Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Oxld1-201ENSMUST00000044007 813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Dedd2-202ENSMUST00000205271 1942 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Nsfl1c-202ENSMUST00000089140 1486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Dedd-203ENSMUST00000111299 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Adamtsl5-202ENSMUST00000105352 989 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Ccdc85b-201ENSMUST00000179549 609 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Arl10-201ENSMUST00000026988 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Hist1h2ao-201ENSMUST00000091745 480 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 1700001C19Rik-201ENSMUST00000061885 1622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 B630019K06Rik-201ENSMUST00000064196 2583 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Celf6-202ENSMUST00000118164 1583 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Tmem45b-201ENSMUST00000048050 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Grtp1-207ENSMUST00000211128 1416 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Asphd1-203ENSMUST00000106340 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Vapa-201ENSMUST00000024897 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Gm16076-201ENSMUST00000140116 480 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Ankrd9-205ENSMUST00000142012 1226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Vax2os-202ENSMUST00000150233 595 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Wdr4-203ENSMUST00000167419 813 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Gm9780-201ENSMUST00000184272 350 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Kif27-203ENSMUST00000225388 5121 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Tbxa2r-202ENSMUST00000220312 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Elf2-212ENSMUST00000194641 5919 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Nkx3-1P97436 Mpzl1-202ENSMUST00000111435 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Gnb2-201ENSMUST00000031726 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Fam20b-202ENSMUST00000122424 4532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Wnt11-205ENSMUST00000167303 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Usp39-201ENSMUST00000070345 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Ccr10-201ENSMUST00000062759 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Rnf8-201ENSMUST00000024817 2077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 5031439G07Rik-201ENSMUST00000047144 6845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Emc6-202ENSMUST00000108480 563 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 AV026068-204ENSMUST00000186214 633 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 8430422M14Rik-201ENSMUST00000199608 822 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Cck-203ENSMUST00000215228 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Sdf2l1-201ENSMUST00000023453 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Tmem147-201ENSMUST00000006478 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Gm9988-201ENSMUST00000069786 435 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Ankrd9-203ENSMUST00000135131 1563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Gm6277-202ENSMUST00000224036 2779 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Cirbp-202ENSMUST00000105365 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Snapin-203ENSMUST00000149884 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Ndufaf1-201ENSMUST00000028768 1451 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Dusp26-205ENSMUST00000170204 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Gm15298-201ENSMUST00000145916 1212 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Cox18-202ENSMUST00000118816 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Tial1-209ENSMUST00000141126 1344 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Arhgap9-204ENSMUST00000219511 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Gm32051-202ENSMUST00000197905 2385 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Ubl4a-206ENSMUST00000155676 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Kif1bp-201ENSMUST00000065887 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Sh3bp1-203ENSMUST00000089378 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Tmtc1-201ENSMUST00000060095 8383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Tm9sf3-201ENSMUST00000025989 6144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Gpr137-204ENSMUST00000099782 1742 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Stac3-201ENSMUST00000035839 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Neurl1b-203ENSMUST00000183077 1084 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 AC122428.2-201ENSMUST00000216321 1832 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Prkar1b-201ENSMUST00000026973 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Msto1-201ENSMUST00000107494 2093 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Gm43006-201ENSMUST00000197702 1602 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Kcnip2-202ENSMUST00000079431 2302 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Hmbox1-204ENSMUST00000175905 1715 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 0610010K14Rik-202ENSMUST00000021181 779 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Macrod2-207ENSMUST00000110067 4730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Slc35a3-201ENSMUST00000029569 5725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Gm26995-201ENSMUST00000182216 1306 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Gm26796-201ENSMUST00000181092 2276 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Tmtc1-202ENSMUST00000100772 8269 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Zfp467-201ENSMUST00000101443 599 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Mrpl52-201ENSMUST00000010550 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Gadd45b-201ENSMUST00000015456 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Gas5-217ENSMUST00000161005 430 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Faim-201ENSMUST00000035038 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Rasl10a-201ENSMUST00000037218 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Zfp639-202ENSMUST00000191783 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Carm1-203ENSMUST00000115395 3152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Gm38160-201ENSMUST00000193090 2499 ntBASIC17.08■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Rbfox3-206ENSMUST00000120061 2150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Trip10-207ENSMUST00000224947 2016 ntAPPRIS P2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
Nkx3-1P97436 Arhgdia-202ENSMUST00000106197 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.5 ms