Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Foxa2-201ENSMUST00000047315 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Tmem39b-201ENSMUST00000102588 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Adgra2-202ENSMUST00000178514 5129 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Rbm43-201ENSMUST00000102767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 1700003E16Rik-202ENSMUST00000203203 2070 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Slc30a9-204ENSMUST00000162372 5711 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Ube2d2a-201ENSMUST00000167406 2393 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Prdm8-202ENSMUST00000210477 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Tmem74b-201ENSMUST00000060196 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Prss12-201ENSMUST00000029603 2602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Adpgk-205ENSMUST00000217570 2484 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Rabgap1l-201ENSMUST00000028049 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Fmnl2-203ENSMUST00000090952 5414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Mtmr1-202ENSMUST00000114601 4640 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Gm20100-201ENSMUST00000209418 2272 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Ppp2r1b-206ENSMUST00000175645 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Amh-201ENSMUST00000036016 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Tmem260-209ENSMUST00000226422 6333 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Ankrd17-214ENSMUST00000218526 4938 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Golga7b-202ENSMUST00000122375 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Hbs1l-202ENSMUST00000061324 1998 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Sra1-201ENSMUST00000001415 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Sertad4-204ENSMUST00000155579 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Ltbp4-205ENSMUST00000121175 5118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Smu1-201ENSMUST00000030117 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Panx2-203ENSMUST00000162424 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Gm21949-201ENSMUST00000182006 2369 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Nubp1-201ENSMUST00000023146 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Plekhf2-201ENSMUST00000054776 2977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Lrch2-201ENSMUST00000112819 4892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Por-201ENSMUST00000005651 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Tmem79-203ENSMUST00000107553 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Plin1-202ENSMUST00000178257 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Dedd2-201ENSMUST00000058702 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Mrgprf-202ENSMUST00000117718 1935 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Pparg-202ENSMUST00000171644 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Fam46a-202ENSMUST00000187711 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Znrf1-207ENSMUST00000173506 1238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Zfp579-206ENSMUST00000162731 2489 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Rnf40Q3U319 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Plekhg3-201ENSMUST00000075249 5138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Med14-201ENSMUST00000076016 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Tnrc18-201ENSMUST00000151477 6487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Gm38399-201ENSMUST00000112103 1645 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 2810474O19Rik-201ENSMUST00000046689 6066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Hnrnph3-202ENSMUST00000118898 2168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Tmem8-201ENSMUST00000025010 3464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Trim3-203ENSMUST00000106791 2466 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Nrxn2-204ENSMUST00000113461 5505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Foxf2-201ENSMUST00000042054 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Rp9-203ENSMUST00000215715 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Caskin1-201ENSMUST00000024958 6172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Mcam-201ENSMUST00000034650 2989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Rnf44-204ENSMUST00000125871 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Stbd1-202ENSMUST00000200941 523 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Lrrc47-201ENSMUST00000030894 3395 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Klc3-203ENSMUST00000108458 1823 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Gm9885-202ENSMUST00000186234 2209 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Stk3-202ENSMUST00000067033 2471 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Eif2b4-201ENSMUST00000077693 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Dmtn-207ENSMUST00000228001 2437 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Enah-205ENSMUST00000177811 4231 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Adgrv1-207ENSMUST00000128585 2580 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Tial1-201ENSMUST00000033135 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Cbx2-201ENSMUST00000026662 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Kcnq2-203ENSMUST00000081528 2382 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Gm28536-201ENSMUST00000190971 1317 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Gm26682-201ENSMUST00000180850 1729 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Krt77-201ENSMUST00000087996 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Tgfb1-201ENSMUST00000002678 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Azi2-207ENSMUST00000134433 2499 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Hdhd5-201ENSMUST00000075303 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Timm29-201ENSMUST00000062125 3170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Paqr4-201ENSMUST00000024702 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Aatf-201ENSMUST00000018841 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 AC124603.1-201ENSMUST00000223843 308 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Klhl25-202ENSMUST00000171155 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Tlcd1-202ENSMUST00000098545 2897 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Gnptab-201ENSMUST00000020251 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Pgam5-202ENSMUST00000112505 2098 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Papola-203ENSMUST00000163473 2544 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Whrn-205ENSMUST00000095038 2665 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Csnk1a1-207ENSMUST00000166990 1860 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Spata6-213ENSMUST00000153746 1444 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Tmco4-202ENSMUST00000050949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Cnot11-201ENSMUST00000003219 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Rnf40Q3U319 Arx-201ENSMUST00000046565 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.7 ms