Protein–RNA interactions for Protein: O55187

Cbx4, E3 SUMO-protein ligase CBX4, mousemouse

Predictions only

Length 551 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cbx4O55187 Gm5540-201ENSMUST00000131852 1848 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Gabarapl1-201ENSMUST00000032264 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Tmem123-201ENSMUST00000052865 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Espn-205ENSMUST00000084114 1645 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Igf2bp2-201ENSMUST00000100052 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Gm7860-201ENSMUST00000121190 879 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Cd83-201ENSMUST00000015540 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Bax-205ENSMUST00000211365 801 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Nabp2-201ENSMUST00000026439 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Tmem179-201ENSMUST00000066791 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Nphp3-201ENSMUST00000035167 5899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Fam49b-207ENSMUST00000228226 1896 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Zyg11a-202ENSMUST00000106690 2421 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Mmp15-201ENSMUST00000034243 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Grtp1-207ENSMUST00000211128 1416 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Relb-202ENSMUST00000094762 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Relb-203ENSMUST00000098754 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Blcap-202ENSMUST00000109528 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Cbx4O55187 Nkx2-3-201ENSMUST00000057178 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Cnih3-202ENSMUST00000161880 1995 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Krt24-201ENSMUST00000017255 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Fam149b-204ENSMUST00000090503 2053 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Wnk2-205ENSMUST00000110097 6882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Wnk2-203ENSMUST00000091623 6897 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Clcn4-206ENSMUST00000210594 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Wdr37-203ENSMUST00000164183 1780 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Gm14281-201ENSMUST00000121700 1294 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Snhg20-202ENSMUST00000149822 593 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Mettl26-205ENSMUST00000169308 1026 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Gm29442-201ENSMUST00000188725 724 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Gpx1-202ENSMUST00000191997 787 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Akr7a5-201ENSMUST00000073787 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Gpx1-201ENSMUST00000082429 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Dtd2-202ENSMUST00000085404 1012 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Ralgps2-205ENSMUST00000185198 2229 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Lingo1-203ENSMUST00000114256 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Acot2-201ENSMUST00000021649 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Klc1-204ENSMUST00000122300 2268 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Abhd13-202ENSMUST00000139793 5191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Mrpl3-205ENSMUST00000149243 2309 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Matn4-203ENSMUST00000109358 2056 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Chd3os-201ENSMUST00000129321 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Fdx1-201ENSMUST00000034552 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Tmem147-201ENSMUST00000006478 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Slc35f4-201ENSMUST00000074368 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 AB041806-201ENSMUST00000062902 2105 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Pard3-219ENSMUST00000162309 5659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Vim-206ENSMUST00000193675 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Cdc37l1-205ENSMUST00000224599 1769 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Stx2-201ENSMUST00000031378 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Crocc-202ENSMUST00000097816 6273 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Foxp1-220ENSMUST00000176565 3727 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Dyrk1b-203ENSMUST00000172761 2018 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Gas2l1-203ENSMUST00000109895 2530 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Srp68-201ENSMUST00000021133 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Prkg2-201ENSMUST00000031277 2618 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Pianp-204ENSMUST00000160704 1116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Zcrb1-208ENSMUST00000162160 850 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 4930535I16Rik-201ENSMUST00000181410 519 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Camkk2-202ENSMUST00000196742 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Prmt1-210ENSMUST00000208829 621 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Pop7-201ENSMUST00000031728 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Lbx2-201ENSMUST00000041265 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 E2f1-202ENSMUST00000103145 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Tlcd1-201ENSMUST00000092880 2700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Dap3-201ENSMUST00000090938 4760 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Cacul1-203ENSMUST00000166712 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Cacfd1-202ENSMUST00000114004 2194 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Rps6ka3-201ENSMUST00000033671 7244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Hoxc12-201ENSMUST00000055562 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Ube2d-ps-204ENSMUST00000137510 1846 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Ascl1-201ENSMUST00000020243 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Mark2-206ENSMUST00000164205 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Fam83d-201ENSMUST00000029183 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 2410004B18Rik-201ENSMUST00000039571 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Rchy1-201ENSMUST00000031345 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Sstr1-202ENSMUST00000110671 1752 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Adgrv1-211ENSMUST00000146749 1592 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Tmbim1-201ENSMUST00000016309 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Rnaseh1-201ENSMUST00000020959 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Purb-201ENSMUST00000179343 8319 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Gm12063-201ENSMUST00000148087 715 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Rnf39-202ENSMUST00000173072 631 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Ferd3l-201ENSMUST00000061035 886 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Vamp5-201ENSMUST00000074231 553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Gm10153-201ENSMUST00000084415 522 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Crhr1-201ENSMUST00000093925 2460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Oxct2a-201ENSMUST00000102640 1760 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Dxo-211ENSMUST00000180043 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 A630072M18Rik-201ENSMUST00000190567 5410 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Mtg1-201ENSMUST00000036977 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Cbx4O55187 Galnt14-202ENSMUST00000112591 1843 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.7 ms