Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Cacnb1-202ENSMUST00000092736 1880 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
Sf3b1Q99NB9 Glrx5-201ENSMUST00000021522 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Fam241b-209ENSMUST00000142821 1283 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 E130116L18Rik-201ENSMUST00000066954 306 ntAPPRIS P1 BASIC20.77■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Sh3bp1-204ENSMUST00000109698 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Csnk1a1-207ENSMUST00000166990 1860 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Fdxacb1-203ENSMUST00000176335 1817 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Fam193a-202ENSMUST00000180376 5536 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Gm13234-201ENSMUST00000120010 747 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Snhg20-202ENSMUST00000149822 593 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Stx6-209ENSMUST00000195302 955 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Arl10-201ENSMUST00000026988 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Oxld1-201ENSMUST00000044007 813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Nipsnap2-205ENSMUST00000186265 1600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Neurl4-202ENSMUST00000108617 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Rnf32-204ENSMUST00000160246 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Socs2-213ENSMUST00000170690 2195 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Erh-205ENSMUST00000218740 981 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Hist1h2ao-201ENSMUST00000091745 480 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 L3mbtl4-201ENSMUST00000093007 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 1700105P06Rik-201ENSMUST00000186160 1772 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Iglon5-201ENSMUST00000107974 2622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 M5C1000I18Rik-202ENSMUST00000186205 1414 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Reep4-203ENSMUST00000226563 1444 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Memo1-201ENSMUST00000078459 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Kctd9-201ENSMUST00000078053 3157 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Nfkbid-203ENSMUST00000108176 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Dlx6-203ENSMUST00000171311 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Mpzl1-210ENSMUST00000194437 643 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Lmo1-201ENSMUST00000036992 1282 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Ptrh1-201ENSMUST00000066352 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Cox7c-202ENSMUST00000078764 433 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Zbtb7a-204ENSMUST00000121840 1676 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Syap1-201ENSMUST00000033723 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Ppp3ca-202ENSMUST00000070198 4758 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Hfe2-201ENSMUST00000049208 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Clta-202ENSMUST00000107846 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Frmd4a-201ENSMUST00000075767 6761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Zfp467-201ENSMUST00000101443 599 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Stmn4-203ENSMUST00000120229 1281 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 B4galt6-201ENSMUST00000070080 5808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Rxrb-201ENSMUST00000044858 2623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Thap4-206ENSMUST00000190116 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Impa2-201ENSMUST00000025403 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Acsl3-203ENSMUST00000134566 2492 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Pptc7-201ENSMUST00000053426 4644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Magi2-205ENSMUST00000197354 4785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Cep78-201ENSMUST00000047704 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Whrn-204ENSMUST00000095037 2419 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Dpyd-204ENSMUST00000149101 531 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Ccdc85b-201ENSMUST00000179549 609 ntAPPRIS P1 BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Wasl-202ENSMUST00000041737 1298 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 AC123857.1-201ENSMUST00000181053 2312 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Tex264-202ENSMUST00000163441 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 AC124392.1-201ENSMUST00000225172 5324 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Polr2j-202ENSMUST00000111127 900 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Tmem234-215ENSMUST00000173758 453 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 D830036C21Rik-201ENSMUST00000207444 453 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 1700017B05Rik-204ENSMUST00000215298 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Rras-201ENSMUST00000044111 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Vkorc1l1-202ENSMUST00000073945 650 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
Sf3b1Q99NB9 Cdan1-201ENSMUST00000110700 5996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 Zfp467-202ENSMUST00000114556 2287 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 Derl2-207ENSMUST00000171041 1466 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 Cant1-205ENSMUST00000106289 1600 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 Dpf1-201ENSMUST00000049977 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 Mrpl52-201ENSMUST00000010550 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 Gnas-205ENSMUST00000109083 730 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 AV026068-208ENSMUST00000189098 286 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 Fbxw2-203ENSMUST00000113075 2260 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 Pdcd7-201ENSMUST00000048184 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 Agap2-202ENSMUST00000217941 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 Suz12-206ENSMUST00000163272 4303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 Pelo-201ENSMUST00000109226 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Sf3b1Q99NB9 Cobll1-204ENSMUST00000112430 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.7 ms