Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Tex264-203ENSMUST00000169068 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Spsb3-204ENSMUST00000119829 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Shc4-202ENSMUST00000110477 1988 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Zbtb4-203ENSMUST00000108640 4067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Acsl3-203ENSMUST00000134566 2492 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Hcn4-201ENSMUST00000034889 6118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Rps2-ps11-201ENSMUST00000195283 868 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Camkk2-202ENSMUST00000196742 1084 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Fitm1-201ENSMUST00000022826 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Cfap20-201ENSMUST00000034249 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Pop5-201ENSMUST00000081497 1025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Desi2-204ENSMUST00000161075 2590 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Noc2l-201ENSMUST00000179543 2785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Gm21992-201ENSMUST00000172000 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Gm21992-206ENSMUST00000179909 1435 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Lrrc38-201ENSMUST00000052458 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Grsf1-201ENSMUST00000078945 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 1110004F10Rik-202ENSMUST00000106607 1153 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 U2af1-201ENSMUST00000014684 907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 U2af1-202ENSMUST00000166526 907 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Alcam-206ENSMUST00000168071 878 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Nsg1-204ENSMUST00000201363 820 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Gm44672-201ENSMUST00000206944 1098 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 a-201ENSMUST00000029123 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Tmem91-201ENSMUST00000079439 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Gm10638-201ENSMUST00000098532 905 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Ppm1b-201ENSMUST00000080217 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Kazald1-202ENSMUST00000111948 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Fbxo24-201ENSMUST00000031732 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Krtap5-3-202ENSMUST00000187512 1652 ntAPPRIS P2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Gm2479-201ENSMUST00000173312 1053 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Fgf8-202ENSMUST00000026241 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Stmn1-201ENSMUST00000030636 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Ppp6r2-202ENSMUST00000226221 2559 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Gm34220-201ENSMUST00000223001 2709 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Tcp11-203ENSMUST00000114836 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Caml-201ENSMUST00000021963 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Zfp821-201ENSMUST00000034163 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Ldb1-202ENSMUST00000056931 2295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Col23a1-201ENSMUST00000102765 5658 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Kdm1a-203ENSMUST00000116273 3008 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Pcgf6-201ENSMUST00000026032 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Mvb12b-201ENSMUST00000041555 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Gm26660-201ENSMUST00000181582 2543 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 a-202ENSMUST00000109697 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Immp2l-203ENSMUST00000134965 977 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 Zfp105-201ENSMUST00000051667 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Col6a1Q04857 March11-203ENSMUST00000152841 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Prkab1-201ENSMUST00000031486 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Nrm-201ENSMUST00000074259 1466 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Fam91a1-201ENSMUST00000037270 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Ubxn2a-203ENSMUST00000142867 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Gm19426-201ENSMUST00000181711 726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Hnrnpa3-204ENSMUST00000111964 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Bola3-207ENSMUST00000136501 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Rora-202ENSMUST00000113624 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Galnt11-201ENSMUST00000045737 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Pkd2-201ENSMUST00000086831 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Mprip-202ENSMUST00000072031 8718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Ier2-201ENSMUST00000060427 1522 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Mgll-203ENSMUST00000113582 1034 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Timp4-202ENSMUST00000205131 945 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 6530437J22Rik-201ENSMUST00000207515 773 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 4932443I19Rik-204ENSMUST00000214337 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Rab3c-203ENSMUST00000224180 967 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Areg-201ENSMUST00000031325 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Aprt-201ENSMUST00000006764 849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Olfr322-201ENSMUST00000072030 984 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Man1a-203ENSMUST00000105470 2847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Celf6-201ENSMUST00000034840 2765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 AI314180-201ENSMUST00000055822 1478 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Fbxw2-202ENSMUST00000091020 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Irx2-201ENSMUST00000074372 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Tm9sf3-201ENSMUST00000025989 6144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Utp11-201ENSMUST00000030738 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Rpl26-202ENSMUST00000101014 657 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Gm20878-202ENSMUST00000108028 339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Spata3-208ENSMUST00000149469 1110 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Gm6576-201ENSMUST00000169678 883 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Hoxc12-201ENSMUST00000055562 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Usf3-201ENSMUST00000088356 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Mlf2-201ENSMUST00000032214 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Cltb-202ENSMUST00000091609 2186 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Lsr-205ENSMUST00000205961 2021 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Tex30-204ENSMUST00000128190 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Gm17035-201ENSMUST00000170557 419 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Ctf1-201ENSMUST00000047393 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Rhoq-201ENSMUST00000024956 4151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Col6a1Q04857 Lgr4-202ENSMUST00000111037 4988 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.6 ms