Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Uap1-202ENSMUST00000111350 2311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Fastk-201ENSMUST00000030800 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Atp5c1-203ENSMUST00000114897 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Cldn14-205ENSMUST00000177648 1266 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Lhx1-204ENSMUST00000184646 1201 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Pomc-204ENSMUST00000219543 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Mrps12-201ENSMUST00000056078 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Plpp1-202ENSMUST00000070951 1272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Ankra2-202ENSMUST00000091356 1949 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Cdh4-203ENSMUST00000108911 1208 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 AC154649.1-201ENSMUST00000227392 384 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Gm7367-201ENSMUST00000057611 492 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Hs6st3-201ENSMUST00000065904 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Get4-201ENSMUST00000026976 2107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 D830050J10Rik-202ENSMUST00000203858 1813 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Qdpr-208ENSMUST00000197946 1206 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Arfip2-212ENSMUST00000209550 1141 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Arfip2-214ENSMUST00000210911 938 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Maf1-205ENSMUST00000160853 1651 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Arhgdia-202ENSMUST00000106197 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
Scn4aQ9ER60 Eif3h-201ENSMUST00000022925 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 March2-210ENSMUST00000186022 2470 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Smim12-201ENSMUST00000142029 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Gm43799-201ENSMUST00000201845 579 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Dscc1-201ENSMUST00000023059 1324 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Cenps-201ENSMUST00000030813 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Uap1-201ENSMUST00000027981 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Wnt16-201ENSMUST00000031681 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Stx1a-201ENSMUST00000005509 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Rgs6-202ENSMUST00000161801 2141 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Cbx3-201ENSMUST00000031862 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Lypla2-201ENSMUST00000067567 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Nudt8-202ENSMUST00000025802 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Wnt11-205ENSMUST00000167303 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Tlcd1-203ENSMUST00000108338 714 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Ssbp2-202ENSMUST00000042122 1633 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Akt1s1-204ENSMUST00000107885 1812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Dusp12-201ENSMUST00000027970 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Cacng7-201ENSMUST00000092891 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Mir1199-201ENSMUST00000117015 119 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Mir5122-201ENSMUST00000175004 89 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 1810026B05Rik-205ENSMUST00000184855 409 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Mrps28-201ENSMUST00000042148 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Arrb2-202ENSMUST00000084954 1732 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Smim1-205ENSMUST00000131325 842 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Cdo1-201ENSMUST00000035804 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Trim3-203ENSMUST00000106791 2466 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Nudt14-202ENSMUST00000221397 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Coa6-201ENSMUST00000059093 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Kcnq5-205ENSMUST00000173058 2472 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Gm21596-201ENSMUST00000178049 1316 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Mael-201ENSMUST00000038782 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Tpm1-208ENSMUST00000113689 904 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Birc5-201ENSMUST00000081387 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
Scn4aQ9ER60 Ppm1n-201ENSMUST00000032560 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Ears2-201ENSMUST00000033159 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 4930554C24Rik-202ENSMUST00000216019 1159 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Dcxr-201ENSMUST00000026144 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Rilpl2-201ENSMUST00000031347 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Dio3-201ENSMUST00000097228 1449 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Scamp3-201ENSMUST00000029684 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Paqr6-204ENSMUST00000147991 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Eif2ak4-207ENSMUST00000110877 2134 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Proca1-203ENSMUST00000108317 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Ankrd13d-201ENSMUST00000056888 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Josd2-205ENSMUST00000120852 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Id1-201ENSMUST00000038368 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Dxo-211ENSMUST00000180043 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Pgam1-201ENSMUST00000011896 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Cops7a-201ENSMUST00000032220 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 D3Ertd751e-205ENSMUST00000120167 773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Gm5577-203ENSMUST00000153372 815 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Cmtm7-201ENSMUST00000035009 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 2210408F21Rik-204ENSMUST00000136571 478 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Rex1bd-206ENSMUST00000136913 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Ccl27a-219ENSMUST00000173865 657 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Jsrp1-201ENSMUST00000020435 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Hspe1-201ENSMUST00000075242 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Opa3-202ENSMUST00000161711 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Gm37711-201ENSMUST00000194907 1749 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Selenos-201ENSMUST00000101801 1191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Gm2559-201ENSMUST00000201323 363 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
Scn4aQ9ER60 Rps28-201ENSMUST00000087342 392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.7 ms