Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Gm9817-201ENSMUST00000054395 2531 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Calml3-201ENSMUST00000077698 1421 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Catsper2-201ENSMUST00000038073 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Rpl26-202ENSMUST00000101014 657 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Svbp-203ENSMUST00000106345 684 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Ern1-203ENSMUST00000106800 654 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Gm13168-201ENSMUST00000121771 632 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Nudt8-203ENSMUST00000122924 1082 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Rex1bd-206ENSMUST00000136913 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 B930094E09Rik-201ENSMUST00000164667 1240 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 1700101I19Rik-202ENSMUST00000186712 510 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Gng10-201ENSMUST00000041160 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Bex2-201ENSMUST00000049130 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Fam19a5-201ENSMUST00000068088 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Ssbp2-202ENSMUST00000042122 1633 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Mapre3-202ENSMUST00000200692 1816 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Xk-201ENSMUST00000015486 5076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Hmx2-202ENSMUST00000183219 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Zmym3-207ENSMUST00000120201 1859 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
Nkx3-1P97436 Pdcd7-201ENSMUST00000048184 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Skor2-201ENSMUST00000166956 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Ttc39a-203ENSMUST00000106619 1778 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Schip1-206ENSMUST00000182719 2156 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Gm15648-201ENSMUST00000149681 778 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Gm27032-201ENSMUST00000183124 1116 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Gm44672-201ENSMUST00000206944 1098 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Mpz-201ENSMUST00000070758 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Rell2-210ENSMUST00000176104 2150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Brpf3-201ENSMUST00000004985 5766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Nphp1-202ENSMUST00000110357 2296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Gramd1a-202ENSMUST00000085636 2543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Speg-204ENSMUST00000113589 833 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Gm37856-201ENSMUST00000191634 999 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Smn1-201ENSMUST00000022147 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Tmem126a-201ENSMUST00000032844 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Zfyve9-202ENSMUST00000106657 6459 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Runx1-203ENSMUST00000168195 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Lbp-202ENSMUST00000109491 1322 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 March11-202ENSMUST00000140840 1558 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Arrb2-203ENSMUST00000102563 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Sncb-201ENSMUST00000036825 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 H2afx-201ENSMUST00000052686 1384 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Cyp2r1-207ENSMUST00000211506 1887 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Dnajb11-201ENSMUST00000004574 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Mpg-201ENSMUST00000020528 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Dip2c-203ENSMUST00000174552 8023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Bhlhe23-201ENSMUST00000108878 2520 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Vim-206ENSMUST00000193675 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Nat9-201ENSMUST00000103038 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Mrps10-203ENSMUST00000119945 1018 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Zfp560-202ENSMUST00000143992 608 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 AA465934-203ENSMUST00000177150 383 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Jsrp1-201ENSMUST00000020435 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Gm45894-202ENSMUST00000212728 1097 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Tnnt2-201ENSMUST00000027671 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Cmc1-201ENSMUST00000044220 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 AC123857.1-201ENSMUST00000181053 2312 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Mark2-202ENSMUST00000032557 4488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Sema6d-203ENSMUST00000077847 6444 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Dgat1-201ENSMUST00000023214 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Anapc16-201ENSMUST00000020307 1379 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Alg1-201ENSMUST00000049207 1669 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Psen2-202ENSMUST00000111104 1475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Crocc-202ENSMUST00000097816 6273 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Mbip-201ENSMUST00000021416 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Vav3-201ENSMUST00000046864 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Nkx2-1-202ENSMUST00000178477 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Aunip-201ENSMUST00000105866 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Ube2i-213ENSMUST00000174031 824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 1810059H22Rik-205ENSMUST00000204570 690 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Myl6-206ENSMUST00000218127 691 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Psenen-201ENSMUST00000043898 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 1700067K01Rik-201ENSMUST00000060357 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Prr29-201ENSMUST00000009354 1112 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Tex264-203ENSMUST00000169068 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Wdr20-205ENSMUST00000193053 1351 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Arid3c-204ENSMUST00000171251 1751 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Snapc2-201ENSMUST00000011981 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Slc35f4-201ENSMUST00000074368 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Stau2-201ENSMUST00000027052 2763 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Taz-208ENSMUST00000132437 768 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Gm17098-201ENSMUST00000166507 628 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Gm26524-201ENSMUST00000192339 390 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Timp4-202ENSMUST00000205131 945 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Rab3c-203ENSMUST00000224180 967 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Nat8-201ENSMUST00000032073 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Nkx3-1P97436 Wnk2-210ENSMUST00000162403 6147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.7 ms