Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Ghrhr-202ENSMUST00000203241 1328 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Tm6sf2-202ENSMUST00000110160 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Ankrd33b-202ENSMUST00000076942 1641 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Sh3rf3-202ENSMUST00000135526 1940 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 March11-202ENSMUST00000140840 1558 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Gm17092-201ENSMUST00000166606 698 ntTSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Olfm2-204ENSMUST00000217198 2005 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.41■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Lpin2-213ENSMUST00000156570 1586 ntTSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Trim14-201ENSMUST00000046897 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Cib1-207ENSMUST00000206084 772 ntTSL 3 BASIC30.41■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Cklf-208ENSMUST00000212433 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Prss27-201ENSMUST00000059482 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.4■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Fam49b-207ENSMUST00000228226 1896 ntAPPRIS P1 BASIC30.4■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Gm42418-201ENSMUST00000182010 1831 ntBASIC30.39■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Zpbp2-202ENSMUST00000081033 1300 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 AC061963.1-203ENSMUST00000213473 453 ntTSL 3 BASIC30.39■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Lmbr1-207ENSMUST00000200564 1598 ntTSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.46
Col17a1Q07563 Ergic3-202ENSMUST00000088650 1349 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Zmynd19-202ENSMUST00000148042 1103 ntTSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Gnb2-201ENSMUST00000031726 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Art5-204ENSMUST00000106937 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Krtap5-3-202ENSMUST00000187512 1652 ntAPPRIS P2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Dmrta2os-202ENSMUST00000141893 691 ntTSL 3 BASIC30.38■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Ablim1-204ENSMUST00000111524 1251 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Gm1673-202ENSMUST00000114382 451 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Tsc22d1-214ENSMUST00000177207 1476 ntTSL 3 BASIC30.37■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Tmem80-206ENSMUST00000133012 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 K230015D01Rik-201ENSMUST00000211969 1516 ntBASIC30.36■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Tmprss5-205ENSMUST00000170246 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Tlcd2-202ENSMUST00000108435 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Gm14859-201ENSMUST00000117752 357 ntBASIC30.36■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Gm16192-201ENSMUST00000148357 937 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Gm18032-201ENSMUST00000222541 538 ntBASIC30.36■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Cdc37l1-205ENSMUST00000224599 1769 ntBASIC30.35■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Nnat-202ENSMUST00000109526 1213 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Fev-202ENSMUST00000159232 928 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Insl6-201ENSMUST00000052380 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Nrn1l-201ENSMUST00000060167 617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Hyal2-201ENSMUST00000010191 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Bad-202ENSMUST00000113423 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Ube2t-201ENSMUST00000027687 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Cldn23-201ENSMUST00000060128 1848 ntAPPRIS P1 BASIC30.34■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Fndc11-201ENSMUST00000050026 1387 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
Col17a1Q07563 AC107452.1-201ENSMUST00000227963 481 ntBASIC30.32■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Nit1-202ENSMUST00000111295 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Doc2g-201ENSMUST00000025806 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Lce1j-201ENSMUST00000107304 420 ntAPPRIS P1 BASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Nkx2-2-203ENSMUST00000109970 1053 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Mocs1-202ENSMUST00000165390 729 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Rpl19-ps10-201ENSMUST00000205555 330 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 AC154471.1-201ENSMUST00000224418 436 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 4930518J20Rik-201ENSMUST00000195064 1478 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Golga7-201ENSMUST00000051094 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Tinagl1-203ENSMUST00000105999 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 A830035O19Rik-201ENSMUST00000216147 1898 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Tradd-201ENSMUST00000034359 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Pld6-202ENSMUST00000125307 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Hint1-201ENSMUST00000020504 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Gm38948-201ENSMUST00000210035 688 ntTSL 3 BASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Rpp25l-201ENSMUST00000038434 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Trim27-207ENSMUST00000223065 2046 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Adora2b-201ENSMUST00000018644 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Mrpl21-201ENSMUST00000025743 802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC30.3■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Mpz-201ENSMUST00000070758 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Ppil3-202ENSMUST00000114345 1175 ntTSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Pym1-202ENSMUST00000163377 1158 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Gm16042-201ENSMUST00000204813 1247 ntBASIC30.28■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Nkx2-6-201ENSMUST00000062437 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Ccnd2-204ENSMUST00000201637 1006 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Unc50-201ENSMUST00000027285 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Arrb2-205ENSMUST00000108568 1777 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Gfer-201ENSMUST00000046839 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Col17a1Q07563 Grina-201ENSMUST00000023225 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.6 ms