Protein–RNA interactions for Protein: Q9JIF7

Copb1, Coatomer subunit beta, mousemouse

Predictions only

Length 953 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Copb1Q9JIF7 Patz1-203ENSMUST00000094471 2930 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Copb1Q9JIF7 Rcor1-201ENSMUST00000084968 5684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Copb1Q9JIF7 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Copb1Q9JIF7 Cyp4f13-201ENSMUST00000075253 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Copb1Q9JIF7 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Copb1Q9JIF7 Ascl1-201ENSMUST00000020243 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Copb1Q9JIF7 Atf1-201ENSMUST00000023769 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Copb1Q9JIF7 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Copb1Q9JIF7 Syt6-205ENSMUST00000121834 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 A930032L01Rik-201ENSMUST00000195845 957 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Mark2-202ENSMUST00000032557 4488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Maf-202ENSMUST00000109104 6360 ntAPPRIS P2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Gm6085-201ENSMUST00000182774 1470 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Mark2-206ENSMUST00000164205 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Scube1-202ENSMUST00000043634 5161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 AA386476-201ENSMUST00000098781 1665 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Tmem55b-205ENSMUST00000160835 2755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 E2f1-202ENSMUST00000103145 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Plekha1-211ENSMUST00000151119 2397 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Kiss1-205ENSMUST00000195286 656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Numbl-201ENSMUST00000079258 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Cdk4-201ENSMUST00000006911 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Mblac1-201ENSMUST00000057773 1308 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Trp73-204ENSMUST00000105644 5042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Kras-202ENSMUST00000111710 1194 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Six3os1-206ENSMUST00000175921 2737 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Fbxo27-203ENSMUST00000108281 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Sfrp5-201ENSMUST00000018966 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Slc25a4-201ENSMUST00000034049 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Hoxa5-201ENSMUST00000048794 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Dact3-201ENSMUST00000108493 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Ankrd9-204ENSMUST00000140788 1451 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 AC093043.1-201ENSMUST00000226700 898 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Kcnk15-201ENSMUST00000044798 1199 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Clk3-201ENSMUST00000065330 2496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Magi3-201ENSMUST00000064371 6640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Tal1-204ENSMUST00000162489 2894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Gm29430-202ENSMUST00000191453 2015 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Klhdc3-202ENSMUST00000165007 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Dbnl-201ENSMUST00000020769 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Pianp-201ENSMUST00000032479 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Vps26a-201ENSMUST00000092473 2712 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 1700016H13Rik-203ENSMUST00000120108 797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Gm8770-201ENSMUST00000121113 1109 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Aen-202ENSMUST00000107423 2230 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Sco1-202ENSMUST00000108690 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Slc35a3-201ENSMUST00000029569 5725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 9530068E07Rik-202ENSMUST00000109057 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Pank2-204ENSMUST00000150843 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Prss32-201ENSMUST00000061725 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Derl2-207ENSMUST00000171041 1466 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Gm14424-201ENSMUST00000143191 895 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Atp6v1f-201ENSMUST00000004396 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Copb1Q9JIF7 Gm5112-201ENSMUST00000204407 2368 ntBASIC21.33■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Arl4c-203ENSMUST00000187810 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Dnajb11-205ENSMUST00000178320 1628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 1700003E16Rik-201ENSMUST00000032106 2020 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Srsf4-202ENSMUST00000053819 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Kdm3b-201ENSMUST00000043775 6363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Gmds-201ENSMUST00000041859 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Gas2-203ENSMUST00000107591 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Irx3-202ENSMUST00000175795 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Sumf1-201ENSMUST00000032191 2593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Tcte2-209ENSMUST00000143162 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Gm28417-201ENSMUST00000185218 785 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 8430432A02Rik-201ENSMUST00000039080 1248 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Ascl4-202ENSMUST00000170396 2016 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Map3k21-201ENSMUST00000034316 5693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 St3gal4-201ENSMUST00000034537 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Zfp618-201ENSMUST00000030043 1582 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Zfp710-204ENSMUST00000206039 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Hat1-202ENSMUST00000112122 1899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Mex3d-201ENSMUST00000105350 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 N4bp1-201ENSMUST00000034074 6469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Kmt2b-202ENSMUST00000108154 8454 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Golph3-205ENSMUST00000228671 2842 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Rab5a-201ENSMUST00000017975 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 AW047730-202ENSMUST00000181406 2579 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Pknox2-201ENSMUST00000039674 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Hsd17b3-202ENSMUST00000166224 1286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Relb-202ENSMUST00000094762 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Relb-203ENSMUST00000098754 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Unc5b-201ENSMUST00000077925 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Mtmr9-201ENSMUST00000058679 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Copb1Q9JIF7 Mrpl3-205ENSMUST00000149243 2309 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.1 ms