Protein–RNA interactions for Protein: O88609

Lmx1b, LIM homeobox transcription factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 395 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1bO88609 Pdcd5-201ENSMUST00000118501 684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Lmx1bO88609 Glrx5-201ENSMUST00000021522 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Lmx1bO88609 Ovol2-201ENSMUST00000037423 1539 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Lmx1bO88609 Pgam1-201ENSMUST00000011896 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Lmx1bO88609 Dennd6a-202ENSMUST00000203874 2677 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Lmx1bO88609 Hoxa2-201ENSMUST00000014848 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Lmx1bO88609 Prdm11-205ENSMUST00000178666 1870 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Lmx1bO88609 Shisa6-201ENSMUST00000066679 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Lmx1bO88609 Tmem9-202ENSMUST00000117950 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Lmx1bO88609 Gm8770-201ENSMUST00000121113 1109 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
Lmx1bO88609 Cops7a-201ENSMUST00000032220 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Lmx1bO88609 2310015A10Rik-201ENSMUST00000180643 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Gimap1-201ENSMUST00000054368 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Puf60-202ENSMUST00000100527 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 B430319F04Rik-201ENSMUST00000209731 2669 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Tpm1-212ENSMUST00000113696 1714 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Foxo3-202ENSMUST00000105501 1316 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Mfn1-201ENSMUST00000091257 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 B4galt6-201ENSMUST00000070080 5808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Cnpy3-201ENSMUST00000059844 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Naa20-202ENSMUST00000110000 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Pigp-204ENSMUST00000113914 912 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Gm6569-201ENSMUST00000154520 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Slc35a2-201ENSMUST00000096514 1757 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Krt8-201ENSMUST00000023952 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Rasgrf2-206ENSMUST00000216219 2115 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Ssbp1-205ENSMUST00000121360 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Snx16-203ENSMUST00000195822 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Osbp-201ENSMUST00000025590 4578 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Stat5b-201ENSMUST00000004143 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Dusp26-205ENSMUST00000170204 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Snx21-204ENSMUST00000172577 1825 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 March11-201ENSMUST00000126304 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Fam20b-202ENSMUST00000122424 4532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 9130213A22Rik-201ENSMUST00000180487 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Hoxd1-201ENSMUST00000047793 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Tysnd1-201ENSMUST00000020284 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 A930012O16Rik-202ENSMUST00000156418 1541 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Gm43006-201ENSMUST00000197702 1602 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Kctd2-202ENSMUST00000106533 2649 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Slc35f5-201ENSMUST00000027580 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Dtnb-210ENSMUST00000173199 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Stx3-202ENSMUST00000069285 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Bfsp1-202ENSMUST00000099296 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Stac3-202ENSMUST00000160019 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Ubxn1-202ENSMUST00000166407 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Mir7075-201ENSMUST00000184187 82 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 3110082J24Rik-202ENSMUST00000199573 767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Nol7-205ENSMUST00000222499 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 AC104834.1-201ENSMUST00000222611 1056 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Gm1673-201ENSMUST00000094869 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Gm3448-202ENSMUST00000097400 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Art1-201ENSMUST00000033300 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Galr2-201ENSMUST00000055872 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Pkig-204ENSMUST00000126182 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Trmt112-201ENSMUST00000088257 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Spry1-203ENSMUST00000108109 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Spry1-201ENSMUST00000038569 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Bcl11b-202ENSMUST00000109887 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Kiss1-205ENSMUST00000195286 656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Cavin3-201ENSMUST00000047040 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Lmx1bO88609 Srsf10-203ENSMUST00000102544 2225 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Gm5475-201ENSMUST00000132119 2608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Hsf1-207ENSMUST00000228371 2102 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Avl9-203ENSMUST00000177249 1614 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Gm16286-205ENSMUST00000127234 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Txnl4a-204ENSMUST00000145963 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Rbfox3-204ENSMUST00000106278 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Prkar2b-201ENSMUST00000003079 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Gng5-203ENSMUST00000119130 593 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 2810001G20Rik-202ENSMUST00000146333 959 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Cnnm4-201ENSMUST00000153128 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Ccne1-201ENSMUST00000108023 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Cdkn2a-202ENSMUST00000107131 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Gm9828-202ENSMUST00000126622 1446 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Gclm-206ENSMUST00000178826 1002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 AC124392.1-201ENSMUST00000225172 5324 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Camk2b-201ENSMUST00000002817 1872 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Lsr-203ENSMUST00000108116 2071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Arpc2-202ENSMUST00000113819 1313 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Fbxw2-201ENSMUST00000028220 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Msantd3-203ENSMUST00000107704 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Lmx1bO88609 Cbx3-201ENSMUST00000031862 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.5 ms