Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Gm26524-201ENSMUST00000192339 390 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Ddah2-201ENSMUST00000007255 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Hnrnpab-203ENSMUST00000109103 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Celf6-202ENSMUST00000118164 1583 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Pus1-202ENSMUST00000031483 1814 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Uqcrfs1-201ENSMUST00000042834 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Aurkb-202ENSMUST00000108666 1831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC28.51■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Taf11-202ENSMUST00000114848 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Tsc22d4-205ENSMUST00000110985 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Tex30-204ENSMUST00000128190 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Cdc20-201ENSMUST00000006565 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Nrg3-203ENSMUST00000173780 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Ssu72-202ENSMUST00000105595 874 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Oser1-201ENSMUST00000046908 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Fxyd5-208ENSMUST00000161805 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Map7-205ENSMUST00000214231 675 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Zdhhc4-201ENSMUST00000001900 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Abhd17c-201ENSMUST00000117085 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC28.47■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Uqcc2-201ENSMUST00000025045 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC28.46■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Gng10-201ENSMUST00000041160 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Ankrd9-203ENSMUST00000135131 1563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Mbip-201ENSMUST00000021416 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
Scn4aQ9ER60 Sptssa-201ENSMUST00000056228 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Gm7290-201ENSMUST00000104990 617 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Gm12918-201ENSMUST00000120234 636 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Gm15710-201ENSMUST00000121821 636 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Gm5075-201ENSMUST00000196916 622 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Tmem91-201ENSMUST00000079439 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Rpl13-ps6-201ENSMUST00000079761 636 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Rpl13-ps3-201ENSMUST00000079960 624 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 E130208F15Rik-201ENSMUST00000098585 1733 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Sept4-206ENSMUST00000122067 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Foxk1-202ENSMUST00000198422 687 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Junb-201ENSMUST00000064922 1809 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Tmem222-201ENSMUST00000105907 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Rcc1l-201ENSMUST00000076228 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Ptbp3-204ENSMUST00000140925 606 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Mfsd4a-202ENSMUST00000112365 1536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Aatf-201ENSMUST00000018841 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Lmbrd1-202ENSMUST00000186096 688 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Aprt-201ENSMUST00000006764 849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Gnas-205ENSMUST00000109083 730 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Gas5-203ENSMUST00000159119 665 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Msantd1-203ENSMUST00000202205 744 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Ciapin1-201ENSMUST00000034233 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Stk3-202ENSMUST00000067033 2471 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Uncx-202ENSMUST00000174792 1196 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Tspan2os-201ENSMUST00000146624 590 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Rps16-201ENSMUST00000082134 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Klhl25-203ENSMUST00000205612 1343 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Polr1c-201ENSMUST00000087026 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Rnaseh2b-201ENSMUST00000022499 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Zfp467-209ENSMUST00000114566 543 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Scn4aQ9ER60 Stmn1-201ENSMUST00000030636 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Gon7-202ENSMUST00000179263 525 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Gm10153-202ENSMUST00000210290 963 ntAPPRIS P1 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Stx18-201ENSMUST00000031008 1471 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Rab7-202ENSMUST00000113596 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Memo1-201ENSMUST00000078459 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 D030056L22Rik-201ENSMUST00000055792 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Gm27275-201ENSMUST00000184318 272 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Wipi1-202ENSMUST00000103060 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Sorcs2-202ENSMUST00000070720 2089 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Tpm1-212ENSMUST00000113696 1714 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Gm2479-201ENSMUST00000173312 1053 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Mettl9-201ENSMUST00000033163 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Slc25a51-203ENSMUST00000132815 1005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 Gm21863-201ENSMUST00000179133 336 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Scn4aQ9ER60 4932443I19Rik-204ENSMUST00000214337 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 56.4 ms