Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Ahr-202ENSMUST00000116436 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Sertad4-204ENSMUST00000155579 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Lancl2-201ENSMUST00000050077 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Ninj1-201ENSMUST00000049022 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Hyi-201ENSMUST00000006562 910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Plekhm2-201ENSMUST00000030751 4154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Lire1P11260 AU019823-202ENSMUST00000145139 2805 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Map3k9-201ENSMUST00000035987 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Creb1-204ENSMUST00000185594 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Dennd2a-201ENSMUST00000036877 4468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Scrib-203ENSMUST00000109946 5545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Ptgfrn-201ENSMUST00000102694 5902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Rnf44-204ENSMUST00000125871 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Hotairm1-201ENSMUST00000129546 409 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 A930012O16Rik-202ENSMUST00000156418 1541 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Gm17055-201ENSMUST00000166951 2232 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 D630036H23Rik-201ENSMUST00000171007 940 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Hyal2-203ENSMUST00000193747 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Gm36033-202ENSMUST00000214827 745 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Cradd-205ENSMUST00000220279 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Ubald2-201ENSMUST00000057676 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 D830025C05Rik-201ENSMUST00000059474 976 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Sox12-201ENSMUST00000063332 4169 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Mtcl1-201ENSMUST00000086693 7221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Map6-202ENSMUST00000107100 2335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Lire1P11260 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Armc10-202ENSMUST00000095495 2700 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Bax-205ENSMUST00000211365 801 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Cox14-201ENSMUST00000023761 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Acbd6-202ENSMUST00000080138 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Ankle2-202ENSMUST00000086674 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Hnrnpul2-201ENSMUST00000096753 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Uba5-201ENSMUST00000035166 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Camk1-201ENSMUST00000032409 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Zfp277-201ENSMUST00000069637 2188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Arhgap27os2-201ENSMUST00000123812 1390 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Lire1P11260 Prkar1b-201ENSMUST00000026973 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Smarcc1-207ENSMUST00000199896 5773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Klc3-201ENSMUST00000047170 1901 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gm27027-201ENSMUST00000183110 547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Cdc34b-202ENSMUST00000188741 1252 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Cdc34-201ENSMUST00000020550 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Cdc34b-201ENSMUST00000021240 1233 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gsc-201ENSMUST00000021513 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Ero1l-201ENSMUST00000022378 4418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Nars2-202ENSMUST00000107159 1777 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gm20100-201ENSMUST00000209418 2272 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gatad2a-202ENSMUST00000116463 3363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Cacna1b-202ENSMUST00000070864 9655 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Hsf1-204ENSMUST00000226872 2104 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Camsap3-206ENSMUST00000207533 2584 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Pnck-202ENSMUST00000114472 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Deaf1-209ENSMUST00000211537 2882 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Klrg2-201ENSMUST00000096030 2276 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Strn-203ENSMUST00000145910 8629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Fbxl21-202ENSMUST00000121095 798 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Ssbp1-205ENSMUST00000121360 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 3110082J24Rik-202ENSMUST00000199573 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gm10493-201ENSMUST00000097270 612 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Snap91-201ENSMUST00000036347 4237 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gspt1-201ENSMUST00000080030 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Slain2-202ENSMUST00000144843 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Arhgap8-207ENSMUST00000172307 1544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Cdv3-201ENSMUST00000035484 3387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Tpst2-201ENSMUST00000031287 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Prkar2b-201ENSMUST00000003079 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Uhrf2-201ENSMUST00000025739 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Ly6h-206ENSMUST00000156032 752 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gm26833-201ENSMUST00000180899 440 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Ly6h-201ENSMUST00000023241 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gpx7-201ENSMUST00000030332 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Pcnx-204ENSMUST00000221721 8318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Cyb5d2-201ENSMUST00000079681 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 1110004F10Rik-201ENSMUST00000032899 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Vgf-202ENSMUST00000186451 2277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Lsm12-201ENSMUST00000021297 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Slc2a13-202ENSMUST00000109283 6536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Gm45606-201ENSMUST00000209836 2795 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Cnp-201ENSMUST00000103120 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Fbxw2-202ENSMUST00000091020 1838 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Tmbim6-202ENSMUST00000159209 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Lire1P11260 Spcs1-204ENSMUST00000226782 949 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.4 ms