Protein–RNA interactions for Protein: P59708

Sf3b6, Splicing factor 3B subunit 6, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 125 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b6P59708 Gm10575-201ENSMUST00000097947 1671 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Gabra4-205ENSMUST00000199357 2407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Lig3-204ENSMUST00000131537 1782 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Lig3-209ENSMUST00000173009 1785 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Tmed10-201ENSMUST00000040766 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Lmo2-208ENSMUST00000170926 1529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Selenof-201ENSMUST00000082437 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Cdca4-201ENSMUST00000062092 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Wrap73-201ENSMUST00000030895 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Sae1-204ENSMUST00000211741 1663 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Gm7417-201ENSMUST00000192950 473 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Oaz1-201ENSMUST00000060987 1071 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Tpbgl-201ENSMUST00000178124 3022 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Xkr4-201ENSMUST00000070533 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Magi3-201ENSMUST00000064371 6640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Rap1b-201ENSMUST00000064667 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Gnb5-206ENSMUST00000215875 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Zfp710-204ENSMUST00000206039 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Golga7b-202ENSMUST00000122375 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Adam22-205ENSMUST00000115385 2318 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Zdhhc13-201ENSMUST00000118927 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Kmt2b-202ENSMUST00000108154 8454 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Smarcad1-201ENSMUST00000031984 5168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Sirt1-202ENSMUST00000105442 3740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 1700003E16Rik-202ENSMUST00000203203 2070 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Srsf1-201ENSMUST00000079866 2948 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Rap1a-202ENSMUST00000197094 782 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Sec61a2-201ENSMUST00000026926 756 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Cacna2d2-201ENSMUST00000010210 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Stac3-202ENSMUST00000160019 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Hirip3-201ENSMUST00000037248 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Coq10b-201ENSMUST00000027125 1733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Dlg3-202ENSMUST00000087984 4956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Miga1-201ENSMUST00000068243 2689 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Gas1-201ENSMUST00000065086 2961 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Gm40881-201ENSMUST00000223397 166 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Rrad-201ENSMUST00000034351 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Cxxc1-201ENSMUST00000025444 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Socs6-203ENSMUST00000125362 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Csnk1e-203ENSMUST00000122044 3174 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Herpud2-201ENSMUST00000008573 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Mgme1-203ENSMUST00000110028 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Chst7-201ENSMUST00000044138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Hbs1l-202ENSMUST00000061324 1998 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Hoxa5-201ENSMUST00000048794 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Sf3b6P59708 Vgll2-202ENSMUST00000163017 1650 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Fbxw8-201ENSMUST00000049474 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Phf23-204ENSMUST00000133485 1607 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Runx2-210ENSMUST00000162373 1565 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Nnat-207ENSMUST00000173041 760 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Ddx39b-203ENSMUST00000173731 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Vat1-201ENSMUST00000040430 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Pip5k1c-202ENSMUST00000105327 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Plekhm2-201ENSMUST00000030751 4154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Dmtn-210ENSMUST00000228824 2377 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Plin1-201ENSMUST00000032762 1916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Anks1b-217ENSMUST00000182550 1868 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Tmem39b-201ENSMUST00000102588 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Galnt14-202ENSMUST00000112591 1843 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Nudt10-201ENSMUST00000103006 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Cct4-201ENSMUST00000020562 1634 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Cckbr-201ENSMUST00000033189 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Shisa7-203ENSMUST00000119433 3481 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Ube2d2a-201ENSMUST00000167406 2393 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Nfatc2-201ENSMUST00000029057 2310 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 C1qc-201ENSMUST00000046332 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Cyth2-202ENSMUST00000107729 2519 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Foxp1-230ENSMUST00000177437 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 S1pr4-201ENSMUST00000053646 2386 ntAPPRIS P1 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Rcor1-201ENSMUST00000084968 5684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Gm44832-201ENSMUST00000208849 2303 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Gmpr-201ENSMUST00000000260 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Vgf-204ENSMUST00000190827 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Pparg-202ENSMUST00000171644 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Gm4737-201ENSMUST00000059524 2093 ntAPPRIS P1 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Slc25a3-203ENSMUST00000164505 1483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Cyb5r4-201ENSMUST00000168529 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Fbxo30-201ENSMUST00000070300 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Sec61a2-202ENSMUST00000102981 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Slc11a1-211ENSMUST00000187516 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Znrf1-204ENSMUST00000171182 5466 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Polr1d-202ENSMUST00000110557 1137 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Srsf6-202ENSMUST00000126163 515 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Sf3b6P59708 Plekhj1-201ENSMUST00000036805 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.3 ms