Protein–RNA interactions for Protein: Q80XJ3

Ttc28, Tetratricopeptide repeat protein 28, mousemouse

Predictions only

Length 2,450 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ttc28Q80XJ3 Hnrnph3-202ENSMUST00000118898 2168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Snca-201ENSMUST00000114268 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Zfp467-208ENSMUST00000114564 626 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Gm20695-202ENSMUST00000176233 1012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Osbpl2-201ENSMUST00000040668 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Vmn1r17-205ENSMUST00000228342 2230 ntAPPRIS P2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Meis3-201ENSMUST00000002495 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Slc39a7-203ENSMUST00000169397 2107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Hoxc6-201ENSMUST00000001711 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Gm5901-201ENSMUST00000106805 1140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Tnfaip8l2-201ENSMUST00000013851 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Gm7579-201ENSMUST00000097943 732 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Gm42884-202ENSMUST00000202523 423 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Bex3-201ENSMUST00000053540 930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Dpy19l1-206ENSMUST00000170356 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Best2-202ENSMUST00000209322 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Lhx2-203ENSMUST00000143783 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Fau-203ENSMUST00000179142 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Pomc-204ENSMUST00000219543 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Gm32699-201ENSMUST00000221728 1988 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Nhlh1-201ENSMUST00000059794 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 6820408C15Rik-201ENSMUST00000039961 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Derl3-201ENSMUST00000009236 1321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Gm45472-201ENSMUST00000211295 1426 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Scamp3-201ENSMUST00000029684 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 9430060I03Rik-201ENSMUST00000191563 1689 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Rps5-202ENSMUST00000108539 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 9130019P16Rik-201ENSMUST00000135612 1019 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Gm11527-201ENSMUST00000153795 596 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Dcxr-201ENSMUST00000026144 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Avp-201ENSMUST00000046001 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Rex1bd-201ENSMUST00000075175 671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Tmem230-206ENSMUST00000180286 1531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Dxo-211ENSMUST00000180043 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Paqr3-201ENSMUST00000069453 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Prr23a1-201ENSMUST00000170349 883 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Hs3st4-201ENSMUST00000106437 3189 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Dnajb11-201ENSMUST00000004574 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
Ttc28Q80XJ3 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Gm12504-201ENSMUST00000120860 2231 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
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Ttc28Q80XJ3 Atp5g2-202ENSMUST00000185641 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
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Ttc28Q80XJ3 Atp5g2-201ENSMUST00000075630 441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Vti1b-201ENSMUST00000055262 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
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Ttc28Q80XJ3 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
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Ttc28Q80XJ3 Sec11c-201ENSMUST00000025394 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Tead1-204ENSMUST00000106638 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Gm43799-201ENSMUST00000201845 579 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Gm43672-201ENSMUST00000199072 1731 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 1700065D16Rik-204ENSMUST00000189348 1540 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Mal2-201ENSMUST00000025356 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Exosc3-201ENSMUST00000030003 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Cmtm7-201ENSMUST00000035009 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Rps28-201ENSMUST00000087342 392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Qpct-201ENSMUST00000040789 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Ppm1m-203ENSMUST00000140761 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Ghrhr-202ENSMUST00000203241 1328 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Gabarapl1-202ENSMUST00000204487 902 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Pcgf6-201ENSMUST00000026032 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Rbm7-201ENSMUST00000170000 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Lce1m-201ENSMUST00000029520 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Bmyc-201ENSMUST00000061483 983 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Ttc28Q80XJ3 Hpdl-201ENSMUST00000055436 1804 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.5 ms