Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Uckl1os-201ENSMUST00000122831 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Gm9934-201ENSMUST00000098303 2077 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Baiap2-201ENSMUST00000026436 2394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Gm9817-201ENSMUST00000054395 2531 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Kcnd3os-201ENSMUST00000130683 1091 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Stum-202ENSMUST00000179826 601 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Emc9-201ENSMUST00000022828 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Hopxos-201ENSMUST00000148568 1661 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Cox18-202ENSMUST00000118816 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Dtnb-216ENSMUST00000173736 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Grifin-201ENSMUST00000042993 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Usp12-201ENSMUST00000085614 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Zdhhc4-201ENSMUST00000001900 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Gm6916-201ENSMUST00000205277 828 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Arv1-201ENSMUST00000034463 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Sapcd2-203ENSMUST00000114293 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Arhgap23-201ENSMUST00000093940 2409 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Hoxa11os-201ENSMUST00000134512 1839 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Wdr4-203ENSMUST00000167419 813 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Cox14-201ENSMUST00000023761 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Lacc1-201ENSMUST00000062789 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Gm10571-201ENSMUST00000097869 1638 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Gm38399-201ENSMUST00000112103 1645 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC26.08■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Gm27801-201ENSMUST00000184174 223 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 AC164629.5-201ENSMUST00000220387 632 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Rras-201ENSMUST00000044111 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Notum-203ENSMUST00000106178 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Hoxc11-201ENSMUST00000001701 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 0610038B21Rik-202ENSMUST00000184762 1524 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
Trim28Q62318 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Nfkbid-203ENSMUST00000108176 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Hpdl-201ENSMUST00000055436 1804 ntAPPRIS P1 BASIC26.07■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Cox7c-202ENSMUST00000078764 433 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Vmn1r17-205ENSMUST00000228342 2230 ntAPPRIS P2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Gpx1-202ENSMUST00000191997 787 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Gm11175-202ENSMUST00000211380 408 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Gpx1-201ENSMUST00000082429 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Gfi1-202ENSMUST00000065478 2639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Exoc3l2-201ENSMUST00000011407 2200 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Clta-202ENSMUST00000107846 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Sfmbt2-204ENSMUST00000114864 1901 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Rab7-205ENSMUST00000113600 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Derl2-207ENSMUST00000171041 1466 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Acvrl1-202ENSMUST00000117984 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Gm7291-201ENSMUST00000199147 382 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Zfp821-201ENSMUST00000034163 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Tfdp2-202ENSMUST00000165120 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Cdkn3-203ENSMUST00000227149 1952 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Memo1-201ENSMUST00000078459 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Gm27405-201ENSMUST00000184201 112 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 0610010K14Rik-202ENSMUST00000021181 779 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 M5C1000I18Rik-202ENSMUST00000186205 1414 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Gm15043-201ENSMUST00000118843 1543 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Usp2-202ENSMUST00000065461 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Gm38165-201ENSMUST00000191654 486 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Gm36033-202ENSMUST00000214827 745 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Cnih2-201ENSMUST00000025805 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Hpca-201ENSMUST00000030572 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Ldb1-202ENSMUST00000056931 2295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Trim28Q62318 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Tmem230-206ENSMUST00000180286 1531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 6430573P05Rik-203ENSMUST00000195547 2457 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Ccdc84-201ENSMUST00000053286 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Sept4-206ENSMUST00000122067 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Dlx6-203ENSMUST00000171311 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Igfbp6-201ENSMUST00000023807 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Zfp69-201ENSMUST00000106280 2362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Lypla2-202ENSMUST00000105852 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Gm26507-201ENSMUST00000181838 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Gdf15-202ENSMUST00000110103 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Dap-205ENSMUST00000186547 535 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Rab6b-202ENSMUST00000189134 716 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Gm42569-201ENSMUST00000200539 472 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Mcam-201ENSMUST00000034650 2989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Trim28Q62318 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.2 ms