Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Spcs1-207ENSMUST00000228767 1008 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Etnk2-203ENSMUST00000135222 2297 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Tfeb-203ENSMUST00000113284 1974 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Ntf5-201ENSMUST00000058879 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Usf2-201ENSMUST00000058860 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Tbx2-201ENSMUST00000000095 3626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Prss12-201ENSMUST00000029603 2602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Kcns2-201ENSMUST00000072868 5456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Uqcrfs1-201ENSMUST00000042834 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Hhex-201ENSMUST00000025944 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Nus1-201ENSMUST00000023830 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Uhmk1-201ENSMUST00000027979 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Snhg20-203ENSMUST00000182811 2153 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Ppm1a-201ENSMUST00000021514 7668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 6230400D17Rik-202ENSMUST00000224976 1019 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Tmco4-202ENSMUST00000050949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Ahcyl2-204ENSMUST00000115242 5152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Ehmt2-203ENSMUST00000097342 3934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Agfg1-206ENSMUST00000189220 8044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 AC166356.1-201ENSMUST00000228236 1426 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Rab3il1-201ENSMUST00000113161 2225 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Rassf8-203ENSMUST00000111704 5446 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Csnk1e-203ENSMUST00000122044 3174 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Arhgef1-204ENSMUST00000117796 3508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Ttyh3-201ENSMUST00000042661 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 C1ql3-201ENSMUST00000061545 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Ubxn2a-203ENSMUST00000142867 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Ube2q2-201ENSMUST00000059555 3456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Srsf4-202ENSMUST00000053819 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Cacng4-201ENSMUST00000021066 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Exoc5-206ENSMUST00000161504 2582 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Mrps16-201ENSMUST00000061444 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Klc3-204ENSMUST00000108459 1849 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Sarnp-201ENSMUST00000105230 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gm12251-201ENSMUST00000117893 792 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gm15270-201ENSMUST00000125158 870 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gm7291-201ENSMUST00000199147 382 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gm43060-201ENSMUST00000200621 289 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gins3-202ENSMUST00000212434 654 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Krtap5-3-201ENSMUST00000084414 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Asb1-202ENSMUST00000086843 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 E4f1-205ENSMUST00000226941 2642 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Pla2g12a-201ENSMUST00000029629 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Anapc5-205ENSMUST00000197074 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Anapc5-212ENSMUST00000199406 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Mtcl1-202ENSMUST00000097291 7274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Pdzd8-201ENSMUST00000099274 7076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Arpc5-202ENSMUST00000097536 1737 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gm572-201ENSMUST00000105698 1385 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Mms22l-205ENSMUST00000138567 1350 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Yipf2-202ENSMUST00000078572 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Bcl9l-206ENSMUST00000220303 5760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gm16201-202ENSMUST00000139218 2330 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Thap11-201ENSMUST00000040445 1819 ntAPPRIS P1 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Slc39a7-203ENSMUST00000169397 2107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gmcl1-201ENSMUST00000001185 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Pkp4-210ENSMUST00000168631 4484 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gorasp2-203ENSMUST00000112205 1196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gm11650-201ENSMUST00000141271 1145 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Pea15a-201ENSMUST00000013842 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Fbxo24-202ENSMUST00000111002 2306 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Camta1-204ENSMUST00000105670 4961 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Dusp26-201ENSMUST00000036631 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Gm6085-201ENSMUST00000182774 1470 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Smox-202ENSMUST00000110179 1320 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Pitpnm2-210ENSMUST00000162812 6952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Gm44832-201ENSMUST00000208849 2303 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Rxrb-203ENSMUST00000173354 1743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Nat14-204ENSMUST00000207687 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Rnf39-202ENSMUST00000173072 631 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Tead2-201ENSMUST00000033060 2140 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Fbxo2-201ENSMUST00000047951 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Gm9922-201ENSMUST00000066461 435 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 H13-204ENSMUST00000125366 5204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Gfi1-203ENSMUST00000159164 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Fst-201ENSMUST00000022287 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Slc9a6-201ENSMUST00000077741 4976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Rcbtb2-226ENSMUST00000171767 2692 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Rasal2-201ENSMUST00000078308 10047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Mtmr1-201ENSMUST00000015358 4634 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Dock3-201ENSMUST00000044532 9063 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Sh3gl1-201ENSMUST00000003268 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Dbf4-201ENSMUST00000002368 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Hist1h2bp-201ENSMUST00000102982 469 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Srsf1-202ENSMUST00000107920 1209 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Wnt16-203ENSMUST00000148639 1168 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Rps7-203ENSMUST00000221871 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Gm26571-205ENSMUST00000223215 591 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Cdkn2a-201ENSMUST00000060501 852 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Synm-205ENSMUST00000208815 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Notch4-201ENSMUST00000015612 6591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Naif1-201ENSMUST00000048431 4650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Utp11-201ENSMUST00000030738 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 Mirt1-201ENSMUST00000180489 5292 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 AW047730-202ENSMUST00000181406 2579 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Lire1P11260 1700086O06Rik-202ENSMUST00000181871 1564 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.8 ms