Protein–RNA interactions for Protein: P53564

Cux1, Homeobox protein cut-like 1, mousemouse

Predictions only

Length 1,515 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cux1P53564 Gm43290-201ENSMUST00000200359 1557 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm6682-201ENSMUST00000169666 1346 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Rpap2-204ENSMUST00000112654 2914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Zfp384-205ENSMUST00000112424 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ptprr-207ENSMUST00000155606 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Scd2-201ENSMUST00000026221 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Prc1-202ENSMUST00000163812 3026 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 AC207128.2-201ENSMUST00000223708 1924 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Tmem41b-202ENSMUST00000118429 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Iqsec2-201ENSMUST00000096275 5252 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Adam8-202ENSMUST00000106069 3117 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Adam8-201ENSMUST00000026546 3100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 BC049352-203ENSMUST00000171799 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Slc30a2-204ENSMUST00000105874 3153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Adar-205ENSMUST00000121094 2321 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm5859-201ENSMUST00000165401 2324 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Actn2-201ENSMUST00000064204 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Igbp1-201ENSMUST00000033570 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Celf1-202ENSMUST00000068726 7851 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Metap2-201ENSMUST00000047910 4424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Specc1-213ENSMUST00000202179 6676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm14021-201ENSMUST00000117683 961 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm12248-201ENSMUST00000137124 933 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ctcflos-203ENSMUST00000144256 1237 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm8091-201ENSMUST00000150506 886 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Vmn2r-ps7-201ENSMUST00000176244 1098 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm20717-201ENSMUST00000176762 657 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm27203-201ENSMUST00000183677 307 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 9030619P08Rik-202ENSMUST00000190141 435 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Il18-204ENSMUST00000214117 860 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Tcstv3-202ENSMUST00000223967 779 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Tex43-201ENSMUST00000035640 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm33940-201ENSMUST00000209205 1601 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Rsrc2-202ENSMUST00000057795 2270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ik-201ENSMUST00000007042 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Rin2-202ENSMUST00000110005 4641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Rbm6-207ENSMUST00000183032 3716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Brd4-201ENSMUST00000003726 5955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Rgs8-201ENSMUST00000041776 8474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Trim2-203ENSMUST00000107691 7428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Kbtbd12-206ENSMUST00000184878 3351 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Mcm3-201ENSMUST00000053266 3031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Pcnx-201ENSMUST00000021567 12139 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Rabgef1-201ENSMUST00000026390 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Pygl-201ENSMUST00000071250 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ccdc38-201ENSMUST00000092215 3656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Pnmal2-201ENSMUST00000094807 4147 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ssb-206ENSMUST00000166411 2088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Lyrm7-205ENSMUST00000144164 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm4405-201ENSMUST00000106038 982 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Tnfrsf9-205ENSMUST00000116257 2115 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 A930019D19Rik-201ENSMUST00000135360 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Pard3bos3-201ENSMUST00000147177 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Prdx5-204ENSMUST00000173091 501 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm12424-201ENSMUST00000179673 447 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 2810429I04Rik-204ENSMUST00000185835 923 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Il24-202ENSMUST00000187650 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Shisa5-204ENSMUST00000196954 843 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Tpi-rs11-201ENSMUST00000202145 310 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm43903-201ENSMUST00000205126 617 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm44767-201ENSMUST00000206634 469 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm31497-201ENSMUST00000216981 638 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 AC125488.2-201ENSMUST00000218908 793 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ryk-ps1-201ENSMUST00000219713 235 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm15283-202ENSMUST00000221427 818 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm23405-201ENSMUST00000082542 160 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Fubp1-209ENSMUST00000198227 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gpm6b-207ENSMUST00000112229 3203 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Calu-201ENSMUST00000031779 3229 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Wdr60-201ENSMUST00000039349 3721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Poldip3-201ENSMUST00000058793 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm43255-201ENSMUST00000198885 1437 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ankrd17-201ENSMUST00000014421 10458 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Tgfbr1-201ENSMUST00000007757 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Vwa5b2-202ENSMUST00000096197 4527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Neat1-202ENSMUST00000174287 3004 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ncam1-201ENSMUST00000114476 2567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm45330-201ENSMUST00000209681 1575 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 AC140393.1-201ENSMUST00000227959 1581 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Nudcd1-201ENSMUST00000038719 2600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Pou2f1-204ENSMUST00000111426 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Eif2ak1-201ENSMUST00000100487 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Mab21l3-202ENSMUST00000118411 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Pibf1-201ENSMUST00000022650 2797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Polr1e-201ENSMUST00000029999 1724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm38413-202ENSMUST00000198449 2348 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Aplp2-202ENSMUST00000079758 3504 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ptpn1-201ENSMUST00000029053 4213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 AC140462.2-201ENSMUST00000225718 2433 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 C030034L19Rik-203ENSMUST00000181930 3133 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Srl-201ENSMUST00000023161 5000 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm32856-201ENSMUST00000212145 3767 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Mir704-201ENSMUST00000102106 77 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Ighv5-12-201ENSMUST00000103450 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 1700013D24Rik-201ENSMUST00000112537 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Rfc4-203ENSMUST00000115338 1279 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm11518-201ENSMUST00000118048 411 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Mif-ps3-201ENSMUST00000118636 345 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm15580-201ENSMUST00000121587 556 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Cux1P53564 Gm14437-201ENSMUST00000152284 360 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 74 ms