Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Mprip-204ENSMUST00000116371 8766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Mum1-201ENSMUST00000020365 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Tinagl1-202ENSMUST00000105998 1976 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Riox1-201ENSMUST00000053744 2344 ntAPPRIS P1 BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Magi2-206ENSMUST00000197443 6578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Gm21863-201ENSMUST00000179133 336 ntAPPRIS P1 BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Gm27275-201ENSMUST00000184318 272 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Smn1-201ENSMUST00000022147 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Nat8-201ENSMUST00000032073 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Snapc3-202ENSMUST00000071544 942 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Fxn-201ENSMUST00000081333 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 5031439G07Rik-203ENSMUST00000165743 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Mael-201ENSMUST00000038782 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Cox18-201ENSMUST00000048363 1333 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Msl3l2-201ENSMUST00000063138 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Map4k3-201ENSMUST00000025089 4225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Cdk19os-202ENSMUST00000143103 1124 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Krtap5-1-202ENSMUST00000188274 742 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Rpl38-202ENSMUST00000082092 345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 3110062M04Rik-202ENSMUST00000115006 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Ccng2-201ENSMUST00000031331 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Ndel1-201ENSMUST00000018880 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Mpz-201ENSMUST00000070758 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Rasa1-201ENSMUST00000109552 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Hck-202ENSMUST00000109799 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Hck-203ENSMUST00000189688 2090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Hck-201ENSMUST00000003370 2092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Med25-201ENSMUST00000003049 2619 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Runx2-207ENSMUST00000160673 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Tnks2-201ENSMUST00000025729 6481 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Aifm2-204ENSMUST00000105455 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Aunip-201ENSMUST00000105866 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Dcxr-202ENSMUST00000106148 830 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Gm5643-201ENSMUST00000117081 966 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Dnajb3-201ENSMUST00000119972 1051 ntAPPRIS P1 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Gm11762-201ENSMUST00000135630 1705 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Mgat5b-201ENSMUST00000103027 4258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Rprm-201ENSMUST00000100089 1460 ntAPPRIS P1 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Baiap2-203ENSMUST00000103021 3398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Hoxd13-201ENSMUST00000001872 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Cdkl3-204ENSMUST00000109077 2605 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Klc3-204ENSMUST00000108459 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Adssl1-202ENSMUST00000180015 1819 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Zfp64-202ENSMUST00000109161 1009 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Smim10l1-204ENSMUST00000191462 574 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Nudt14-202ENSMUST00000221397 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Arhgef33-211ENSMUST00000225658 473 ntBASIC21■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Dbndd1-202ENSMUST00000176286 1344 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Ngb-203ENSMUST00000110177 1611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Tmem51-201ENSMUST00000036572 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Rps16-201ENSMUST00000082134 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Prrt1-201ENSMUST00000015620 1940 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 1110032F04Rik-201ENSMUST00000054551 2578 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Htra2-203ENSMUST00000113963 1629 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Yeats4-201ENSMUST00000020382 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Cbfb-204ENSMUST00000109395 2709 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Hras-207ENSMUST00000168550 2272 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Smad2-205ENSMUST00000168423 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Socs2-214ENSMUST00000172070 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Dohh-206ENSMUST00000131968 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Creb1-203ENSMUST00000171164 1287 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Lhx1-204ENSMUST00000184646 1201 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Ubl3-202ENSMUST00000164904 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Pick1-204ENSMUST00000163571 2054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Polr1c-201ENSMUST00000087026 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Gjc2-202ENSMUST00000108793 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Cenpb-201ENSMUST00000089510 4886 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Spast-202ENSMUST00000224711 2066 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Gm715-201ENSMUST00000117865 831 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Gm6270-201ENSMUST00000132731 559 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 P2ry2-202ENSMUST00000178340 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Gm26879-201ENSMUST00000181127 1176 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Sdhaf1-201ENSMUST00000098586 2490 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Ltk-202ENSMUST00000082130 2767 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Tead1-204ENSMUST00000106638 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Triobp-202ENSMUST00000109688 2553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Ugdh-201ENSMUST00000031103 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Ptov1-201ENSMUST00000046575 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Wrnip1-201ENSMUST00000021832 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Fezf2-203ENSMUST00000224714 2429 ntAPPRIS P1 BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Lpar3-201ENSMUST00000039164 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Cdkl3-202ENSMUST00000063321 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Nt5c-201ENSMUST00000021082 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Ndufa5-201ENSMUST00000023851 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Ipmk-201ENSMUST00000079252 5447 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Mgat1-213ENSMUST00000167400 3151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Stx1a-201ENSMUST00000005509 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a1Q04857 Stx18-201ENSMUST00000031008 1471 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col6a1Q04857 Dgat1-201ENSMUST00000023214 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col6a1Q04857 Insig2-203ENSMUST00000159085 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col6a1Q04857 2300009A05Rik-201ENSMUST00000168665 595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col6a1Q04857 Gm45709-201ENSMUST00000213052 1075 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col6a1Q04857 Fbxw2-206ENSMUST00000113080 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.7 ms