Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Aatf-201ENSMUST00000018841 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Cdkl3-204ENSMUST00000109077 2605 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Arhgap27os2-201ENSMUST00000123812 1390 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Tcte2-209ENSMUST00000143162 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Xylt1-201ENSMUST00000032892 9020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Pdcd2-205ENSMUST00000154293 1924 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 En2-201ENSMUST00000036177 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Ube2h-202ENSMUST00000102993 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Art5-204ENSMUST00000106937 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Tex264-202ENSMUST00000163441 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Gxylt1-201ENSMUST00000049484 6611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Gm12821-201ENSMUST00000120022 600 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Gm4553-202ENSMUST00000210925 1044 ntAPPRIS P5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Sh3bp1-204ENSMUST00000109698 1923 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Paip1-201ENSMUST00000026520 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Zfp777-202ENSMUST00000114583 3111 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Eif2b4-202ENSMUST00000114603 1966 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Trim3Q9R1R2 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Atrn-201ENSMUST00000028781 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Gls-202ENSMUST00000114510 5596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Gm10382-201ENSMUST00000100700 1233 ntAPPRIS P1 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Igfbp7-202ENSMUST00000163898 1200 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Appbp2os-202ENSMUST00000206972 447 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Gm44866-201ENSMUST00000208774 391 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Gltpd2-201ENSMUST00000057685 1216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Vgf-202ENSMUST00000186451 2277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Art1-201ENSMUST00000033300 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Ubald2-201ENSMUST00000057676 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Zmiz2-201ENSMUST00000012612 4199 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Smad2-205ENSMUST00000168423 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Exoc3l2-201ENSMUST00000011407 2200 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Jagn1-201ENSMUST00000101070 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 N4bp2os-203ENSMUST00000202673 699 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Traf3-203ENSMUST00000117269 6972 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 AA543186-201ENSMUST00000180841 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Tmie-201ENSMUST00000050958 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Nrg3-203ENSMUST00000173780 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Foxj2-201ENSMUST00000003238 5283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Jkamp-202ENSMUST00000117449 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Tmem185a-202ENSMUST00000114630 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Fzd8-201ENSMUST00000041080 3346 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Abhd8-201ENSMUST00000008094 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Mgat1-213ENSMUST00000167400 3151 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Dgcr6-209ENSMUST00000155387 1415 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Rps6ka3-201ENSMUST00000033671 7244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Tmprss5-205ENSMUST00000170246 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Cog1-202ENSMUST00000063776 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Sox8-202ENSMUST00000173447 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Gm27454-201ENSMUST00000185090 204 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Rfxap-204ENSMUST00000217267 696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Asph-217ENSMUST00000146441 2576 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Rxrb-203ENSMUST00000173354 1743 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Crocc-202ENSMUST00000097816 6273 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Mylip-201ENSMUST00000038275 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Ptger3-202ENSMUST00000173533 2097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 6330403K07Rik-201ENSMUST00000156068 1494 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Ccne1-201ENSMUST00000108023 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Gm8770-201ENSMUST00000121113 1109 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Msantd3-203ENSMUST00000107704 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Rem2-202ENSMUST00000164766 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Trp53rka-201ENSMUST00000039007 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Tmem263-201ENSMUST00000095383 3616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Stx18-202ENSMUST00000042146 1473 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Dedd2-201ENSMUST00000058702 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Prmt1-202ENSMUST00000107843 1508 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Dtnb-216ENSMUST00000173736 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 9530036O11Rik-201ENSMUST00000180878 876 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 1700064M15Rik-201ENSMUST00000185726 645 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Serbp1-212ENSMUST00000204294 717 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 AC138214.1-201ENSMUST00000223838 420 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Ttc39b-201ENSMUST00000030205 842 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Spata33-201ENSMUST00000060133 491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Iqsec1-210ENSMUST00000212100 3500 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Ankrd33b-202ENSMUST00000076942 1641 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Rell2-202ENSMUST00000091932 1995 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Mmadhc-201ENSMUST00000102769 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Foxo3-202ENSMUST00000105501 1316 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Mtfmt-201ENSMUST00000074792 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Slc35a2-209ENSMUST00000208397 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Bag5-201ENSMUST00000054636 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Calml3-201ENSMUST00000077698 1421 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Trim3Q9R1R2 Brd1-201ENSMUST00000088911 4702 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Trim3Q9R1R2 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Trim3Q9R1R2 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.5 ms