Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Fam105a-202ENSMUST00000226145 2950 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Hoxb7-201ENSMUST00000049352 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Usp4P35123 9530068E07Rik-202ENSMUST00000109057 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Usp4P35123 Acvrl1-202ENSMUST00000117984 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Scamp3-202ENSMUST00000098941 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Stk11-201ENSMUST00000003152 2566 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Usp4P35123 0610010K14Rik-209ENSMUST00000108579 667 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Usp4P35123 AC161180.2-201ENSMUST00000222567 1015 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Espn-207ENSMUST00000105653 1411 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Pknox2-201ENSMUST00000039674 3632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Aatf-201ENSMUST00000018841 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Mrpl3-205ENSMUST00000149243 2309 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Chkb-201ENSMUST00000023289 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Relb-202ENSMUST00000094762 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Relb-203ENSMUST00000098754 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Gnb2-201ENSMUST00000031726 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Cacnb1-202ENSMUST00000092736 1880 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Hunk-201ENSMUST00000065856 5009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Acot3-203ENSMUST00000223080 1545 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Sumf1-203ENSMUST00000167338 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Prrt2-206ENSMUST00000202045 429 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Atp6v1f-201ENSMUST00000004396 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Dlg3-202ENSMUST00000087984 4956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Tm9sf3-201ENSMUST00000025989 6144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Tpst2-201ENSMUST00000031287 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Dedd2-201ENSMUST00000058702 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Slc30a4-201ENSMUST00000005952 5458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Foxf1-201ENSMUST00000181504 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Gm5784-201ENSMUST00000179344 2478 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Neurl4-213ENSMUST00000177476 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Yjefn3-202ENSMUST00000152938 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Smtnl2-201ENSMUST00000050226 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Cbln2-202ENSMUST00000122079 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Pias2-202ENSMUST00000114777 4968 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Spg7-209ENSMUST00000149248 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Cebpa-201ENSMUST00000042985 2626 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Shkbp1-201ENSMUST00000003857 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Ube2e3-202ENSMUST00000121433 1235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Gm10685-201ENSMUST00000196120 433 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Sigmar1-201ENSMUST00000059354 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Adamtsl5-201ENSMUST00000095446 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Lpcat2-205ENSMUST00000210099 2179 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Fbxw8-201ENSMUST00000049474 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Aen-202ENSMUST00000107423 2230 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Spc24-201ENSMUST00000098942 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Ptar1-201ENSMUST00000099560 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Ppp1r21-201ENSMUST00000038551 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Acot2-201ENSMUST00000021649 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Prss16-201ENSMUST00000006341 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Tusc3-202ENSMUST00000169034 1262 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Exoc5-206ENSMUST00000161504 2582 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Setd3-201ENSMUST00000071095 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Tmem185a-201ENSMUST00000101506 2429 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Gm4969-202ENSMUST00000141380 1892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Rab34-202ENSMUST00000056241 1558 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Golga5-202ENSMUST00000179218 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Stoml2-201ENSMUST00000030169 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Lmtk3-201ENSMUST00000072580 4807 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Usp4P35123 St3gal3-201ENSMUST00000030263 2549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Usp4P35123 A730098A19Rik-201ENSMUST00000188193 978 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Dalrd3-201ENSMUST00000019183 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Ung-201ENSMUST00000031587 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Trim3-203ENSMUST00000106791 2466 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Usp4P35123 D5Ertd579e-204ENSMUST00000140653 2014 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Usp4P35123 Naglu-201ENSMUST00000001802 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Iars2-203ENSMUST00000110975 2801 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Pcnp-202ENSMUST00000114444 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Nfkbib-202ENSMUST00000085851 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Tmem179-201ENSMUST00000066791 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Stk3-202ENSMUST00000067033 2471 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Smim19-202ENSMUST00000163774 1435 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Clta-202ENSMUST00000107846 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Dio3-202ENSMUST00000173014 2030 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Tmem55b-205ENSMUST00000160835 2755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Pianp-201ENSMUST00000032479 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Pds5a-209ENSMUST00000201948 8934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Mark2-202ENSMUST00000032557 4488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Sh2b3-203ENSMUST00000118580 2393 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Usp4P35123 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Stoml1-201ENSMUST00000034883 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Stx2-201ENSMUST00000031378 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Usp4P35123 Arhgef1-204ENSMUST00000117796 3508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 95.7 ms