Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Gm5874-201ENSMUST00000096101 508 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
Usp4P35123 Hoxa1-202ENSMUST00000120363 2043 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Usp4P35123 Tagln-201ENSMUST00000034590 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Brpf3-201ENSMUST00000004985 5766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Lrrc57-204ENSMUST00000102499 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Moap1-201ENSMUST00000173760 1312 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Rnaseh2a-202ENSMUST00000109736 2981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Dlg1-202ENSMUST00000064477 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Dtymk-201ENSMUST00000027503 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Krtap5-4-201ENSMUST00000061403 1046 ntAPPRIS P1 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Usp4P35123 4930540M05Rik-201ENSMUST00000180527 2068 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Prmt9-202ENSMUST00000118622 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Prmt9-201ENSMUST00000056237 2781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Rnf112-203ENSMUST00000102661 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Gm37811-201ENSMUST00000192416 2601 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Asphd1-203ENSMUST00000106340 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Gm5577-201ENSMUST00000134600 1434 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Keap1-206ENSMUST00000216436 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Creg1-202ENSMUST00000111432 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Tuba3b-201ENSMUST00000087445 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Actl6b-205ENSMUST00000139395 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Grk2-202ENSMUST00000088737 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Timm29-201ENSMUST00000062125 3170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Prcd-201ENSMUST00000106381 724 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 2310061I04Rik-203ENSMUST00000148482 1193 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 D630036H23Rik-201ENSMUST00000171007 940 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Hyi-201ENSMUST00000006562 910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Dennd3-201ENSMUST00000043414 5299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Gm5464-201ENSMUST00000100453 2156 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Dusp14-202ENSMUST00000100705 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Kdelr3-201ENSMUST00000010974 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 St8sia5-202ENSMUST00000079618 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Chka-201ENSMUST00000025760 2319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Adgrv1-211ENSMUST00000146749 1592 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Trpc4ap-202ENSMUST00000103140 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Gm26689-201ENSMUST00000180927 1818 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Gm26553-201ENSMUST00000181531 1818 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Ache-202ENSMUST00000085934 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Tgif1-209ENSMUST00000166395 1714 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Mrgbp-206ENSMUST00000169630 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Gm43173-201ENSMUST00000202246 593 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Rtn4rl2-201ENSMUST00000054514 1263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Dtd2-202ENSMUST00000085404 1012 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Cspg5-205ENSMUST00000199736 2107 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Paxip1-201ENSMUST00000002291 5850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Qpct-201ENSMUST00000040789 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Bicdl1-203ENSMUST00000118576 1874 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Ccdc149-201ENSMUST00000059428 3295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Arhgef9-208ENSMUST00000128565 2285 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Hnrnpd-211ENSMUST00000172361 6811 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Tex30-212ENSMUST00000152239 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Usp4P35123 U2af2-209ENSMUST00000209099 2088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Tlcd1-202ENSMUST00000098545 2897 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Ezh2-204ENSMUST00000114618 2775 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Gm19439-201ENSMUST00000198195 2273 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Khdrbs2-201ENSMUST00000027226 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Eif2b4-201ENSMUST00000077693 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Fam78b-205ENSMUST00000165874 4986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Rad1-201ENSMUST00000022856 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Slc47a2-201ENSMUST00000093029 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Dlg3-204ENSMUST00000113736 4940 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Hotairm1-201ENSMUST00000129546 409 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Lmo1-202ENSMUST00000207178 912 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Med31-201ENSMUST00000021157 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Gsc-201ENSMUST00000021513 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Lbx2-201ENSMUST00000041265 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Sdcbp-201ENSMUST00000029912 2745 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Nus1-201ENSMUST00000023830 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Mob2-205ENSMUST00000211000 1646 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Insm1-201ENSMUST00000089257 3100 ntAPPRIS P1 BASIC19.47■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Ppa1-201ENSMUST00000020286 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Ccdc91-201ENSMUST00000032441 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Fbxl21-202ENSMUST00000121095 798 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Gpr3-201ENSMUST00000052090 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Etnk1-203ENSMUST00000204947 1791 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Slc5a10-201ENSMUST00000051552 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Hspa1l-201ENSMUST00000007248 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Usp4P35123 Snx21-201ENSMUST00000056181 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Aire-203ENSMUST00000105396 1749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Aire-214ENSMUST00000154374 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Aire-215ENSMUST00000155021 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Gm3020-202ENSMUST00000167430 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Gm10409-201ENSMUST00000170123 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Gm28523-201ENSMUST00000190040 1588 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Prkaca-201ENSMUST00000005606 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Atxn2-201ENSMUST00000051950 4472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Pacs2-207ENSMUST00000223502 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 1110004F10Rik-201ENSMUST00000032899 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Zfp771-201ENSMUST00000052509 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Wnk2-210ENSMUST00000162403 6147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Plekhf2-201ENSMUST00000054776 2977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 2810004N23Rik-201ENSMUST00000034465 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 1600012H06Rik-202ENSMUST00000164837 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Ddx59-201ENSMUST00000027655 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Fam71b-201ENSMUST00000063166 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
Usp4P35123 Mtrf1l-201ENSMUST00000019908 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.1 ms