498 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Thoc6-201ENSMUST00000047436 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Stac-201ENSMUST00000035083 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Cacnb1-202ENSMUST00000092736 1880 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Cacul1-202ENSMUST00000111460 5561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Gm13441-201ENSMUST00000140104 1168 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 B930094E09Rik-201ENSMUST00000164667 1240 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Atp5l-201ENSMUST00000043675 544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Chd5-202ENSMUST00000030775 9486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Lrch3-201ENSMUST00000023491 5536 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Lzts2-202ENSMUST00000178087 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Srcin1-201ENSMUST00000107590 5493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Sfmbt2-204ENSMUST00000114864 1901 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Rps6ka2-201ENSMUST00000024575 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Tmem164-201ENSMUST00000087333 5149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Ap1ar-201ENSMUST00000051737 2662 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Slc30a9-204ENSMUST00000162372 5711 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Dlg1-202ENSMUST00000064477 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Zfp710-204ENSMUST00000206039 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Arl4aos-201ENSMUST00000135883 748 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Gm26643-201ENSMUST00000180854 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Gm44549-201ENSMUST00000208351 577 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Crybb1-201ENSMUST00000031286 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Avp-201ENSMUST00000046001 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Dlg3-204ENSMUST00000113736 4940 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Psen2-202ENSMUST00000111104 1475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Ypel1-201ENSMUST00000035682 3322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Asap2-203ENSMUST00000090834 5097 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Tmem80-206ENSMUST00000133012 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Cxadr-201ENSMUST00000023572 5734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Dtnb-216ENSMUST00000173736 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Kcnt1-203ENSMUST00000114172 5219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Pigp-202ENSMUST00000113906 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Eif3h-201ENSMUST00000022925 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Gbx2-201ENSMUST00000036954 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Nkx2-2-201ENSMUST00000067075 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Pank2-204ENSMUST00000150843 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Ankrd54-201ENSMUST00000040676 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Gm6802-201ENSMUST00000167843 1983 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Stbd1-201ENSMUST00000050952 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Arid3c-202ENSMUST00000150809 1327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Zcchc24-201ENSMUST00000069180 4556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Sapcd2-203ENSMUST00000114293 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Bola3-207ENSMUST00000136501 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Gm5475-201ENSMUST00000132119 2608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Zswim8-208ENSMUST00000224751 5951 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Lacc1-201ENSMUST00000062789 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Caskin1-201ENSMUST00000024958 6172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Gfer-201ENSMUST00000046839 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Gm26971-201ENSMUST00000182423 1072 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Gm27741-201ENSMUST00000185060 237 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Pdlim5-202ENSMUST00000058626 873 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Car11-201ENSMUST00000003360 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Ltbp4-205ENSMUST00000121175 5118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 AC123857.1-201ENSMUST00000181053 2312 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Mob2-201ENSMUST00000084418 1490 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Tor2a-201ENSMUST00000009707 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Slc26a10-201ENSMUST00000095270 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Zfp467-208ENSMUST00000114564 626 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Ccnd3-ps-201ENSMUST00000117963 881 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Tsen2-203ENSMUST00000130425 638 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Gm45337-201ENSMUST00000210537 1267 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Cdh4-201ENSMUST00000000314 6388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Dnajb2-201ENSMUST00000055223 1199 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Rpl21-202ENSMUST00000075453 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Mmp15-201ENSMUST00000034243 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Pgam5-201ENSMUST00000059229 2044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Nsfl1c-203ENSMUST00000103160 1369 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Capg-202ENSMUST00000114071 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Gm45472-201ENSMUST00000211295 1426 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Ntn1-201ENSMUST00000021284 5738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col8a1Q00780 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 44.2 ms