Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Spint1-203ENSMUST00000110817 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Klrg2-201ENSMUST00000096030 2276 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Bcas2-201ENSMUST00000005830 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Zfp629-208ENSMUST00000151107 583 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Gm35161-201ENSMUST00000221765 941 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Gm40881-201ENSMUST00000223397 166 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Klhl15-205ENSMUST00000113916 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Picalm-215ENSMUST00000209068 3511 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Iqsec1-210ENSMUST00000212100 3500 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Pard3-219ENSMUST00000162309 5659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Gabra5-201ENSMUST00000068456 2671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Ung-202ENSMUST00000102584 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Cyb561-201ENSMUST00000019734 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Prmt8-201ENSMUST00000032500 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Aplp1-201ENSMUST00000006828 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Gpx7-202ENSMUST00000184609 331 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Rabac1-201ENSMUST00000076961 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
Use1Q9CQ56 Alkbh5-201ENSMUST00000044250 5730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Aatf-201ENSMUST00000018841 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Amdhd1-201ENSMUST00000016034 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Hnrnpf-202ENSMUST00000163168 2401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Vav2-201ENSMUST00000056176 5221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Barx1-201ENSMUST00000021813 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Htr6-201ENSMUST00000068036 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Dtnb-216ENSMUST00000173736 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Gdf11-201ENSMUST00000026408 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Tmem164-201ENSMUST00000087333 5149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Rfk-201ENSMUST00000025617 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Txnrd2-201ENSMUST00000115604 1235 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Mroh6-201ENSMUST00000184858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Ssbp3-201ENSMUST00000030367 3195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Tsen34-202ENSMUST00000108627 1319 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Donson-203ENSMUST00000117159 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Kcnt1-203ENSMUST00000114172 5219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Fmnl2-201ENSMUST00000049483 5461 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Mylip-201ENSMUST00000038275 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Nnat-207ENSMUST00000173041 760 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Crocc-202ENSMUST00000097816 6273 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Rasef-203ENSMUST00000222414 2127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Gpatch3-201ENSMUST00000030662 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Hpdl-201ENSMUST00000055436 1804 ntAPPRIS P1 BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Dedd2-201ENSMUST00000058702 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Kirrel3-202ENSMUST00000115148 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 A630072M18Rik-201ENSMUST00000190567 5410 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Mmp15-201ENSMUST00000034243 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Dhx33-204ENSMUST00000124464 1835 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Cacul1-203ENSMUST00000166712 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Vstm2b-201ENSMUST00000044705 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Dap3-201ENSMUST00000090938 4760 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Tmem230-206ENSMUST00000180286 1531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Mtfmt-201ENSMUST00000074792 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Plekhm2-201ENSMUST00000030751 4154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Soga1-201ENSMUST00000069098 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Xkr6-201ENSMUST00000119973 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Mark2-207ENSMUST00000165286 2975 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Laptm4a-201ENSMUST00000020909 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Cnbp-208ENSMUST00000204653 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Cnbp-201ENSMUST00000032138 2178 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Stk3-202ENSMUST00000067033 2471 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Rbm38-201ENSMUST00000029014 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Slc35b2-201ENSMUST00000041353 2326 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Schip1-205ENSMUST00000182532 2059 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 A930002H24Rik-201ENSMUST00000050753 492 ntAPPRIS P1 BASIC18.71■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Oaz1-201ENSMUST00000060987 1071 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Pbx1-206ENSMUST00000176790 1828 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Noa1-201ENSMUST00000047860 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Lemd3-201ENSMUST00000119093 4370 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Hoxc11-201ENSMUST00000001701 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
Use1Q9CQ56 Panx1-202ENSMUST00000164273 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
Use1Q9CQ56 Golph3-202ENSMUST00000226517 2359 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
Use1Q9CQ56 Siah2-201ENSMUST00000070368 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Use1Q9CQ56 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
Use1Q9CQ56 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Use1Q9CQ56 Gm16933-201ENSMUST00000141741 2169 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Use1Q9CQ56 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Use1Q9CQ56 Nfkbib-202ENSMUST00000085851 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Use1Q9CQ56 Ankrd17-214ENSMUST00000218526 4938 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
Use1Q9CQ56 Siah1b-201ENSMUST00000037928 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Use1Q9CQ56 Dennd3-201ENSMUST00000043414 5299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
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