Protein–RNA interactions for Protein: P28357

Hoxd9, Homeobox protein Hox-D9, mousemouse

Predictions only

Length 339 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd9P28357 Dhps-201ENSMUST00000078665 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Hoxd9P28357 Donson-203ENSMUST00000117159 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Fbxl17-201ENSMUST00000024761 4925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Uba5-201ENSMUST00000035166 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Ubxn2a-201ENSMUST00000020962 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Grtp1-207ENSMUST00000211128 1416 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Gpr3-201ENSMUST00000052090 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Tmem147-201ENSMUST00000006478 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Ppp1r16a-201ENSMUST00000037551 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Baiap2-201ENSMUST00000026436 2394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Clip1-205ENSMUST00000111566 6133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Fgfr2-217ENSMUST00000124096 2425 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Dvl3-203ENSMUST00000171572 2493 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Mcam-201ENSMUST00000034650 2989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 D030062O11Rik-201ENSMUST00000192660 2806 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Mms22l-205ENSMUST00000138567 1350 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Mtfr1l-201ENSMUST00000102550 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Ssbp3-201ENSMUST00000030367 3195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 En2-201ENSMUST00000036177 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Rfc5-202ENSMUST00000111953 772 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 1700012B09Rik-204ENSMUST00000191047 654 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Fabp3-201ENSMUST00000070532 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Stau2-201ENSMUST00000027052 2763 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Rfk-201ENSMUST00000025617 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 D030056L22Rik-201ENSMUST00000055792 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Wdr4-203ENSMUST00000167419 813 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Gm27801-201ENSMUST00000184174 223 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 AC099934.2-201ENSMUST00000196389 70 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 AC156953.1-201ENSMUST00000196953 70 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 AC157822.2-201ENSMUST00000200291 70 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Cnih2-201ENSMUST00000025805 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 H2-Ke6-201ENSMUST00000045467 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Brsk2-205ENSMUST00000172652 2501 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Cox18-202ENSMUST00000118816 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Mcub-201ENSMUST00000029624 1318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Ksr1-201ENSMUST00000018478 5495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Pdzd3-201ENSMUST00000034618 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Pds5a-209ENSMUST00000201948 8934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Zfp213-201ENSMUST00000095606 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Cers1-202ENSMUST00000140239 2711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Tfdp2-202ENSMUST00000165120 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Myo1b-202ENSMUST00000046390 5052 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Rab7-205ENSMUST00000113600 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 4930444P10Rik-203ENSMUST00000151004 1001 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Tmbim4-201ENSMUST00000020446 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Otud5-203ENSMUST00000115666 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Kirrel3-202ENSMUST00000115148 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Gm4969-202ENSMUST00000141380 1892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Nat14-201ENSMUST00000047309 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Jak2-202ENSMUST00000065796 5030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 AI846148-201ENSMUST00000025924 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Gm12660-201ENSMUST00000123764 664 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Igfbp6-201ENSMUST00000023807 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Dusp15-201ENSMUST00000037715 715 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Gm10153-201ENSMUST00000084415 522 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Adgrb1-201ENSMUST00000042035 6228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Gm43545-201ENSMUST00000196765 2779 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Parp12-201ENSMUST00000038398 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 4930524B15Rik-201ENSMUST00000102829 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Hoxd9P28357 0610038B21Rik-202ENSMUST00000184762 1524 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Gm43909-201ENSMUST00000203443 1876 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Hoxa5-201ENSMUST00000048794 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Rpl13-201ENSMUST00000000756 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Tbc1d13-201ENSMUST00000044556 3595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Pdpk1-205ENSMUST00000115411 1724 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Gm42911-201ENSMUST00000199360 1630 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Stmn4-202ENSMUST00000118426 1281 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Gm14281-201ENSMUST00000121700 1294 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Gm13067-201ENSMUST00000134236 404 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Crnde-206ENSMUST00000179421 773 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Stum-202ENSMUST00000179826 601 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Rras-201ENSMUST00000044111 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Spg7-211ENSMUST00000153285 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Zcchc2-202ENSMUST00000119166 6368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Dlg3-201ENSMUST00000000901 4885 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Acvrl1-206ENSMUST00000121718 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Fam3c-205ENSMUST00000165576 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 AC154266.1-201ENSMUST00000223190 503 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Zbtb11os1-201ENSMUST00000186480 1350 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Ltbp3-201ENSMUST00000081496 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Hoxd9P28357 Foxf2-201ENSMUST00000042054 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.2 ms