Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

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Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Rnf40Q3U319 Cacfd1-202ENSMUST00000114004 2194 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Rnf40Q3U319 Sqstm1-201ENSMUST00000015981 2673 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Pitx1-201ENSMUST00000021968 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Pdp1-206ENSMUST00000108302 2525 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Dscam-201ENSMUST00000056102 7498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Cdca4-201ENSMUST00000062092 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Tnfsf11-201ENSMUST00000022592 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Ythdc1-202ENSMUST00000119339 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Rtca-201ENSMUST00000000348 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Fdxacb1-203ENSMUST00000176335 1817 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Cckbr-201ENSMUST00000033189 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Gpr162-204ENSMUST00000204667 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
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Rnf40Q3U319 Lrch3-201ENSMUST00000023491 5536 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
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Rnf40Q3U319 Runx2-204ENSMUST00000159943 2316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
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Rnf40Q3U319 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Rhobtb3-201ENSMUST00000022078 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
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Rnf40Q3U319 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Srp68-201ENSMUST00000021133 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
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Rnf40Q3U319 Gyg-201ENSMUST00000118015 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Marcks-201ENSMUST00000092584 4048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
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Rnf40Q3U319 C630004M23Rik-201ENSMUST00000194765 1682 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
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Rnf40Q3U319 Kl-201ENSMUST00000078856 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Ttc9-202ENSMUST00000218362 4754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Nt5m-201ENSMUST00000102695 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
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Rnf40Q3U319 6330403K07Rik-201ENSMUST00000156068 1494 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Mmp15-201ENSMUST00000034243 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
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Rnf40Q3U319 Nck2-201ENSMUST00000086421 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Schip1-201ENSMUST00000029346 2201 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
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Rnf40Q3U319 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 AB041806-201ENSMUST00000062902 2105 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
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Rnf40Q3U319 Krt87-201ENSMUST00000081945 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Cacnb1-202ENSMUST00000092736 1880 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Yipf2-203ENSMUST00000180365 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Gm42939-201ENSMUST00000197514 2205 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Crocc-202ENSMUST00000097816 6273 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Inppl1-202ENSMUST00000165052 4730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Foxp1-230ENSMUST00000177437 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Rnf40Q3U319 Rpap3-201ENSMUST00000023104 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Wipi2-202ENSMUST00000110778 1959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Cdkn3-203ENSMUST00000227149 1952 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Stn1-201ENSMUST00000049369 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Stoml2-201ENSMUST00000030169 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Snap91-201ENSMUST00000036347 4237 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
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Rnf40Q3U319 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Ttyh3-201ENSMUST00000042661 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Dlgap2-209ENSMUST00000152652 3842 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Rnf40Q3U319 Fbxl6-201ENSMUST00000023219 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
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