Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Ankle1-201ENSMUST00000119976 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Mplkip-201ENSMUST00000049744 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Ltbp3-201ENSMUST00000081496 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Creb1-204ENSMUST00000185594 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Ehmt2-203ENSMUST00000097342 3934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Papola-212ENSMUST00000168186 2436 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Fzd5-202ENSMUST00000116133 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Fbxo22-204ENSMUST00000146201 2009 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Rnf26-201ENSMUST00000056328 2724 ntAPPRIS P2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Astn2-202ENSMUST00000084496 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 E130311K13Rik-201ENSMUST00000061706 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Ccne1-201ENSMUST00000108023 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Eno1-202ENSMUST00000080926 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Psme4-201ENSMUST00000041231 6491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Sox8-202ENSMUST00000173447 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 A930032L01Rik-201ENSMUST00000195845 957 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 5930403N24Rik-204ENSMUST00000217338 337 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Arhgdia-202ENSMUST00000106197 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Crhr1-201ENSMUST00000093925 2460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Mycl-202ENSMUST00000106252 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Cacng4-201ENSMUST00000021066 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Srp68-201ENSMUST00000021133 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Srm-201ENSMUST00000006611 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Usp4P35123 Nrxn2-208ENSMUST00000137166 6314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Zc3h8-201ENSMUST00000028866 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Gm3667-201ENSMUST00000171906 2053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Smim19-201ENSMUST00000033935 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Palm-202ENSMUST00000105379 2519 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Mcam-201ENSMUST00000034650 2989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Zbtb7c-202ENSMUST00000167921 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Hes1-201ENSMUST00000023171 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Chmp7-201ENSMUST00000036381 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Tsc22d1-203ENSMUST00000101618 1043 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Golgb1-201ENSMUST00000023534 498 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Kmt5b-201ENSMUST00000005518 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Dgcr6-201ENSMUST00000066027 1050 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Eif3b-201ENSMUST00000100507 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Sbspon-201ENSMUST00000040695 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Kmt2b-202ENSMUST00000108154 8454 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Dhx15-201ENSMUST00000031061 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Ugdh-201ENSMUST00000031103 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Psmd11-214ENSMUST00000173938 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Larp6-201ENSMUST00000038407 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Usp21-201ENSMUST00000065941 2219 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Tob1-201ENSMUST00000041589 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Glra1-203ENSMUST00000108853 1797 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Clcc1-203ENSMUST00000106613 3064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp4P35123 B630019K06Rik-201ENSMUST00000064196 2583 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Rcc1-202ENSMUST00000084250 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Pdpk1-205ENSMUST00000115411 1724 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Irx5-201ENSMUST00000034184 2450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Cd24a-201ENSMUST00000058714 1816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Krt87-201ENSMUST00000081945 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Cyp2r1-207ENSMUST00000211506 1887 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Rbm18-201ENSMUST00000028251 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 4933406I18Rik-202ENSMUST00000163996 904 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Sumf1-206ENSMUST00000172188 723 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 D630002J18Rik-201ENSMUST00000181854 1115 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Cox5b-204ENSMUST00000193210 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Rps2-201ENSMUST00000054289 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 P2ry2-204ENSMUST00000207916 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Gfi1-201ENSMUST00000031205 2860 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Eif5a-202ENSMUST00000070996 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Pank2-204ENSMUST00000150843 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Art1-201ENSMUST00000033300 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Egln1-201ENSMUST00000034469 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Sec24b-201ENSMUST00000001079 5128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Msantd3-203ENSMUST00000107704 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Rcor1-201ENSMUST00000084968 5684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Krtap5-3-202ENSMUST00000187512 1652 ntAPPRIS P2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Tmem59-202ENSMUST00000106753 1148 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 4930439D14Rik-201ENSMUST00000186765 359 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Pth2-202ENSMUST00000210086 481 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 AC124603.1-201ENSMUST00000223843 308 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Fam96b-201ENSMUST00000093234 639 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Mex3b-201ENSMUST00000082237 3355 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Kctd15-201ENSMUST00000032709 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Tmem245-202ENSMUST00000107609 2643 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Sra1-201ENSMUST00000001415 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Bcl11b-203ENSMUST00000109891 2888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Eif2b4-212ENSMUST00000202758 1767 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Sox10-201ENSMUST00000040019 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Mall-201ENSMUST00000028856 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Stard4-203ENSMUST00000119991 941 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Gm27454-201ENSMUST00000185090 204 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Epdr1-204ENSMUST00000221014 692 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Ccdc74a-201ENSMUST00000056962 1273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Cacfd1-202ENSMUST00000114004 2194 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Usp4P35123 A130051J06Rik-201ENSMUST00000180649 2618 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Usp4P35123 BC021767-201ENSMUST00000126387 1716 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Btbd2-201ENSMUST00000003434 3026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Anapc5-218ENSMUST00000200645 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Usp4P35123 Plekhm2-201ENSMUST00000030751 4154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.8 ms