Protein–RNA interactions for Protein: O55017

Cacna1b, Voltage-dependent N-type calcium channel subunit alpha-1B, mousemouse

Predictions only

Length 2,327 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cacna1bO55017 Noc2l-201ENSMUST00000179543 2785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cacna1bO55017 AC165249.1-201ENSMUST00000220031 1599 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cacna1bO55017 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cacna1bO55017 Tcf7l1-202ENSMUST00000114053 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cacna1bO55017 Mpz-201ENSMUST00000070758 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cacna1bO55017 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Cacna1bO55017 Gm18666-201ENSMUST00000190039 958 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
Cacna1bO55017 Fbxo45-201ENSMUST00000042732 4179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Cacna1bO55017 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Slc30a1-201ENSMUST00000044954 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Celf6-201ENSMUST00000034840 2765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Gm12504-201ENSMUST00000120860 2231 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 B430219N15Rik-201ENSMUST00000147230 835 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 B930094E09Rik-201ENSMUST00000164667 1240 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Hnrnph3-202ENSMUST00000118898 2168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Tcta-202ENSMUST00000192886 1094 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Derl3-201ENSMUST00000009236 1321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Gm4969-202ENSMUST00000141380 1892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Smarcd3-208ENSMUST00000195943 1712 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Smarcd3-201ENSMUST00000030791 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Gm42884-202ENSMUST00000202523 423 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Rpl21-203ENSMUST00000099272 1067 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Nars2-202ENSMUST00000107159 1777 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Znrf1-205ENSMUST00000172856 4600 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Nrn1l-201ENSMUST00000060167 617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Nsfl1c-203ENSMUST00000103160 1369 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Hes1-201ENSMUST00000023171 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Scamp3-201ENSMUST00000029684 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 March11-202ENSMUST00000140840 1558 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Zdhhc5-201ENSMUST00000035840 4706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Prdm8-201ENSMUST00000112959 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 E530011L22Rik-202ENSMUST00000216791 2007 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Tnfaip8l2-201ENSMUST00000013851 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Zbtb4-203ENSMUST00000108640 4067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Lgr4-201ENSMUST00000046548 5060 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Gm2399-201ENSMUST00000104944 225 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Zfp467-208ENSMUST00000114564 626 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Gm15043-201ENSMUST00000118843 1543 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Galnt1-206ENSMUST00000170243 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 4933428G20Rik-201ENSMUST00000056955 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Prr23a1-201ENSMUST00000170349 883 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Avp-201ENSMUST00000046001 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Plpp1-202ENSMUST00000070951 1272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Gpr137c-207ENSMUST00000227086 4997 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 9430060I03Rik-201ENSMUST00000191563 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Znhit1-203ENSMUST00000111090 698 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Btg1-202ENSMUST00000218953 668 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 D930007J09Rik-201ENSMUST00000057911 393 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Stx4a-201ENSMUST00000033075 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Dlg3-202ENSMUST00000087984 4956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Gm32699-201ENSMUST00000221728 1988 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Meis3-201ENSMUST00000002495 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Gm28523-201ENSMUST00000190040 1588 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Coa6-201ENSMUST00000059093 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Rbm7-201ENSMUST00000170000 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Fau-203ENSMUST00000179142 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Pomc-204ENSMUST00000219543 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Eif3h-201ENSMUST00000022925 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Tax1bp3-201ENSMUST00000040687 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Galr2-201ENSMUST00000055872 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Espn-208ENSMUST00000105654 1566 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Vmn1r17-205ENSMUST00000228342 2230 ntAPPRIS P2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Galnt16-204ENSMUST00000218943 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 2310022B05Rik-201ENSMUST00000034464 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Alkbh1-212ENSMUST00000185301 408 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Gm43799-201ENSMUST00000201845 579 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Dnajb11-201ENSMUST00000004574 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Casp6-201ENSMUST00000029626 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 AI480526-205ENSMUST00000160255 1095 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Cacna1bO55017 Atrn-201ENSMUST00000028781 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Acss2-203ENSMUST00000103142 2145 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Fam49b-202ENSMUST00000164532 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Gm10231-201ENSMUST00000181584 441 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Atp5g2-202ENSMUST00000185641 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Gm10175-202ENSMUST00000208752 441 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Cenps-201ENSMUST00000030813 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Cmtm7-201ENSMUST00000035009 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Atp5g2-201ENSMUST00000075630 441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Tcerg1l-201ENSMUST00000160436 2565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Xkr4-201ENSMUST00000070533 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Lhx2-203ENSMUST00000143783 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Efcc1-201ENSMUST00000032132 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Cacna1bO55017 Trim71-201ENSMUST00000111816 9332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.6 ms