Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Rnf40Q3U319 Smarcd2-201ENSMUST00000021052 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
Rnf40Q3U319 Irak1bp1-202ENSMUST00000113245 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
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Rnf40Q3U319 Keap1-206ENSMUST00000216436 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
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Rnf40Q3U319 Mpp6-201ENSMUST00000036225 1896 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
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Rnf40Q3U319 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
Rnf40Q3U319 Fbrsl1-206ENSMUST00000198834 2571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
Rnf40Q3U319 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
Rnf40Q3U319 4930540M05Rik-201ENSMUST00000180527 2068 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
Rnf40Q3U319 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
Rnf40Q3U319 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
Rnf40Q3U319 Ssr2-201ENSMUST00000035785 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
Rnf40Q3U319 Nrros-203ENSMUST00000115165 2389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
Rnf40Q3U319 Synm-205ENSMUST00000208815 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
Rnf40Q3U319 B4galt5-201ENSMUST00000109221 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
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Rnf40Q3U319 Gm45844-202ENSMUST00000209325 2450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
Rnf40Q3U319 Mark3-201ENSMUST00000075281 3321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
Rnf40Q3U319 4930507D05Rik-201ENSMUST00000181110 1834 ntAPPRIS P1 BASIC19.72■□□□□ 0.75
Rnf40Q3U319 Lins1-203ENSMUST00000121777 2729 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.75
Rnf40Q3U319 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.75
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.2 ms