Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Bex3-201ENSMUST00000053540 930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Nme2-202ENSMUST00000072566 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Chpt1-202ENSMUST00000073783 852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Cldn23-201ENSMUST00000060128 1848 ntAPPRIS P1 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Gpr137-204ENSMUST00000099782 1742 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Nrn1-203ENSMUST00000223611 1443 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Mgst3-201ENSMUST00000028005 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Espn-202ENSMUST00000049305 1142 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Maf1-201ENSMUST00000023212 1686 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Gm42884-202ENSMUST00000202523 423 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Gm5417-201ENSMUST00000079706 384 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Porcn-202ENSMUST00000082320 1883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Fam220a-204ENSMUST00000119488 2202 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Gm20390-201ENSMUST00000170303 991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Naxe-201ENSMUST00000029708 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Tsr3-201ENSMUST00000063574 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Gm20695-202ENSMUST00000176233 1012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Cnot6-201ENSMUST00000020624 2498 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Rps5-202ENSMUST00000108539 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 2200002D01Rik-201ENSMUST00000032808 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Alkbh1-212ENSMUST00000185301 408 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 3110070M22Rik-201ENSMUST00000099148 1123 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.98
Scn4aQ9ER60 Mapre3-202ENSMUST00000200692 1816 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 B430219N15Rik-201ENSMUST00000147230 835 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 A430033K04Rik-204ENSMUST00000200521 1110 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 A430033K04Rik-201ENSMUST00000032590 1109 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Gsr-201ENSMUST00000033992 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Dbndd2-201ENSMUST00000017878 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Smkr-ps-202ENSMUST00000141679 901 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Arpc4-202ENSMUST00000171058 695 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Fance-202ENSMUST00000114801 1751 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Rchy1-204ENSMUST00000169948 1417 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Gm2399-201ENSMUST00000104944 225 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 2210408F21Rik-211ENSMUST00000151800 750 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Fgfr1op2-202ENSMUST00000058245 918 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Matk-205ENSMUST00000121205 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Gm42911-201ENSMUST00000199360 1630 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Dusp1-201ENSMUST00000025025 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Ap4s1-201ENSMUST00000021338 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Nat9-201ENSMUST00000103038 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Gm26643-201ENSMUST00000180854 1274 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Btg1-202ENSMUST00000218953 668 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Hoxd1-201ENSMUST00000047793 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Dnajc19-204ENSMUST00000120805 551 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 1600023N17Rik-201ENSMUST00000196242 1007 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Gsg1-201ENSMUST00000087729 1307 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Klk9-201ENSMUST00000005891 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Ugdh-201ENSMUST00000031103 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Gm15378-201ENSMUST00000121894 207 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Snx15-207ENSMUST00000154601 767 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Dusp13-213ENSMUST00000184703 902 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Fuz-206ENSMUST00000207485 1140 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Fuz-209ENSMUST00000208179 1164 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Slc35f4-204ENSMUST00000138884 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 H2afx-201ENSMUST00000052686 1384 ntAPPRIS P1 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Cntfr-203ENSMUST00000102961 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Gm6659-201ENSMUST00000174752 547 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Gm45337-201ENSMUST00000210537 1267 ntAPPRIS P1 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Fkbp3-201ENSMUST00000021332 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Kctd20-201ENSMUST00000057174 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Hmx2-202ENSMUST00000183219 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Scn4aQ9ER60 Grhpr-201ENSMUST00000045078 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Nat14-201ENSMUST00000047309 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Krt72-201ENSMUST00000071104 1951 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Gm7579-201ENSMUST00000097943 732 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Lypla2-202ENSMUST00000105852 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Sdr39u1-201ENSMUST00000111325 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Faap20-210ENSMUST00000178473 1076 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Gm10549-201ENSMUST00000097634 450 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Capzb-204ENSMUST00000102508 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Coro7-202ENSMUST00000090480 1147 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Tle1-205ENSMUST00000107337 2067 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 4930579K19Rik-202ENSMUST00000190541 632 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Stard3nl-208ENSMUST00000200323 1128 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Hmga1-202ENSMUST00000117254 1328 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Bpnt1-202ENSMUST00000110965 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Slc2a8-204ENSMUST00000153484 1168 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Fbxo24-201ENSMUST00000031732 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Gm45472-201ENSMUST00000211295 1426 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 AC175538.1-201ENSMUST00000225343 1269 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 4930465K10Rik-201ENSMUST00000056675 1238 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Fndc5-201ENSMUST00000102600 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Scn4aQ9ER60 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.5 ms