Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Smarcd3-201ENSMUST00000030791 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
Sf3b1Q99NB9 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Eif2b4-202ENSMUST00000114603 1966 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 D030062O11Rik-201ENSMUST00000192660 2806 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 1700101I19Rik-202ENSMUST00000186712 510 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Tmem126a-201ENSMUST00000032844 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Hist2h2ac-201ENSMUST00000090782 520 ntAPPRIS P1 BASIC19.89■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Nectin1-201ENSMUST00000034510 5653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 D16Ertd472e-202ENSMUST00000114219 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Arrb2-202ENSMUST00000084954 1732 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Celf6-203ENSMUST00000118549 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Ptpmt1-203ENSMUST00000125001 3183 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Ppp1r8-202ENSMUST00000105919 1090 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 1110004F10Rik-202ENSMUST00000106607 1153 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Trmt13-210ENSMUST00000198454 880 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Fgf22-203ENSMUST00000219981 1070 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Tnnt2-201ENSMUST00000027671 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Pdlim5-202ENSMUST00000058626 873 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Ppp1r36-201ENSMUST00000063977 1515 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Intu-201ENSMUST00000061590 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Sphk1-203ENSMUST00000100201 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Lgmn-202ENSMUST00000110020 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Fkbp9-201ENSMUST00000031795 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Pigt-202ENSMUST00000117066 1712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Tradd-201ENSMUST00000034359 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Mbip-201ENSMUST00000021416 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 AI314180-201ENSMUST00000055822 1478 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Gdf1-201ENSMUST00000207684 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Gm13168-201ENSMUST00000121771 632 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Gssos2-201ENSMUST00000130859 727 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Parp12-201ENSMUST00000038398 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Ythdf1-201ENSMUST00000037299 3184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Glrb-201ENSMUST00000029654 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Daxx-202ENSMUST00000170075 2673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Samd10-201ENSMUST00000060173 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 AA465934-203ENSMUST00000177150 383 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Zfp580-201ENSMUST00000069324 1096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Smn1-202ENSMUST00000091321 223 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Abhd8-201ENSMUST00000008094 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Bmpr1b-202ENSMUST00000098568 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Agfg1-202ENSMUST00000113444 3142 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Lefty1-201ENSMUST00000037361 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Car11-201ENSMUST00000003360 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Gm43545-201ENSMUST00000196765 2779 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Hsf1-204ENSMUST00000226872 2104 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Nrxn2-208ENSMUST00000137166 6314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 E030030I06Rik-202ENSMUST00000179054 2081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Spg7-211ENSMUST00000153285 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Sncb-201ENSMUST00000036825 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Krt24-201ENSMUST00000017255 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Dmrt1-201ENSMUST00000025755 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Zfp560-202ENSMUST00000143992 608 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Gm44878-201ENSMUST00000205812 1295 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Rpl18-202ENSMUST00000209287 1027 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Gm7075-201ENSMUST00000054760 425 ntAPPRIS P1 BASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 AC165249.1-201ENSMUST00000220031 1599 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Tmem132b-201ENSMUST00000031446 7995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Slc35d3-201ENSMUST00000059805 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Cox18-201ENSMUST00000048363 1333 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Iqsec1-210ENSMUST00000212100 3500 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Zdhhc14-201ENSMUST00000089185 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Gm13441-201ENSMUST00000140104 1168 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Atp23-202ENSMUST00000168520 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Hspe1-201ENSMUST00000075242 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Ahsa2-201ENSMUST00000020529 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Gm45640-201ENSMUST00000210665 1896 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Slc35f4-204ENSMUST00000138884 1810 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Rprm-201ENSMUST00000100089 1460 ntAPPRIS P1 BASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Gsx2-201ENSMUST00000040477 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 5031439G07Rik-201ENSMUST00000047144 6845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Rela-201ENSMUST00000025867 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Nnat-210ENSMUST00000173839 1135 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Gm29458-201ENSMUST00000187093 354 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Gtf2h2-201ENSMUST00000066940 1065 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Chpt1-202ENSMUST00000073783 852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
Sf3b1Q99NB9 Rchy1-201ENSMUST00000031345 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Ntmt1-201ENSMUST00000041830 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 H19-202ENSMUST00000136359 2286 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Gm11713-201ENSMUST00000139941 523 ntTSL 3 BASIC19.82■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Fgf2os-201ENSMUST00000153785 1441 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Crlf2-203ENSMUST00000200284 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Fgf3-201ENSMUST00000105898 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Dvl3-203ENSMUST00000171572 2493 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Lhx8-201ENSMUST00000177846 2076 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Ern1-203ENSMUST00000106800 654 ntTSL 3 BASIC19.81■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Gm45894-202ENSMUST00000212728 1097 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Rps2-ps3-201ENSMUST00000213102 832 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Mrpl10-202ENSMUST00000054252 744 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Fam3c-205ENSMUST00000165576 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
Sf3b1Q99NB9 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.8 ms