Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Lig3-204ENSMUST00000131537 1782 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Lig3-209ENSMUST00000173009 1785 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Pelo-201ENSMUST00000109226 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Mark2-202ENSMUST00000032557 4488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Trim47-201ENSMUST00000021120 2204 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Kdm1a-203ENSMUST00000116273 3008 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Gadd45b-201ENSMUST00000015456 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
ShhQ62226 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
ShhQ62226 4930519A11Rik-202ENSMUST00000221053 667 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Rasl10a-201ENSMUST00000037218 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Ndel1-201ENSMUST00000018880 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Hoxd4-202ENSMUST00000111980 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Dalrd3-201ENSMUST00000019183 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Cerk-201ENSMUST00000044332 4518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Rell2-202ENSMUST00000091932 1995 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Pomgnt1-203ENSMUST00000106498 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Nr0b1-201ENSMUST00000026036 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Ap1ar-201ENSMUST00000051737 2662 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Mpz-202ENSMUST00000111334 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Zfp629-207ENSMUST00000134446 670 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Fam241b-209ENSMUST00000142821 1283 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Jkamp-201ENSMUST00000057257 1292 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Rabgap1l-216ENSMUST00000195442 1877 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Cacnb1-203ENSMUST00000103144 2236 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Gyg-201ENSMUST00000118015 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Ldb1-202ENSMUST00000056931 2295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Ube4b-202ENSMUST00000103212 5626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Gm12933-201ENSMUST00000120203 872 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Pianp-204ENSMUST00000160704 1116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Smad6-203ENSMUST00000179458 273 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
ShhQ62226 4930413G21Rik-201ENSMUST00000205998 993 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Mrpl40-201ENSMUST00000023391 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Sys1-202ENSMUST00000109352 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Pus1-203ENSMUST00000086643 1868 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Sae1-201ENSMUST00000094815 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
ShhQ62226 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Gja3-201ENSMUST00000061614 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Zfp105-201ENSMUST00000051667 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Rcan3-201ENSMUST00000030606 5111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Vmn1r17-205ENSMUST00000228342 2230 ntAPPRIS P2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Atp10a-201ENSMUST00000168747 5419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Uba5-201ENSMUST00000035166 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Plekhm2-201ENSMUST00000030751 4154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Speg-206ENSMUST00000122266 917 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Ctf1-204ENSMUST00000206506 784 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Pts-208ENSMUST00000215416 439 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Ick-201ENSMUST00000009972 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Stim2-201ENSMUST00000117661 4934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Zbtb7a-204ENSMUST00000121840 1676 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Baiap2-201ENSMUST00000026436 2394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Cers1-203ENSMUST00000165819 2728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Iglon5-201ENSMUST00000107974 2622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Grsf1-201ENSMUST00000078945 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Ung-202ENSMUST00000102584 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Calml3-201ENSMUST00000077698 1421 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Elavl1-201ENSMUST00000098950 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Srxn1-201ENSMUST00000041500 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Gm34220-201ENSMUST00000223001 2709 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 AV026068-204ENSMUST00000186214 633 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Prmt1-205ENSMUST00000207659 945 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Prmt1-201ENSMUST00000045325 1071 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 4930524B15Rik-201ENSMUST00000102829 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Lemd3-201ENSMUST00000119093 4370 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Gpr137-204ENSMUST00000099782 1742 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Pias2-202ENSMUST00000114777 4968 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Ung-201ENSMUST00000031587 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Baiap2-205ENSMUST00000106233 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Cln5-201ENSMUST00000022721 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Klhl15-205ENSMUST00000113916 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Med25-201ENSMUST00000003049 2619 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Plekhh1-201ENSMUST00000039928 6439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Rhno1-202ENSMUST00000112151 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Nespas-201ENSMUST00000143738 1083 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
ShhQ62226 D830036C21Rik-201ENSMUST00000207444 453 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
ShhQ62226 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
ShhQ62226 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
ShhQ62226 1700030C10Rik-201ENSMUST00000110971 1471 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Pgam5-201ENSMUST00000059229 2044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Gnas-205ENSMUST00000109083 730 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Lypla1-208ENSMUST00000150971 877 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Hes3-202ENSMUST00000218045 962 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Ezh2-201ENSMUST00000081721 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Rasef-203ENSMUST00000222414 2127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Catsper2-201ENSMUST00000038073 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Hpdl-201ENSMUST00000055436 1804 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Gabra5-201ENSMUST00000068456 2671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Acot8-202ENSMUST00000103094 1152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Ypel3-204ENSMUST00000106359 469 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Acot8-201ENSMUST00000017451 1055 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 P2ry2-202ENSMUST00000178340 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Crnde-206ENSMUST00000179421 773 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Mir6236-201ENSMUST00000184437 123 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 1700081N11Rik-202ENSMUST00000221447 569 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Myadml2-201ENSMUST00000026134 931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
ShhQ62226 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.5 ms