Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Mvb12a-201ENSMUST00000034272 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Vkorc1l1-202ENSMUST00000073945 650 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Klf15-201ENSMUST00000032174 2373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Gpr160-202ENSMUST00000108258 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Phf12-202ENSMUST00000108360 3047 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Cox18-202ENSMUST00000118816 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Maf1-211ENSMUST00000161527 1743 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 A730056A06Rik-202ENSMUST00000206959 526 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Gm11175-202ENSMUST00000211380 408 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Cmc1-201ENSMUST00000044220 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Gm9988-201ENSMUST00000069786 435 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Adrm1-201ENSMUST00000061437 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Fam20b-202ENSMUST00000122424 4532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
Col6a1Q04857 Magi2-201ENSMUST00000088516 4843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Tpm1-212ENSMUST00000113696 1714 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gm27045-201ENSMUST00000182145 1402 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 6430573P05Rik-203ENSMUST00000195547 2457 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Hsd17b2-201ENSMUST00000034304 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gm11627-201ENSMUST00000107080 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gm13234-201ENSMUST00000120010 747 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gm20621-202ENSMUST00000176618 1234 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Ttc14-211ENSMUST00000200271 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Pou2f2-210ENSMUST00000176408 1697 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Olig3-201ENSMUST00000053225 2072 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Brsk1-201ENSMUST00000048248 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Slc30a1-201ENSMUST00000044954 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Ppp1r14c-201ENSMUST00000043374 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Hpca-201ENSMUST00000030572 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Etv4-202ENSMUST00000107176 2377 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Etv4-201ENSMUST00000017868 2395 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Aurkaip1-203ENSMUST00000105592 1029 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gas5-217ENSMUST00000161005 430 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gm22240-201ENSMUST00000175225 82 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 1700003N22Rik-201ENSMUST00000194834 808 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Rps2-ps3-201ENSMUST00000213102 832 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Prr29-201ENSMUST00000009354 1112 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Cdc16-201ENSMUST00000043962 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Rsrc1-202ENSMUST00000065047 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 2310034G01Rik-201ENSMUST00000189008 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Hs6st3-201ENSMUST00000065904 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Htatip2-202ENSMUST00000207895 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Mettl25-201ENSMUST00000046638 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gm26507-201ENSMUST00000181838 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Rnf26-206ENSMUST00000216511 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gpn2-201ENSMUST00000030661 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Morf4l1-201ENSMUST00000085248 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Emc6-202ENSMUST00000108480 563 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gm27151-202ENSMUST00000185015 1145 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 1700028I16Rik-201ENSMUST00000076984 1048 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Cblc-201ENSMUST00000043822 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Dbf4-207ENSMUST00000171808 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Scarb1-202ENSMUST00000111390 2367 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Sh3rf3-202ENSMUST00000135526 1940 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gm43653-201ENSMUST00000198136 1608 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Nckap1-202ENSMUST00000111760 4597 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Eif1-201ENSMUST00000049385 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 1700016H13Rik-203ENSMUST00000120108 797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gm14281-201ENSMUST00000121700 1294 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gm22325-201ENSMUST00000158904 308 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gm20760-201ENSMUST00000179197 648 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gm4968-201ENSMUST00000071458 858 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Gm42418-201ENSMUST00000182010 1831 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 AC137127.1-201ENSMUST00000213466 1078 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Cetn3-201ENSMUST00000022009 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Col6a1Q04857 Cntln-204ENSMUST00000169371 5365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 AC124392.1-201ENSMUST00000225172 5324 ntBASIC21.83■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Zfp639-202ENSMUST00000191783 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 E130208F15Rik-201ENSMUST00000098585 1733 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Mfn1-201ENSMUST00000091257 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Chsy1-201ENSMUST00000036372 4176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Cnnm4-201ENSMUST00000153128 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Fance-204ENSMUST00000114804 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 C1qtnf12-201ENSMUST00000024338 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Slc9a7-202ENSMUST00000115393 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Rfwd2-201ENSMUST00000076894 5116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 D130020L05Rik-202ENSMUST00000220889 769 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Park7-201ENSMUST00000030805 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 E130116L18Rik-201ENSMUST00000066954 306 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Prkar2b-201ENSMUST00000003079 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Lrrc1-205ENSMUST00000183873 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Gpr162-201ENSMUST00000046893 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Ccnjl-201ENSMUST00000050574 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Mrpl12-201ENSMUST00000043627 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Cotl1-202ENSMUST00000168698 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Tomm40-201ENSMUST00000032555 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Oser1-201ENSMUST00000046908 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Inpp5a-201ENSMUST00000026550 2774 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Gm16076-201ENSMUST00000140116 480 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Col6a1Q04857 Tnfaip8-208ENSMUST00000148989 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16 ms