Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Siah1b-201ENSMUST00000037928 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Tmem80-208ENSMUST00000145184 1805 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Dedd-203ENSMUST00000111299 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Aplf-201ENSMUST00000032130 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Syt5-201ENSMUST00000065957 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Uqcrc1-201ENSMUST00000026743 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Plpp1-201ENSMUST00000016144 1598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Cog1-202ENSMUST00000063776 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Cdkn2d-203ENSMUST00000215619 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Lrp8-204ENSMUST00000106733 3332 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Slc35d3-201ENSMUST00000059805 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Gm16933-201ENSMUST00000141741 2169 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp4P35123 4930524B15Rik-201ENSMUST00000102829 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Snx21-204ENSMUST00000172577 1825 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Actr3b-201ENSMUST00000088244 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp4P35123 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Tmem150b-201ENSMUST00000086363 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Sds-204ENSMUST00000201684 1288 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Stx2-202ENSMUST00000100680 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Sugct-201ENSMUST00000068545 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Tusc2-201ENSMUST00000010198 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Sh3bp1-204ENSMUST00000109698 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Usp4P35123 Pkm-201ENSMUST00000034834 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Shisa5-201ENSMUST00000026737 1834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Syce3-201ENSMUST00000109314 448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Ak2-202ENSMUST00000102604 1781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Abhd8-201ENSMUST00000008094 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Fbxo24-201ENSMUST00000031732 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Rnpep-201ENSMUST00000074357 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Kcnip3-202ENSMUST00000088538 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Rhoq-201ENSMUST00000024956 4151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Mreg-201ENSMUST00000048860 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp4P35123 BC005561-201ENSMUST00000096452 5409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Rab3il1-201ENSMUST00000113161 2225 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Whrn-204ENSMUST00000095037 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Zcchc2-201ENSMUST00000118196 5796 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Serbp1-207ENSMUST00000203436 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Parp12-201ENSMUST00000038398 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Tram1-201ENSMUST00000027068 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Schip1-205ENSMUST00000182532 2059 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Syap1-201ENSMUST00000033723 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Ttc9b-201ENSMUST00000008088 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Tex264-202ENSMUST00000163441 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Cadps-202ENSMUST00000112657 5455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Gp1bb-202ENSMUST00000167388 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Dcbld1-203ENSMUST00000218582 2795 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Slc9a7-201ENSMUST00000072451 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Ntsr2-201ENSMUST00000111064 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Wipi1-203ENSMUST00000106689 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Pgls-205ENSMUST00000143441 1062 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Fam3c-205ENSMUST00000165576 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Cacnb1-203ENSMUST00000103144 2236 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Spg7-211ENSMUST00000153285 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Tfpt-204ENSMUST00000155592 1091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Mtx1-202ENSMUST00000118964 1445 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Smim10l2a-201ENSMUST00000068106 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Setd4-202ENSMUST00000113951 1826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Ccdc149-202ENSMUST00000198008 2470 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Gemin7-203ENSMUST00000119912 653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Gm10645-201ENSMUST00000098605 1090 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Celf6-203ENSMUST00000118549 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Spata5l1-202ENSMUST00000152813 1526 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Pbx1-206ENSMUST00000176790 1828 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Il17re-205ENSMUST00000203661 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Gm2415-201ENSMUST00000128982 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Tbxa2r-201ENSMUST00000105325 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Fgf8-206ENSMUST00000111928 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Tmem164-204ENSMUST00000112889 1742 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Ccdc84-212ENSMUST00000217351 888 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp4P35123 4930524J08Rik-201ENSMUST00000046721 603 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp4P35123 1700016K19Rik-201ENSMUST00000066408 921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Gm9959-201ENSMUST00000068277 390 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Gm10232-201ENSMUST00000089221 720 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
Usp4P35123 Pou2f2-210ENSMUST00000176408 1697 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Gm9725-202ENSMUST00000166229 2326 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Pus1-203ENSMUST00000086643 1868 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Pbx1-202ENSMUST00000072863 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Smox-206ENSMUST00000110183 1159 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Atp5j-202ENSMUST00000114191 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Gm35161-201ENSMUST00000221765 941 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Ppp3ca-202ENSMUST00000070198 4758 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Siglecf-206ENSMUST00000206299 2149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Hsf1-204ENSMUST00000226872 2104 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Trim33-202ENSMUST00000106860 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Mgat2-201ENSMUST00000060579 2614 ntAPPRIS P1 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Fam83d-201ENSMUST00000029183 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Smox-205ENSMUST00000110182 985 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Arpp19-206ENSMUST00000168301 599 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Ung-202ENSMUST00000102584 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Usp4P35123 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Usp4P35123 Dlg3-201ENSMUST00000000901 4885 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 71.4 ms