Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Tmem102-201ENSMUST00000051025 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Tbkbp1-203ENSMUST00000107614 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Fbxo24-202ENSMUST00000111002 2306 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Tmem55b-205ENSMUST00000160835 2755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Ssx2ip-204ENSMUST00000106153 3446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Rasl11b-201ENSMUST00000051937 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Ahcyl2-204ENSMUST00000115242 5152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Ankrd17-214ENSMUST00000218526 4938 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Tesmin-201ENSMUST00000025840 2234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Msx1-201ENSMUST00000063116 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Asap2-202ENSMUST00000064595 5678 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Kcns1-201ENSMUST00000045196 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Pnldc1-201ENSMUST00000163394 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Plekhg3-207ENSMUST00000219063 4535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Fam43b-201ENSMUST00000105032 2437 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Lca5l-201ENSMUST00000054855 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Nipa2-202ENSMUST00000117812 3039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Antxr1-201ENSMUST00000042025 5253 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Bag5-202ENSMUST00000160576 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Aen-202ENSMUST00000107423 2230 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Enah-205ENSMUST00000177811 4231 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Snap91-201ENSMUST00000036347 4237 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Cdh4-201ENSMUST00000000314 6388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Col4a3bp-202ENSMUST00000109444 5285 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Papola-212ENSMUST00000168186 2436 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Rin3-202ENSMUST00000101114 2394 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Ltbp4-205ENSMUST00000121175 5118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Cetn4-205ENSMUST00000140956 2981 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Cyb5r4-201ENSMUST00000168529 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Ero1l-201ENSMUST00000022378 4418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Xkr4-201ENSMUST00000070533 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Celf6-202ENSMUST00000118164 1583 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Fndc4-201ENSMUST00000041266 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Ankle2-202ENSMUST00000086674 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Adgrl1-207ENSMUST00000141158 8181 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Laptm4a-201ENSMUST00000020909 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Faxc-201ENSMUST00000029908 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Zswim8-208ENSMUST00000224751 5951 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Map4k5-203ENSMUST00000110570 4498 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Slc30a9-201ENSMUST00000113676 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Ccser1-203ENSMUST00000126214 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Donson-202ENSMUST00000114031 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Barx2-201ENSMUST00000116615 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Bcl9l-206ENSMUST00000220303 5760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 4930452B06Rik-201ENSMUST00000102996 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Cers2-201ENSMUST00000015858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Gm35558-201ENSMUST00000222675 2219 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Ppp1cb-201ENSMUST00000015100 5962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Gm42900-201ENSMUST00000197184 2167 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Zfp821-206ENSMUST00000212964 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Slc17a7-202ENSMUST00000209634 1860 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Polr3h-201ENSMUST00000023113 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Nbn-201ENSMUST00000029879 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 AC126028.2-201ENSMUST00000228100 1833 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Zfp623-201ENSMUST00000037260 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Gm7628-201ENSMUST00000134690 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Mfsd14a-201ENSMUST00000029570 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Brpf1-204ENSMUST00000113122 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Gm4779-203ENSMUST00000147742 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Meis3-201ENSMUST00000002495 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Slc3a2-201ENSMUST00000010239 1819 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Prmt3-201ENSMUST00000032715 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Pianp-201ENSMUST00000032479 2250 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Tulp1-201ENSMUST00000041819 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Rfx7-201ENSMUST00000093820 7988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Ttc19-201ENSMUST00000050646 3410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Anks6-202ENSMUST00000107747 3980 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Mtmr14-201ENSMUST00000113146 2676 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Gm16192-201ENSMUST00000148357 937 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Pkd1-207ENSMUST00000228550 1050 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Prmt9-202ENSMUST00000118622 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Prmt9-201ENSMUST00000056237 2781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Bcas2-201ENSMUST00000005830 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Lrch2-201ENSMUST00000112819 4892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Sdc1P18828 Zmym3-202ENSMUST00000117637 1593 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Nkd1-201ENSMUST00000034086 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Shc2-201ENSMUST00000020564 3243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Clcc1-203ENSMUST00000106613 3064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Gas2l1-203ENSMUST00000109895 2530 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Sdc1P18828 Lemd3-201ENSMUST00000119093 4370 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.9 ms