Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Lsm12-201ENSMUST00000021297 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 Zfp69-201ENSMUST00000106280 2362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 Zfp771-201ENSMUST00000052509 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 Hmga1-202ENSMUST00000117254 1328 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 Panx1-202ENSMUST00000164273 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 Cacul1-203ENSMUST00000166712 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 Gm2399-201ENSMUST00000104944 225 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 Gnas-205ENSMUST00000109083 730 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 AC154266.1-201ENSMUST00000223190 503 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 Nudt8-202ENSMUST00000025802 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 Atp5c1-201ENSMUST00000026887 1060 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 2810474O19Rik-201ENSMUST00000046689 6066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 Glrx5-201ENSMUST00000021522 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
Col8a1Q00780 Ccdc61-201ENSMUST00000098780 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Tradd-201ENSMUST00000034359 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gm21596-201ENSMUST00000178049 1316 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Aktip-202ENSMUST00000120213 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Fgf2os-201ENSMUST00000153785 1441 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Fmnl2-201ENSMUST00000049483 5461 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Runx1-203ENSMUST00000168195 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Usp2-202ENSMUST00000065461 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gpatch2-201ENSMUST00000044812 1639 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Nrxn2-204ENSMUST00000113461 5505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Tnfaip8l2-201ENSMUST00000013851 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gm43799-201ENSMUST00000201845 579 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gm7367-201ENSMUST00000057611 492 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Limd2-202ENSMUST00000064545 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Ints11-201ENSMUST00000030901 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Eml4-203ENSMUST00000112363 5238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Intu-201ENSMUST00000061590 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Fam19a5-201ENSMUST00000068088 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Snca-201ENSMUST00000114268 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gm6433-201ENSMUST00000118634 875 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Ramp2-202ENSMUST00000122006 899 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 1110065P20Rik-203ENSMUST00000137769 659 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Fau-203ENSMUST00000179142 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Psenen-201ENSMUST00000043898 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Nme2-202ENSMUST00000072566 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gm5417-201ENSMUST00000079706 384 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Tm7sf2-202ENSMUST00000113543 1498 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gm10167-201ENSMUST00000150411 1479 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Prss32-201ENSMUST00000061725 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Arrb2-205ENSMUST00000108568 1777 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Msto1-201ENSMUST00000107494 2093 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gapvd1-201ENSMUST00000028224 5695 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Ccdc112-201ENSMUST00000072835 2801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Scrn2-201ENSMUST00000021249 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Rrp15-201ENSMUST00000001339 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Scamp3-201ENSMUST00000029684 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 2200002D01Rik-201ENSMUST00000032808 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 2210408F21Rik-208ENSMUST00000144612 450 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gm11527-201ENSMUST00000153795 596 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gm20695-202ENSMUST00000176233 1012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 1700025A08Rik-201ENSMUST00000200753 609 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Btg1-202ENSMUST00000218953 668 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Setd4-202ENSMUST00000113951 1826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Skor2-201ENSMUST00000166956 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Stoml2-201ENSMUST00000030169 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Mpz-201ENSMUST00000070758 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Zfp644-204ENSMUST00000112696 5785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gm26682-201ENSMUST00000180850 1729 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Mdfi-202ENSMUST00000066368 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gm20390-201ENSMUST00000170303 991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Arpc4-202ENSMUST00000171058 695 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Rps28-201ENSMUST00000087342 392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Cerk-201ENSMUST00000044332 4518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Hmgxb3-201ENSMUST00000091884 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Rem2-202ENSMUST00000164766 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Cobll1-202ENSMUST00000102726 5031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Cobll1-203ENSMUST00000112429 5045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Slc35f4-201ENSMUST00000074368 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Hhipl1-201ENSMUST00000021685 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Opa3-202ENSMUST00000161711 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Etnk1-203ENSMUST00000204947 1791 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 H2-K2-201ENSMUST00000174250 1049 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 1600023N17Rik-201ENSMUST00000196242 1007 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Rex1bd-201ENSMUST00000075175 671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Rock2-201ENSMUST00000020904 7644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Col8a1Q00780 Gpr160-204ENSMUST00000108261 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 206.5 ms