Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC3

Trim41, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM41, mousemouse

Predictions only

Length 630 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim41Q5NCC3 1110046J04Rik-201ENSMUST00000147622 397 ntTSL 3 BASIC34.33■■■■□ 3.09
Trim41Q5NCC3 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
Trim41Q5NCC3 Rbmxl1-202ENSMUST00000211719 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
Trim41Q5NCC3 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
Trim41Q5NCC3 5730488B01Rik-201ENSMUST00000192889 2311 ntBASIC34.32■■■■□ 3.09
Trim41Q5NCC3 Atp8a1-204ENSMUST00000113652 854 ntTSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Mettl26-205ENSMUST00000169308 1026 ntTSL 2 BASIC34.32■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 D030056L22Rik-201ENSMUST00000055792 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Hpse-202ENSMUST00000112908 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Hdhd2-206ENSMUST00000145634 1585 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Htatip2-202ENSMUST00000207895 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Cpsf4-202ENSMUST00000160422 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Lrrc1-205ENSMUST00000183873 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Cetn3-201ENSMUST00000022009 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Pus1-203ENSMUST00000086643 1868 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Hsd17b2-201ENSMUST00000034304 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Mfap4-201ENSMUST00000040522 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Hopxos-201ENSMUST00000148568 1661 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Ung-201ENSMUST00000031587 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Csnk1a1-207ENSMUST00000166990 1860 ntTSL 5 BASIC34.29■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC34.29■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Acss2-203ENSMUST00000103142 2145 ntTSL 5 BASIC34.29■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Zcrb1-208ENSMUST00000162160 850 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Plk5-201ENSMUST00000039836 2112 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Bcl11b-202ENSMUST00000109887 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Dnajb3-201ENSMUST00000119972 1051 ntAPPRIS P1 BASIC34.28■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 AC175538.2-202ENSMUST00000224997 1057 ntAPPRIS P1 BASIC34.28■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Spint1-202ENSMUST00000110816 1913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.28■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Nipsnap2-205ENSMUST00000186265 1600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Nfkbid-203ENSMUST00000108176 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Gm13234-201ENSMUST00000120010 747 ntBASIC34.27■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Gm13181-201ENSMUST00000120117 1069 ntBASIC34.27■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Gas5-203ENSMUST00000159119 665 ntTSL 5 BASIC34.27■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Rab7-206ENSMUST00000203674 424 ntTSL 5 BASIC34.27■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Slbp-201ENSMUST00000057551 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Sept4-206ENSMUST00000122067 1303 ntTSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
Trim41Q5NCC3 Syap1-201ENSMUST00000033723 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Zbtb7a-204ENSMUST00000121840 1676 ntTSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Polr2j-202ENSMUST00000111127 900 ntTSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Josd2-204ENSMUST00000118628 864 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Snhg20-202ENSMUST00000149822 593 ntTSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Josd2-201ENSMUST00000035844 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Best2-202ENSMUST00000209322 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Ubxn2a-203ENSMUST00000142867 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 AW121686-201ENSMUST00000181049 2200 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Espn-205ENSMUST00000084114 1645 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Fam98c-203ENSMUST00000134176 1189 ntTSL 2 BASIC34.24■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Lmo1-201ENSMUST00000036992 1282 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Rnf32-204ENSMUST00000160246 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Reep4-203ENSMUST00000226563 1444 ntBASIC34.23■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Rsrc1-202ENSMUST00000065047 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Gm10306-201ENSMUST00000094969 533 ntAPPRIS P1 BASIC34.23■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Memo1-201ENSMUST00000078459 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Rhob-201ENSMUST00000067384 2349 ntAPPRIS P1 BASIC34.22■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Lzts2-202ENSMUST00000178087 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 E130116L18Rik-201ENSMUST00000066954 306 ntAPPRIS P1 BASIC34.22■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Vkorc1l1-202ENSMUST00000073945 650 ntTSL 2 BASIC34.22■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Fdxacb1-203ENSMUST00000176335 1817 ntTSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Meg3-207ENSMUST00000143836 1896 ntTSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 1700101I19Rik-202ENSMUST00000186712 510 ntBASIC34.21■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 A230083G16Rik-201ENSMUST00000069553 991 ntTSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Cldn3-201ENSMUST00000094245 1259 ntAPPRIS P1 BASIC34.21■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 C1qtnf12-201ENSMUST00000024338 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Whrn-204ENSMUST00000095037 2419 ntTSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Atraid-201ENSMUST00000013766 966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.2■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Bfsp1-202ENSMUST00000099296 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
Trim41Q5NCC3 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Cacnb1-202ENSMUST00000092736 1880 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Cant1-205ENSMUST00000106289 1600 ntTSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 AI507597-201ENSMUST00000140726 880 ntTSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Zfp560-202ENSMUST00000143992 608 ntTSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Atp23-202ENSMUST00000168520 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 1700017B05Rik-204ENSMUST00000215298 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Tead4-202ENSMUST00000112157 1909 ntTSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Slc9a7-201ENSMUST00000072451 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.19■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Stard10-211ENSMUST00000210192 1258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Sh3bp1-204ENSMUST00000109698 1923 ntTSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Rnaset2b-202ENSMUST00000179728 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Yif1b-201ENSMUST00000032809 1111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Hand2-201ENSMUST00000040104 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Pstk-201ENSMUST00000075610 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
Trim41Q5NCC3 Impa2-201ENSMUST00000025403 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.8 ms