Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Cirbp-202ENSMUST00000105365 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Smarcad1-201ENSMUST00000031984 5168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Traf1P39428 1110032F04Rik-201ENSMUST00000054551 2578 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Adamtsl5-202ENSMUST00000105352 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Lmo1-201ENSMUST00000036992 1282 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Cant1-205ENSMUST00000106289 1600 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Nipsnap2-205ENSMUST00000186265 1600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Cdkl3-202ENSMUST00000063321 2008 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Slc35b2-201ENSMUST00000041353 2326 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Fam207a-201ENSMUST00000045454 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Traf1P39428 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Sfmbt2-204ENSMUST00000114864 1901 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Polr2j-202ENSMUST00000111127 900 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Traf1P39428 AC154266.1-201ENSMUST00000223190 503 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Rgs19-202ENSMUST00000108769 1460 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Reep4-203ENSMUST00000226563 1444 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Rapgefl1-202ENSMUST00000107479 4855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Lypd3-201ENSMUST00000080718 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Traf1P39428 Qsox2-201ENSMUST00000036187 2559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Rab6b-202ENSMUST00000189134 716 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Traf1P39428 D830036C21Rik-201ENSMUST00000207444 453 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Erh-205ENSMUST00000218740 981 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Chrac1-201ENSMUST00000089765 871 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Calml3-201ENSMUST00000077698 1421 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Gm15298-201ENSMUST00000145916 1212 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Prmt1-210ENSMUST00000208829 621 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Wasl-202ENSMUST00000041737 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Vkorc1l1-202ENSMUST00000073945 650 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Acot5-202ENSMUST00000072505 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Gm42911-201ENSMUST00000199360 1630 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Ccng2-201ENSMUST00000031331 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Triobp-202ENSMUST00000109688 2553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Smad2-205ENSMUST00000168423 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Bmp2k-202ENSMUST00000112974 3244 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Fpgs-201ENSMUST00000028148 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Olfr94-201ENSMUST00000055324 1304 ntAPPRIS P2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Baiap2-203ENSMUST00000103021 3398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 1700125G02Rik-201ENSMUST00000154947 519 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Rell2-204ENSMUST00000163591 1057 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Gfra4-201ENSMUST00000028787 909 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Cdkn3-203ENSMUST00000227149 1952 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 A930001C03Rik-204ENSMUST00000154407 1402 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Supv3l1-201ENSMUST00000020273 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Uckl1os-201ENSMUST00000122831 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Wrnip1-201ENSMUST00000021832 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Gm37035-201ENSMUST00000194809 2148 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Paip1-201ENSMUST00000026520 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Zfp467-201ENSMUST00000101443 599 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Tmem230-206ENSMUST00000180286 1531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Tead1-204ENSMUST00000106638 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Golph3-202ENSMUST00000226517 2359 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Gm38399-201ENSMUST00000112103 1645 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Hoxa5-201ENSMUST00000048794 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Traf1P39428 4930519P11Rik-201ENSMUST00000181369 501 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Gm10306-201ENSMUST00000094969 533 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Rell2-202ENSMUST00000091932 1995 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Adrb1-201ENSMUST00000038949 2491 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Cep78-201ENSMUST00000047704 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Mrpl12-201ENSMUST00000043627 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Tcf7l1-201ENSMUST00000069536 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Cyp4f15-201ENSMUST00000008801 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Hnrnpf-202ENSMUST00000163168 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Gnai2-203ENSMUST00000192837 421 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Gm44899-202ENSMUST00000209433 511 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Acvrl1-202ENSMUST00000117984 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Agap2-202ENSMUST00000217941 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Gm29257-201ENSMUST00000186115 639 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Msantd1-203ENSMUST00000202205 744 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Ccdc34-201ENSMUST00000028580 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Traf1P39428 Vgf-202ENSMUST00000186451 2277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Lypla2-202ENSMUST00000105852 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Iqck-206ENSMUST00000208658 2891 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Hoxb6-202ENSMUST00000173432 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Hoxa11os-201ENSMUST00000134512 1839 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Rcl1-201ENSMUST00000064393 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Tab2-204ENSMUST00000146444 4380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Gnas-205ENSMUST00000109083 730 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Speg-206ENSMUST00000122266 917 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Gon7-202ENSMUST00000179263 525 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Mtfmt-201ENSMUST00000074792 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Bag5-201ENSMUST00000054636 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Usp2-202ENSMUST00000065461 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Gm8773-201ENSMUST00000101627 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Specc1-215ENSMUST00000202744 674 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Jkamp-201ENSMUST00000057257 1292 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Hs2st1-201ENSMUST00000043325 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Mgat1-213ENSMUST00000167400 3151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Traf1P39428 Thap4-206ENSMUST00000190116 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.2 ms